影响企业债券创新的首要因素是发行制度。企业债券由国家发改委会同中国人民银行、财政部、证监会等部门拟定全国年度发行规模，详细内容请看下文我国债券市场创新问题的思考。
报国务院批准后下达有关部门审批发行，基本上没有脱离计划经济的窠臼。而且，企业债券发行后，需得到证监会核准和交易所批准方可上市，复杂的程序和严格的条件使得能够在交易所上市的企业债券为数很少，且每天的交易量也微乎其微。其余大部分企业债券既不符合交易所的上市条件，其场外交易又受到了严格限制。
在我国，发行企业债券的上市公司中60%是国有企业，而通过债券融资且可上市交易的企业几乎完全是国有性质。而在国有企业中，代理人首先抉择的是如何融到资金，对融资方式是否适合本企业发展规划以及风险规避方面则考虑很少，这种委托代理问题也是导致企业债券市场缺乏动力的因素之一。
由于现有的中介机构把主要精力用于寻找合适的债券发行主体上，加上创新产品的审批时间和风险导致机会成本过高，以致无暇顾及创新产品的研发。即便在一级市场创新较多的银行间债券市场，多数交易成员由于在知识与技术方面准备不足，市场研究能力不强，最终也难以结合市场需求开发出适当产品。
《企业债券管理条例》规定企业债券利率不得高于同期银行储蓄存款利率的40%，在目前银行储蓄存款利率偏低的情况下，按照该规定确立的企业债券利率与目前资本市场的实际利率相比差距较大，投资者收益较低。另外，一刀切式规定发债主体的债券利率上限，忽视了发行者的信用等级，使企业债券利率不含风险溢价，造成优质企业发债成本偏高，一般企业缺少利率风险机制和价格弹性，不能真实客观反映不同企业的风险差异，一定程度上影响了投资主体的收益。
我国债券市场特别是银行间债券市场，投资主体大部分是商业银行，80%以上的投资和交易是在商业银行间进行的，由于商业银行资金来源变化规律呈趋同性，资金运用渠道单一，经营风格雷同，表现在投资行为上的趋同性。同业间资金宽松时就争相购买债券，资金紧张时又纷纷抛售债券，使市场经常处于非均衡状态，时常形成单边行情。据统计，在2002年债券价格下跌的时候，9家双边报价商基本上都因买下债券而遭受损失。
在缺乏相应金融衍生产品的情况下，没有做空机制，使得债券市场只能炒涨不能炒跌，市场行情下跌时缺乏相应的避险工具。随着目前我国从长期的利率下降通道缓慢步入利率上升通道，债券市场价格下跌，缺乏避险工具的问题暴露无遗。我国债券市场具有避险功能的工具只有浮动利率债券、选择权债券和债券远期交易。浮动利率债券发行量少且无规律，很难作为灵活工具进行运用，而且其浮动基准是1年期存款利率，在市场利率波动但存款利率不变的情况下，其避险功能难以发挥。投资人选择权债券也仅是提供有限的期限转换功能，避险功能极为有限;推出的债券远期交易发挥作用仍需时日。
