江苏沿海开发上升为国家战略之后，国家和省级有关部门高度关注苏北沿海地区经济的发展，入海河道流域的水环境保护成为关注的重点。环境保护部等8部委对苏北沿海环境保护工作进行联合执法检查时，对苏北主要入海河道及其支流的12个工业园区进行了暗访，发现部分河道污染严重，部分企业违法排污问题突出。
环境保护部华东督查中心、江苏省环保厅苏北督查中心数次检查结果也显示，苏北地区重点监测城市饮用水水源地水质达标率仍然偏低，氨氮(总氮)污染问题凸显。水体污染加剧了水资源短缺，已经成为苏北地区经济社会可持续发展的重要制约因素。
盐城、沭阳、邳州等地连续发生的水污染事件产生的公共危机，挑战着政府及环保部门的决策水准与能力。 水危机主要问题与原因分析环境基础设施建设不配套。
排水管网和污水处理设施建设严重滞后于城乡建设，建设质量和运行维护也存在一定问题。在污水处理设施得以修建的城市，能正常运行的也只有50％；即便是已经建成的污水处理厂也因管网不配套、运行经费得不到落实等原因难以充分发挥作用。
华东督查中心检查显示，污水管网建设管理不配套，截污不彻底，错接、串管等问题未彻底解决，很多企业污水通过雨水管进入河道。化工废水与一般工业废水混接混排，超标严重，污水处理厂无力接纳。
处理化工废水的开发区污水处理厂筹建进度与上级要求差距较大，许多化工园区废水无法集中处理，存在直排现象。许多污水处理厂污水处理率极低，成了“建得起、养不起”样子工程、面子工程。
而在苏北农村，生活污水处理设施基本为零。公共管理体制的失衡和羸弱。
目前，政府部门中涉水、管水的主要包括水利、环保、渔业、林业、航运、城建、地矿等，环保部门在水污染防治工作中只承担建设项目环境影响评价和“三同时”制度执行情况的审查工作，无法行使全面的监督管理权。这种“九龙治水”的机制表面上集中了众多部门的力量，但事实上并不能达到“团结治水”的目的，相反在客观上强化了职能部门的局部利益和单一目标，进而弱化了水资源的宏观管理功能。
水污染防治地方负责制的弊端。对于GDP的追逐和崇拜已经成为地方政府的惯性思维，污染治理不仅需要支付巨额成本，还要支付为了控制污染而出让的经济收益成本。
导致本应彻底关闭的小化工、小造纸、小皮革企业死灰复燃。排放标准与污染物排放总量削减和水质标准衔接不够，导致一些企业容易钻空子，虽然达标排放，但是水质却污染严重，从而使环境执法陷于尴尬的境地。
“守法成本高、违法成本低”的事实依然存在。执法过程中所形容的环保局长“站得住的顶不住，顶得住的站不住”的现象也反映出执法监管部门的无奈。
防范客水存在突出问题和困难。由于水自身具有流动性，不受行政辖区界限的限制，往往表现为跨区域污染，而苏北地区目前还缺乏科学可行的跨流域水污染防治机制，水资源分级的分割管理难以有效实现对水污染的控制。
具体表现在:一是缺乏客水水质监测预警能力。边界地区污染事故隐患始终存在，尤其是每年汛期首次行洪时，上游闸坝蓄积的污水集中下泄，入境河流在进入苏北地区多无闸坝拦蓄和导流设施，对于上游来水的拦蓄、分流、调控能力很弱，客水长驱直入，一旦上游发生污水下泄，即可对苏北大面积地表水产生直接冲击和破坏。
目前，苏北境内多没有入境水质自动监测站，对上游来水缺乏实时监控措施，同时苏北地区环境监测站多缺乏有机物、重金属等项目监测能力。二是河流上下游区域功能标准不协调。
虽然近年来上游地区下排的污水量有所减少、浓度有所降低，但超标排放现象始终未断。在确定河流水域功能和水质标准方面，上下游地区也不一致。
水污染防治需多措并举科学规划基础设施建设。无论是老城改造还是新城建设，尽快普及和健全城市排水管网系统，坚持城市污水处理厂与城市废水收集管网建设同步进行，转变管网投入的观念，改变雨污合流管网的状况，推行雨污分流，更好地治理污水。
无开发区污水管网应与城市污水处理厂实现完全对接，做到凡是污水处理厂能够处理的污水全部进厂处理。明确污水管网管理责任，落实管理人员，实施管网维护和清淤，加强管网接口和运行监管，实现园区污水尽收畅排。
加强城市污水处理厂运行管理。做好企业污水接管和处置工作，提高污水处理厂运行负荷和企业污水处理量。
污水处理厂与城市景观、人工湿地等结合，提高处理的深度并降低处理成本。加快推进污水处理厂运营市场化进程。
提高
