症结所在
审计理念仍显落后一是审计目标落后。从目前农村合作金融机构内部审计的实践看，重心仍是合规性审计，尤其对财务活动的监督检查，对公司（法人）治理、内部控制和风险管理尚无过多涉及。内部审计多局限于传统审计业务，显示出在审计理念方面的落后。二是审计的观念落后，一些农村合作金融机构的管理层认为审计部门不能直接为银行创造利润，只是花钱部门。在目前的体制下，经营层更关心的是机构经营状况和指标完成情况，而对发现的风险隐患难以有效地进行纠正。
组织体系尚不合理从我国农村合作金融机构的实际情况看，按现行内部审计管理体制，内部审计服务对象定位二元化，即内部审计部门既向本行行长（主任）负责，又向上级负责。这既弱化对内部审计工作的管理，也弱化了内部审计工作的地位。在报告路线方面，即便是已规范“三会”的农村合作金融机构，内部审计也多是作为经营管理体系的一部分，对经营管理层负责；由于行长（主任）自身作为内部审计服务对象和监督对象的统一体，强化内部审计工作即意味着强化对自身的监督，监督结果还要如实上报，这样行长（主任）对内部审计工作的管理就将出现进退两难的境地。在这种情况下，有关管理者往往更注重业绩，而忽视内部审计在风险管理中的作用，审计也只能根据管理者的好恶来取舍，使内部审计机制形成软约束，难以真正体现审计监督的独立性特征。此外，一些农村合作金融机构在实际工作中往往限制内部审计的权限，审计部门不能参加相关的经营管理会议，相应的会计资料也不送审计部门，使无权对审计出的问题进行处理处罚等，使内部审计的作用大打折扣。
从内部审计的体系看，目前大多数合作金融机构尚未建立垂直、独立的内部审计体系，内部审计只是作为内部稽核的重要力量向行长（主任）或分管副行长（副主任）报告工作，对分管领导负责，在审计目标、审计计划、具体审计活动及审计后的监督等方面都缺乏独立性和权威性。
人力资源有待加强随着农村金融体制改革步伐不断加快，市场竞争日趋激烈，农村合作金融机构对金融产品的创新需求更趋旺盛，但随之而来是金融产品的创新加剧了各类风险的复杂化，内部审计人员需具备足够的专业技能跟踪、把握最新的业务知识，从而提供积极有效的确认和咨询等增值服务。
从农村合作金融机构的实际情况看，内部审计人员的素质普遍不高，有些机构由于对内部审计重视不够，存在内部审计人员配备不足，甚至“老弱病”现象，农村合作金融机构内审所承担的职责与快速发展的业务需求间的矛盾越来越大。由于人力资源不足，内审力量有限，很多业务处于内部审计的“盲点”。
审计效果不甚理想多数农村合作金融机构将内部审计的职能固化为“再监督”，其职能就是“查错防弊，堵塞漏洞”，内部审计人员的工作就是针对具体的审计项目不断进行现场检查，提出整改建议或处理结论，整改、批评性的建议供决策层参考的较少，易使审计双方关系紧张，恶化审计环境，使“再监督”中发现的问题得不到有效解决。同时，内部审计人员的升迁、工资晋级、福利待遇甚至子女就业等都由所在行决定，这种行政上、经济上的从属关系决定了审计主要对本级负责的必然性。更为严重的是，有些农村合作金融机构甚至混淆审计与纪检、监察部门的职能，将内部审计职责归属于纪检部门、监察部门，出现内部审计职能的严重错位。
解决途径
树立特色审计服务理念农村合作金融机构企业文化是农村合作金融机构所追求的价值理念，是其核心价值观。农村合作金融机构的各种政策、决策和措施都将潜移默化地受到这种价值理念的束缚和影响。农村合作金融机构内部审计只有融入农村合作金融机构的企业文化中，成为农村合作金融机构公司（法人）治理的一部分，站在农村合作金融机构的立场上，从机构长远利益出发，为机构价值增值服务，才能突显出内部审计不可替代的特色优势。
理顺内部审计管理体制《银行业金融机构内部审计指引》第七条规定：银行业金融机构的董事会负责建立和维护健全有效的内部审计体系。没有设立董事会的，由高级管理层负责履行有关职责。银行业监管当局已经提出了股份制银行设置审计委员会的建议和要求，对农村合作金融机构完善公司治理有重要意义。按照这一思路和要求审计委员会制定审计章程，章程要明确审计委员会的职责，并赋予审计委员会足够的权威性、独立性，以保障其为董事会或权力机构实现经营目标提供有效服务。审计的垂直管理可从根本上解决各级机构集经营与监督于一身的矛盾，充分利用审计资源，解决审计重心和风险重心不匹配，经营风险上移的问题，提高审计效率，保障审计的独立性和客观性。为保证内部审计人员的独立性，应建立业务轮换和回避制度，同时内审人员的报酬不与经营业绩或利润挂钩，不能参与控制和其他管理程序的设计等。这样，才能巩固内部审计的地位，真正发挥应有作用。
促进内部审计创新《银行业金融机构内部审计指引》第二十九条规定，内部审计部门应加强科技手段和信息技术在审计工作中的运用，建立完善非现场内部审计监测体系及内部审计操作系统、信息管理系统。一方面，农村合作金融机构内部审计部门应加强与科技部门合作，按审计程序和方法的需要开发专门的审计技术方法软件包，为实施现场审计提供辅助工具。同时，建立行政管理系统、项目管理系统、业绩考核系统等对审计资源进行管理。另一方面，建立和形成内部控制的评价方法体系、经营风险的识别、衡量与评估方法体系、数据统计和系统分析方法体系、计算机审计技术方法、审计风险控制技术等一整套经营审计技术，运用非现场审计系统模型进行问题、疑点、异常情况查找和动态趋势分析，对审计对象经营全过程进行持续不间断地检测，做出判断和评价，及时向管理层预警和参谋，做到现场审计与非现场审计相结合。
建立高素质内部审计队伍一是建立审计人员的准入和退出机制。按照一定的条件选聘内部审计人员，进一步规范审计人员的选聘程序，统一审计人员的选任标准，从学历、任职资格等方面提高职业准入“门槛”。要确保准入的人员从一开始就具有良好的条件、较高素质；确保不合格人员进不了审计部门，当不了审计员，建立退出机制，将达不到有关标准的人员逐步淘汰出内部审计队伍，促使审计人员不断进取，在审计队伍内部形成良性的竞争机制。二是培养和强化审计人员的职业意识。要增强审计人员的政治意识、大局意识；增强独立意识，提高抗御外界不良影响和干扰的能力；增强公正意识，坚持以事实为根据，以法律法规和内部规章制度为准绳，严格遵守公开、公平、公正的原则。三是建立审计人员培训体系，提高其职业技能。农村合作金融机构要形成一套行之有效的培训机制，不断提高审计人员的专业理论水平，使其对相关专业知识有广泛涉猎和深刻理解；同时不断增强审计人员的审计实践经验和技能，提高驾驭审计活动的能力。要加强内部审计人员的职业保障，从制度上确保审计人员依法履行职权，维护执法公正；保障审计人员的职业权力，使之能依法独立公正行使监督权，坚决排除任何单位和个人的干预；要保障审计人员的地位。内部审计人员一经聘用，非因法定事由，非经一定的组织程序，不得被随意调动；要保障审计人员的收入，逐步提高内部审计人员的待遇，增强内部审计岗位的吸引力。
