在农村家庭承包制度框架下，土地产权结构包括所有权、承包权、使用权。所有权是土地权利的基础，承包权是以土地所有权为基础衍生来的权利，使用权是在土地承包权的基础上形成的权利，集合着多种权利。农村土地流转实质上是使用权的流转，也就是说拥有土地承包经营权的农户将土地经营权转让给其他农户或经济组织，保留承包权，转让使用权。如果农村土地能够有效流转起来，将大幅提高土地的使用效率，为高科技含量的现代化农业提供发展空间。但是目前土地流转机制的不健全导致土地难以公平、公正和有序的进行流转。2013年中央1号文件专门出台了政策，要求加强土地承包经营权流转管理和服务，建立健全土地承包经营权流转市场。同时特别强调，有一个前提必须要坚持:农户在流转土地，扩大经营规模的同时要充分尊重和保障农民承包土地的权利。由此可见，保障农民权利问题，是当前农村土地改革的关键。法律在土地流转方面起到的作用是调控经济，对土地实行合理配置与规划，提高土地生产率，推动整个农村经济持续协调发展。因而要重点完善与规范土地流转中有关保障农民权利的法律制度，才能有效地从制度层面保障农村土地改革的顺利进行。
一、农村土地流转中农民权益受侵害的表现
中央政府鼓励农村土地流转的目的是要通过农地流转的市场化运作，发展规模经营和建设现代农业，提高农业部门收益，使农民增加收入，缓解城乡之间收入差距进一步扩大所引发的社会矛盾。但是有些地方政府把农村土地承包经营权流转看成是解决推进工业化、城镇化土地瓶颈的新途径、增加政府土地财政的新渠道。
由于中央实行严格的耕地保护制度政策，地方的建设用地指标急剧减少，地方政府把目光指向农民的宅基地和农村的集体非农用地，以强制性的行政手段搞较大规模的土地流转，在利益驱使下坠落为土地违法犯罪案件的主体。比如:有的地方政府以推进城镇化和农业规模经营之名，仿效国家征地，采取以土地承包经营权换社保、以宅基地换住房方式，迫使农民放弃土地;有的地方政府在幕后非法对土地流转进行操控，强制农民低价将土地流转给一些涉农企业;有的地方政府通过行政手段实施土地兼并，对规模进行片面追求，并以各种名义卖给利益需要的企业;有的地方政府还针对土地交易出台优惠政策吸引外商投资，免收投资企业的土地出让金。总之，地方政府出于土地财政的目的，进行恶性竞争，征占农民过多土地、给予被征地农民的补偿过少，让农民大量变成了无地、无业、无保障的三无农民。也使农村土地价格出现不正常的攀升或者下降，很大程度上破坏了土地市场秩序。
二、农村土地流转中农民权益受侵害的法律原因分析
土地财政只是地方政府通过征地侵害农民集体和农民个人土地权益的经济动力，并不是造成农民土地权益受损的根源。真正根源是和土地相关的法律制度不完善不成熟，造成了农民集体土地产权的残缺和所有权的灭失。目前我国推动农村土地流转所依据的法律主要是2004年修订的《中华人民共和国宪法》，2002年的《农村土地承包法》、2002年《中共中央关于做好农户承包地使用权流转工作的通知》、2003年的《中华人民共和国农村土地承包法》、2004年修订的《中华人民共和国土地管理法》以及2008年的《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》(下文称决定)和2008年国土资源部下发的《关于认真学习贯彻党的十七届三中全会精神的通知》(下文称通知)。所有这些有关土地的法律在涉及农村土地流转条款上相对比较笼统，未对农村土地流转过程的细节问题做详细阐述，尤其是土地的产权内容、界限、调节各产权主体之间的利益上都没有太细化的可操作性条款。
(一)有关农民权益受损的宪法缺陷
1.现行宪法第十条与第十二条之间存在法理冲突。
《中华人民共和国宪法》第十二条规定社会主义的公共财产神圣不可侵犯。国家保护社会主义的公共财产。禁止任何组织或者个人用任何手段侵占或者破坏国家和集体的财产。农村集体土地是国家公共财产，是农民集体财产，理应受到宪法和相关法律的保护，任何组织包括国家不得凌驾于宪法与相关法律之上进行侵占或者破坏。而《中华人民共和国宪法》第十条规定城市的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有;宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有。国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征用。任何组织或者个人不得侵占、买卖、出租或者以其他形式非法转让土地。一切使用土地的组织和个人必须合理地利用土地。该条规定明确了土地的所有者主体只有两类，一是国家，另一类是农民集体。据此推断，若国家因发展需要，开发利用国有土地时不涉及土地征收，而国家因公共利益需要，使用农民集体土地时才会产生征收问题。即农民集体土地所有权流转主要表现为国家对农民集体土地的征收，国家征收后，农民集体丧失土地所有权。既然宪法第十二条规定了公共财产神圣不可侵犯，但是根据宪法第十条的规定对属于农民集体的土地，国家出于公共利益又可以进行国有化。充分证明了宪法第十条和第十二条规定的条文是有法理冲突的。同时哪些属于公共利益，宪法第十条既没有进行具体详细的罗列，也缺乏明确界定。导致各级地方政府在征用农民土地过程为了获得的巨大土地财政收益，不断把农村集体土地变为国有土地、通过扩大城市规模来拉动城市经济增长。从我国立宪的本源上看，宪法始终贯彻着平等保护私人财产和公共财产不受任何人侵犯的理念，不能因为第十条在第十二条之前，就认为第十条是优先的。针对目前的冲突，只有将第十条进行修改才更能真正体现出立宪的本意。
2.宪法的法理冲突导致土地管理法违宪界限不清晰。
土地管理法至今虽然已修正过两次，但宪法第十二条的宗旨始终都没有体现出来，说明在制订过程中仅选择宪法第十条作为立法依据，而并未选择宪法第十二条作为立法依据。现行土地管理法在涉及农民集体进行征地时的相关规定已经违背宪法第十二条的有关规定，与宪法相抵触。相反，土地管理法依据宪法第十条的规定就合法地造成了农民集体土地产权的残缺，为政府合法剥夺农民集体土地权益提供了强有力的法律武器。
(二)有关农民权益受损的土地管理法缺陷
第一，《中华人民共和国土地管理法》第八条规定城市市区的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有;宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。从字面意思理解只要农民集体土地被纳入了城市市区的范围，即丧失了法律保护。在笔者实地调研中发现有些地方采取将农村村民委员会直接改为城市居民委员会，将农村集体经济组织全部成员转为城镇居民，从而将原属于这些成员集体所有的土地全部变为国家所有。虽然表面上是符合《土地管理法》规定的，但是国务院是明令禁止这种做法。充分说明了《土地管理法》第八条作为僵化条款无意中为国家剥夺农民集体土地所有权提供了合法路径。因为已经是城市市区范围的土地当然归国家所有，不是城市市区范围的土地，国家有需要，会根据《土地管理法实施条例》通过征用的手段合法地灭失农民集体土地的所有权。用这种村改居的方式，企图逃避给予农民征用补偿费用，是一种严重侵犯农民权益的行为。
第二，按照宪法和土地管理法的规定，国家对农民集体土地的征占有征收和征用两种方式。但是《土地管理法实施条例》中并没有具体详细的规定，征收和征用的适用条件，导致在现实生活中地方政府一味的选择征收而不征用，导致农民集体土地所有权不得不流转。导致农民集体土地所有权的单向流转的原因在于现行土地管理法对农用地使用的严格限定。《中华人民共和国土地管理法》第三十条至第四十二条的所有条款都是在表明要严格保护耕地，保障粮食安全，避免农民集体随意将农用地用做建设用地。在法律条款明确而严格的规定下，农民集体的土地用于规定以外的非农用途时，土地管理法不予保护，而且将其所有权通过征收方式收归国有。
第三，土地管理法第四十七条规定征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。国家征收农民集体土地时，实行法定补偿价，补偿价价位低。但问题在于，就算修改现行的土地管理法第四十七条，征地按市场价计算不按补偿价计算，农民集体得到的也仅仅是一次买卖的收益，但失去的却是土地永久的所有权。失地农民虽然得到了一定的补偿金额，但是面对未来的高度不确定性，生存、就业和保障问题依然难以得到有效解决。而政府在拿到地后，按照《土地管理法》第五十四、五十五条的规定和《物权法》的相关规定，按照出让土地使用权的最长年限70年计算，也可以每隔70年就获得一次土地使用权收益。集体土地在经过低价征收和高价出让环节后，增值部分成为代表国家的地方各级政府财政收入的重要来源。
(三)物权法与土地管理法的法理冲突
物权法第三十九条规定所有权人对自己的不动产或动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。《物权法》同时将传统的集体所有权改为集体成员集体所有权，进一步明确了集体所有权的性质，以及集体财富享受的主体范围。证明了法律对土地所有权人的权益界定上是不存在国有土地与集体土地权益上的本质区别，也就说应该同等流转的。但2004年修订的土地管理法的规定却又对集体土地的流转作了严格限定，表明我国在对农民的集体土地上的法律规定是存在法理冲突的。因为土地管理法对土地管理产生直接的法律约束，所以依法享有土地所有权的农民集体不能自由交易属于自身的土地。凡涉及到买卖农民集体土地，必须经过政府征收环节:由买方向政府提出用地要求，政府再向农民集体征地后按出让价卖给对方。
(四)农村土地流转在落实决定精神时，面临通知设置的障碍。
囿于保护和扩大部门利益，国土资源部在通知中对决定的解读使得决定的精神在实践中得不到贯彻执行。主要表现在尸是对规划范围内征地的规定，二是对征地补偿标准的界定。
第一，决定第三部分大力推进改革创新，加强农村制度建设的第二款健全严格规范的农村土地管理制度中明确了土地承包经营权流转，不得改变土地集体所有性质，不得改变土地用途，不得损害农民土地承包权益。实行最严格的节约用地制度，从严控制城乡建设用地总规模。完善农村宅基地制度，严格宅基地管理，依法保障农户宅基地用益物权。而2008年国土资源部下发的通知是规定在土地利用总体规划圈化的城镇建设用地范围内，非农建设使用农村集体土地，实行国家征收。要求对对规划内的一切集体建设用地全部采取国家征收的方式，由此可以表明是把大量商品房用地和商业建筑用地都当作公共事业对待。显然通知的范围定得过宽，扩大了土地管理部门和地方政府直接征地的范围，不符合决定精神，违背了决定中关于严格界定公益性和经营性建设用地、逐步缩小征地范围的规定。
第二，决定规定逐步建立城乡统一的建设用地市场，对依法取得的农村集体经营性建设用地，必须通过统一有形的土地市场、以公开规范的方式转让土地使用权，在符合规划的前提下与国有土地享有平等权益。就是说要打破土地市场的国家独家垄断，逐步建立起城乡统一的建设用地市场，同地同价在公开透明市场上相同土地的成交价格作为征收集体土地的补偿标准而不是政府部门以某种方式制定的土地价格。国土部对征地补偿标准的界定在通知中是这样规定的:根据被征土地同地同价原则，综合论证和听证结果，由地方人民政府批准实施统一的征地补偿标准，对被征地农民进行合理补偿，及时足额支付到位。各省(区、市)要抓紧做好征地统一年产值标准和区片综合地价的修订完善工作，结合本地区经济社会发展水平和被征地农民的社会保障费用，适当提高征地补偿标准，经省(区、市)人民政府批准，从2009年起逐步公布实施。虽然表面上是同地同价、公正合理，但实际上从文义解释上看征地方得到了全部定价权利，明显不符合双方一致同意的原则。
三、农村土地流转中保障农民权益的法律对策
第一，通过修改和完善宪法和土地管理法中有关农村土地的所有权规定，来强化农民承包土地经营权的物权属性，使农民拥有长久的土地承包经营权，作为集体经济组织的发包方不能任意收回农民的土地承包经营权，乡村组织不得强迫农民流转土地或无理阻碍农民依法自主流转土地，不能以少数服从多数的简单方式决定农民承包土地的流转问题。对于暂时不同意流转的农户，可以通过调整土地位置的方式加以保留。农民承包土地的流转租金要考虑农产品价格的涨价因素，应以农产品产量和当年价格为依据，把农民承包土地的流转收益全额返还给流出土地的农户
第二、搞好土地的确权、登记、领证工作，要依法将农村集体土地的所有权确权到组。在界定农村集体土地范围和数量上，将集体土地确认到以自然村为主的农民集体经济组织。建立健全土地股份合作社的法人治理结构，从以股权形式量化给集体经济组织成员，组建农民土地股份合作社，让农民以入股方式流转土地承包经营权，采取土地股份合作形式参与农业开发经营。保障农民在流转土地后，仍然可以获得地租收入、农业政策性贴补收入，务农工资收入以及股权分红收入。
第三、通过制定相关法律法规来建立农民的基本生活、就业和创业的保障机制，完善双置换的法规制度，将农民宅基地换城镇住房变成农民宅基地换城镇商品房，让离土农民获得完全的房屋财产权，将承包地换社保改变成土地换保障，保障不仅仅是保障离土农民基本生活的社保，还要为离土农民提供就业、创业的保障。从而保证降低离土农民的生活成本和离土代价。
第四、从土地管理相关的法律法规上规范和完善土地流转手续、流转合同、流转档案及流转补偿，积极尝试建立农村土地产权交易所，建立健全土地价值评估、产权流转、产权收储、流转担保、纠纷调处机制，完善县、乡、村三级土地流转服务平台。
