三大湖泊水华频发水华的发生是水体富营养化最常见的一种表征，但对环境具有极大的危害性。长江流域水华发生的典型区域主要是“三湖”（滇池、巢湖、太湖）、三峡库区一些支流库湾和汉江中下游。
滇池位于昆明市城区西南，是云南最大的高原淡水湖泊，主要功能是供水、渔业、景观、防洪等，现在已不作为昆明市的主要饮用水源，而是备用水源。滇池流域面积约2920平方公里，是云南省经济和社会发展水平最高的区域。
滇池污染经历了一个长期的过程，从20世纪70年代后期开始，至90年代，湖泊水体富营养化日趋严重。自1993年实施治理以来，实施了污水处理厂建设、面源控制、底泥疏浚、湖滨带生态恢复与建设、水葫芦打捞、除藻等多项治理工程，但湖区氮磷含量降低不明显。
巢湖位于安徽省境内合肥、巢湖两市之间，主要功能有供水、养殖、蓄洪等，是目前巢湖市的供水水源（东半湖）和合肥市的备用水源。巢湖流域总面积1.35万平方公里，是安徽省经济和社会发展水平较高的区域。
20世纪90年代发展成为富营养状态。2005年水质监测数据表明，巢湖西半湖为劣Ⅴ类，东半湖为Ⅳ ～Ⅴ类水质，西半湖水体污染程度重于东半湖；西半湖处于富营养状态，东半湖处于中度富营养状态。
巢湖蓝藻水华在20世纪70年代以前已有发生，但以往发生的范围与程度有限。20世纪70～80年代以来，随着湖泊富营养状态的加重，蓝藻水华频次增多、规模扩大。
2003年和2011年连续两年出现大面积蓝藻暴发现象，其中2003年局部水域蓝藻最大厚度达1米以上，为历年所罕见。太湖是我国第三大淡水湖，地跨江浙两省。
太湖为一大型碟形浅水湖泊，是集饮用水源、工业用水、防洪蓄洪、旅游、航运、养殖等于一体的多功能水体。在20世纪50～70年代期间，太湖水质优良，以Ⅱ类为主；水体营养状态以中营养—中富营养为主，很少有蓝藻大规模暴发现象。
太湖蓝藻水华从20世纪80年代初就已开始，据统计，80年代中后期太湖水华每年暴发2～3次，范围扩大至梅梁湖；90年代中后期上升到每年暴发4～5次，并逐渐向湖中心扩展；自2000年起，在太湖的湖心区已出现水华。2006年8月发生了全湖性的水华，2007年5月再度暴发水华，而这次水华直接影响了无锡市最主要水源地“贡湖南泉水厂”（日供水90万吨）的取水口，水源地水质遭受严重污染，给200万无锡市群众生活造成了巨大影响，引起了全国的关注。
防治存在四大制约一是追求经济高速发展，忽视资源环境保护。毋庸讳言，在过去很长一段时间内，为了追求经济的高速发展，忽视了对资源环境的保护，或者说，在统筹保护与开发、协调生态与发展的关系时，往往是后者重于前者。
最近20年是我国社会经济高速发展的时期，也是“三湖”等水华频发地区富营养化发展最快的时期。由于认识不到位，重经济发展、轻水资源与环境保护等原因，在城市规划、工业布局、人口规模、农业发展、湖体利用等方面没有充分考虑水资源与水环境承载能力，再加上治理措施未能及时到位，导致入水体污染物总量大大超过水体承受能力，从而导致水体水质恶化。
如滇池流域属于缺水地区，但昆明市城市人口不断增加，排污量不断提高，至今污水年排放量已占滇池年水资源量的50％，即使全部处理达标排放，对滇池的水污染也不容乐观，社会经济发展与水资源和水环境承载能力极不相适应。二是综合协调不够，统一管理乏力。
按照现行管理体制，水资源保护涉及中央和地方、部门和企业等，像太湖、三峡库区还涉及跨省问题。这几个区域都实施了水污染防治规划，进行了大量投入，实际上效果并不理想。
究其原因，一是综合协调不够，各部门各管一事，缺乏国家层面的强有力的部门协调机制，未能形成部门的整体合力；二是流域统一管理乏力，以流域为单元，流域管理与区域管理相结合的水资源统一管理体制未能很好落实，没有充分发挥流域管理机构的作用，各地方各管一块，导致严重的分割管理。三是综合治理措施缺乏，投资结构不尽合理。
湖库富营养化和水华治理过程中存在着“头疼医头，脚疼医脚”和“就水论水”等问题，综合治理措施缺乏。水华的控制不仅仅在水体本身，应拓展到流域层面上进行污染源控制以及水体生态完整性的维护，首先对湖库的外源污染进行有效控制，其次才是去除内源污染负荷，进而进行生态系统的恢复和重建。
