一长江流域地处我国中南部，它发源于唐古拉山脉主峰格拉丹东雪山西南侧，干流经青海、西藏、云南、四川、重庆、湖北、湖南、江西、安徽、江苏、和上海十一个省（市、区）注入东海，全长6300公里。支流伸伸展到甘肃、贵州、陕西、河南、广西、广东、福建、浙江八个省（区）。
流域面积180余万平方公里，约占全国总面积的五分之一。长江流域资源丰富，人口众多，经济发达。
长江流域水资源特性突出：它流域多年平均降水量1070毫米，但时空分布不均匀；长江水量巨大，占全国径流总量的35%，是黄河水量的20倍，且径流年际变化不大，但水资源地区分布不均匀，年内分布不均匀。长江流域资源的基本状况及其特征是长江水资源保护立法的对象属性，也可以说是长江流域水资源保护立法的前提条件，立法的必要性正是建立在这一基础之上的。
（一）长江流域水资源在中国可持续发展中的地位要求对其水资源保护问题予以充分重视长江流域经济的发展离不开资源的开发利用，水作为人类生存的基本环境要素，与其它环境要素和资源都息息相关，大气环境、土壤环境、地理环境、地质环境、海洋环境、生物环境与之进行的能量流动、物质循环将它们连接为不可分的环境整体；水作为重要的经济资源，是一切生产活动都不能离开的重要条件，在某种意义上讲，水资源不仅与森林、草原、生物、土壤、矿藏等资源息息相关，而且是一定区域人文环境、社会环境的基础要素。因此，可以说，长江流域经济的发展与长江流域水资源丰富直接相关，对长江流域经济发展的一切规划与设想，也都是建立在长江水资源的基础之上的。
的确，在长江流域，优越的自然地理条件、丰富的水资源伴随其间的其它资源为长江流域经济的发展带来了开发利用资源、迅速发展经济的各种契机。但是，一切规划和设想为我们描绘的美丽蓝图都是建立在长江流域资源可永续利用的前提之上的，如果没有充足的水量或符合人类生存需要和经济发展要求的水质，长江流域的经济发展也只能是一句空话或是一纸图画而已。
而要真正实现这些设想，就必须对水资源有充分的认识。一方面，水是不可替代的资源，在当今，水荒已成为全球性问题。
工业发达国家中，当年总用水量超过河川总径流量的15%时，就会出现水荒和农业干旱。我国河川年总径流量约为26300亿立方米，到2000年总耗水量将达到13000亿立方米，供需矛盾十分突出。
我国从70年代开始出现水荒，如今已蔓延到全国，目前我国的实际用水量已达5300亿立方米。有关专家研究指出：由于自然条件和开发条件的限制，年取水量10000~12000亿立方米，将是我国水资源可利用量的可能限度，再增加供水将十分困难。
据1993年统计资料，长江流域水资源利用率仅为21%左右，可供水量比1980年仅提高128亿立方米，当流域出现枯水偏旱年，约缺水226亿立方米。目前，长江流域经济发展已受到给水不足的制约。
现状已不容乐观，沿江经济带的发展对长江水资源则会造成更大的压力；而今天的长江流域，除供水已出现紧张外，水污染、水土流失等问题也不容忽视。另一方面，水资源是可以不断更新、不断补充的可更新资源，可以寻求可持续开发的途径，使当代人和后代人都能源源不断地永续利用。
只要合理地开发利用水资源，水资源是可以实现永续利用的。但是，水资源的可更新、可补充能力又是受自然条件限制的，是有一定限度的。
任何无节制的开发，都会导致其受到破坏，并使其更新能力下降。因此，必须要对水资源的开发利用进行管理，以保护水资源的永续利用得以实现，否则，长江流域经济的可持续发展是不可能实现的。
1、长江流域水资源保护过程中的市场无功能和流域资源保护的特殊性在客观上要求实行统一管理。长江流域经济发展战略要求对长江水资源进行保护，而要保护水资源首先必须解决谁来付费的问题，在市场机制下，这却是一个无法解决的问题。
另外，长江流域水资源又是一种公共资源，它不同于一般私人物品，不具有消费上的排他性，不是你用了我就不能再用，而是只要它存在，你可以消费，我也可以消费。长江水资源的这种特性，会引起需求与供给无法自动通过市场机制相互适应的问题。
并且，由于长江流域水资源是一种流域资源，它具有整体流动的自然属性，以流域为单元，水量水质、地上水地下水相互依存，组成一体，上下游、左右岸、干支流的开发利用、治理互为影响；它同时具有多种社会功能，可用于灌溉、发电、供水、养殖、航运和旅游等多方面，有着开发的多部门性和对城乡供水、卫生保健、工农业生产、城市发展、水力发电、内陆渔业、水上运输、休闲娱乐等人类活动的多方面利益。另外，还存在着洪水泛滥成灾的危害以至于开发利用的同时必须始终贯穿于防洪和洪水控制的考虑。
长江虽然从生态系统上看它是一个完整的系统，但其干支流、上下游却被人为地划分成了多个行政区域，形成了实际上的分割管辖的现象。
2、长江流域水资源开发利用现状及存在的问题客观上要求加强对水资源保护的统一管理从理论上论述长江流域水资源保护的必要性仅仅是问题的一个重要方面，但绝不止于此；事实上，长江流域水资源开发利用中已经存在着许多方面的问题。1.长江流域水质性缺水问题严重。
2、工程性缺水问题严重。
3、对长江流域水资源开发利用缺乏环境保护意识，出现了国外污染转移、资源破坏、自然景观破坏等种种不良现象。
4、长江流域水土流失问题严重。
（二）长江水流域水资源的公共资源和流域资源属性要求对其进行统一管理。长江流域水资源保护的市场无功能性、对可持续发展的基础资源性以及其开发利用形势的严峻性均在客观上要求设置公共权力，对经济个体盲目地开发利用长江流域水资源的行为加以干预，通过采取"集体行动"，解决资源保护的"付费"问题，切实保证长江流域水资源的永续利用。
过去，我国对长江流域水资源的保护也采取了行动，建立了管理机构，但效果却不明显，各种问题不仅没有得到很好的解决，反而出现了恶化的趋势。究其原因，是我们目前设置的公共权力不符合长江流域水资源保护的特性或要求所造成的后果。
长江流域水资源保护管理体制是依照一定的决策原理和环境观念形成的。对此，必须要有正确而清醒的认识。
长江流域水资源首先是一种公共资源，它具有公共资源的一般属性，如供应的联合性、有限性、和使用的分散性、高度相互依存性与不可分性。作为共同财富和公品，对水资源的使用，必须集体行动。
个体对公共资源的自由选择与利用和社会的公共资源的分散管理，将产生破坏性竞争。根据决策理论，在公共管理中，管理主体越多越分散，管理责任就会愈是趋于松弛，对资源的保护就愈为无力，资源的状况则愈坏。
反之，权力越统一，责任就越大；权力越是集中并趋向单一中心，责任就越明确，越统一，责任就越大；权力越是集中并趋向单一中心，责任就越明确，权力主体之间的破坏性竞争和摩擦就越小。因此，在构建整个水资源保护体制时，必须实行统一指挥，加强调控，推行主要管理功能部门化， 确立单一权力结构和单一行政领导系统。
同时，水资源作为公共资源可以联合使用和各种可能使用方式的互相依存的重要性质及其因此而产生的复杂难题，在水资源管理中需要有广泛的协调和处理机构间冲突的机制，需要有必要的权力交叉与分割。伸言之，在同一背景和理由下，水资源保护管理既需要集权，也需要分权与平衡。
因此，在水资源管理体制中，一般都存在着权力分散的特点，形成了权限重叠、权力分散的多元化体制。事实上，在水资源保护管理体制的构建中，一直存在着集权与分权的难题。
一方面，统一领导须在部门协调的原则下实现，集权不是大一统的权力垄断；另一方面，功能上的权力分散又将形成权力行使和管理责任的混淆，导致管理的无责任性与混乱性。如何合理解决这一矛盾，的确需要进行探索。
这一问题也是世界性难题，许多国家经过多年实践，大都选择了趋向集中和倾向单一决策、指导、控制、与执行中心的方向；水资源保护管理的权力越来越向一个政府部门聚集，越来越向中央政府聚集。中国水资源保护管理实际上也正在走上这条道路，只是由于在集权与分权的问题上还未形成有效的协调与处理机制，才造成了一些问题。
其次，长江流域水资源保护又有着自身的特点，它作为一种流域资源，既是一种环境资源又是一种经济资源，具有生态系统的完整性、跨行政区域性和使用的多元性特征，而无论是对流域水资源的何种使用都涉及到对资源的保护与管理问题。一方面，长江流域水资源被行政区划分割为不同的管辖范围，由不同的主体分别行使管理权；另一方面，长江流域生态系统并不因为行政区划而改变其发展规律。
我国目前水资源所有权主体严重缺位，加之水资源的多重使用价值，使得地方利益、部门利益、个体利益的考虑远远大于长江流域水资源保护的考虑，使用水资源的外部不经济性和事实上的无偿性虽然在各种立法中通过规范公民个人和企业事业单位的行为、建立各种监督管理制度似乎得到了解决，但由于种种原因却疏忽了对地方利益、部门利益的限制，其结果只能是整个流域水资源保护的失范，最终导致流域水资源的污染和破坏。淮河流域严重污染的原因正是如此，我国水资源保护立法只注重规范市场主体而忽视政府机关，管理体制的设置只重视区域机构而忽视流域机构的弊端暴露无遗。
因此，在长江流域水资源保护管理体制的构建中，同样也存在着集权与分权的问题，存在着管理权力是否向一个部门、一个方向聚集的问题；但是，其集权与分权的对象却不是同一级政府的不同部门或中央政府与地方政府，而是必须从流域管理的特征出发，建立专门的符合流域水资源保护要求的机构，站在全流域水资源保护的高度，摒弃地方观念和部门利益，统一管理长江流域水资源保护工作。只有设置这样的专门机构并由中央特别授权，并在此基础上形成分权与平衡机制，确立协调原则和程序，才能真正解决长江流域水资源保护与可持续发展问题。
（三）长江流域水资源保护立法和实践现状在客观上要求制定专门的法律，统一规范长江流域水资源保护行为。对长江流域水资源的保护与公共权力的设置在实质上具有同一性，保护需要采取集体行动，而目前最经济也是最大的集体行动和公共权力体就是国家及其行动。
国家要采取任何行动，都必须设置相应的职能部门，以代表国家行使权力。在现代法治观念下，无论是国家权力机关的设置还是国家权力的行使，都必须具有法律依据。
法律也以其特有的规范性、概括性、普遍性、强制性发挥着其它手段和措施所不具备的作用，成为国家保护长江流域水资源的有力武器。因此，制定法律并实施法律对于长江流域水资源的有效保护是完全必要的，法律在这一领域中的作用也是得到了充分认可的。
在我国目前长江流域水资源保护中存在的问题不时要不要立法，而是立什么样的法？该立法的目标、任务、功能、作用是什么？目前已有的法律制度为何不能发挥应有的作用？在我国，国家保护自然资源，保护环境是写进宪法的一项基本国策。以宪法为基础，国家也已制定了一系列法律法规，基本上实现了水资源保护活动的有法可依。
但这些法律法规都还不够健全和完善，尤其是在对流域水资源保护方面，存在的问题更为严重突出。我国现行的有关水资源保护的法律主要有四部，它们是《环境保护法》、《水法》、《水污染防治法》、《水土保持法》，从表面上看，这四不法律对我国的水资源保护问题已作出了全面的规定，但实际上在立法理论与实践中，这四部法律本身及其相互之间都存在着问题。
其主要问题表现为：1.四个法律的关系不清。上述四部法律均为全国人大常委会制定，具有同等法律效力；但从理论与实践上看，水资源管理与水土保持.环境保护与水污染防治显然都不是同一层次的问题,在立法上也应有不同的法律效力等级，才有利于对不同的行为形成规范体系，目前这种立法模式显然不能满足水资源管理与保护的需要。
2.几部法律之间的关系不协调。四部法律都对管理体制作出了规定，确立了水资源管理与保护的主管部门和协管部门，但四部法律实际上是由两个主管部门分别起草然后报全国人大常委会通过的，立法时缺乏综合平衡，立法时间有先有后，也缺乏通盘考虑，污染防治法早于水法，水法又早于环境保护法，不可能使得几部法律很好地协调。
各个法律规定过于原则，可操作性不够，缺乏相应的配套法规，特别是缺乏程序性规定，致使一些法律制度的适用范围不明、具体实施时困难重重。3.各管理部门之间的职权范围不明。
由于我国目前行政机关的设立都没有专门的组织法，各部门的职权都是由各部门自己先制定方案，后报经国务院批准，各部门难免从自身利益出发来考虑问题，从而忽视整体利益，造成权力设置的重复或空白，只有分工没有协作，既不能充分发挥各部门的作用，又不能形成整体效益；反而因为各部门的权力竞争造成对整体利益、长远利益的损害。这种现象在流域水资源保护中十分典型：污染管理者、资源开发者、排污者相脱节，管理者只收费不治理、资源开发者既要开发又要治理、排污者只交费什么都不管。
其结果只能是流域水资源得不到有效保护。4.一些管理机构的法律地位不明，职权不定，难以实现法律规定的管理目标。
在四部法律中，关于流域水环境保护仅有《水污染防治法》有所规定，但其规定却是相互矛盾的。该法第四条规定："……重要江河的水源保护机构,结合各自的职责,协同环境保护部门对水污染防治实施监督管理。
"而根据我国目前的机构设置，水行政主管部门下设水资源保护机构，根本没有什么水源保护机构；然而从《水污染防治法》关于流域水污染防治的其它规定来看，显然流域水污染防治就是流域水资源保护机构的职责。由于流域水资源保护机构的法律地位不明、权力不清、职责不定，当然无法发挥对长江流域水资源统一管理的作用，致使流域水资源保护举步维艰。
正是由于以上几个方面问题的严重存在，才造成了流域水资源保护管理体制的混乱，以致于在淮河流域出现严重的水污染时，现行制度无法发挥作用的现象。为理顺淮河流域该的水资源保护管理体制，不得已在《淮河流域水污染防治条例》中设立淮河流域水资源保护领导小组，授予该小组以行政权，行使淮河流域水资源保护的行政管理职能。
抛开已有的机构，另设临时机构并委以重任，无论如何都不能说是正常现象；更何况，淮河流域是在污染已万分严重的情况下进行的事后立法.如果每一流域都要等到象淮河流域一样了再来设置临时机构，那么，《环境保护法》也好.《水法》也好.《水污染防治法》也好,都不过是一纸空文.预防为主也好.可持续发展也罢,只不过是空中楼阁,毫无意义.因此,必须认真吸取淮河流域水污染的教训,通过立法和修订现行法律，理顺各有关法律之间的关系，以保证各项制度能在流域水资源保护中发挥作用，保证流域水资源保护的目标得以顺利实现。还需特别指出的是，流域水资源保护的流域特性是不可忽视的，即使在对现行法律作出修订使之能适应流域水资源保护的要求后，根据流域特点制定专门性立法也是必须的。
每一个流域地理位置不同、流域范围不同、资源开发利用的目标不同、径流量不同、所担负的社会功能不同，等等。诸多的自然因素与社会因素的差异导致了各流域资源保护重点的区别，如淮河流域以防治已经出现的严重水污染为主，黄河流域以水土保持为重点，松辽流域预防与治理并重，长江要以预防为主；即使是每一流域都共同负有防治水污染的责任，由于每一流域的经济发展的战略部署、产业结构和社会结构、污染源与污染物的数量种类成分等不同，对每一流域所设置的保护制度也应该是有差别的。
尤其是对长江流域水资源保护立法属于预防性立法，它要更关注或注重对未来可能发生的各种现象的法律调整，更大程度上保护长江流域水资源的可持续发展。虽然目前国务院发布的《淮河流域水污染防治暂行条例》一些原则和制度可以在全国适用，但却不具有长江水资源保护的特征针对性；也有松辽流域、太湖流域水资源保护由流域各省（区）联合会签发布管理规定，但对长江流域这样一条涉及范围广、涉及地方省市多、资源保护任务和重点差异大的流域来说，不仅仅是达成协议的难度大，而且协议达成后的执行难度更大、也很脆弱。
因此，从对长江流域水资源有效保护的角度出发，当然需要制定专门的法律，根据具体情况设置制度体系，建立切实可行的保护体制。二在关于长江水资源保护立法的研究中，我们首先看到长江流域水资源的特点和现状，它具有显著的双重属性：长江流域水资源既是一种环境资源，具有公共资源的一般属性，即供应的联合性、有限性和使用的分散性、高度相互依存性与不可分性；又是一种经济资源，具有以长江流域为本体的特殊性，即生态系统的完整性、管辖的跨行政区域性和开发利用方式的多元性。
其次，我们也看到了长江流域水资源在中国经济发展和环境保护中的地位以及由此而显现出的长江流域对中国可持续发展的不可替代性。但是，目前长江流域水资源开发利用和环境保护现状令人堪忧，已经出现的质量性缺水、区域性污染呈上升趋势等问题和目前才初露端倪将来可能出现的因不合理开发利用长江流域水资源而严重影响整个流域乃至全国可持续发展的问题使我们认识到及早进行长江流域水资源保护专门立法的必要性。
记忆犹新的淮河流域严重污染状况和先污染后治理的惨痛教训，时刻在告诫我们，长江水资源保护必须切实贯彻"预防为主"原则，如果等到长江流域变成了又一个淮河流域，中国的经济发展与环境保护将不堪设想。法律作为规范人们行为的基本准则，以其特有的概括性、普遍适用性、规范性和国家强制性为人们设定行为模式，通过引导、激励、限制、禁止等各种形式告知全体公民可以做、应该做、不能做的条件、范围和程序；它可以将未来可预见的各种情况纳入规范的轨道，也可以避免各种冲突与矛盾。
从法律的功能与作用来看，它必然是保护长江流域水资源的最有力的武器。另外，长江流域水资源的公共资源属性，也决定了市场机制或价值规律的无功能，必须要设置公共权力，而在现代社会条件下，能够代表全体社会成员的公共权力机构当然是也只能是国家。
而在权力法定的现代法治观念下，设置公共权力机关并赋予其一定的职责权限，规定其活动原则和活动范围，也是法律的基本职能。因此，无论从哪一方面看，制定长江流域水资源保护的专门法律都是必要的。
建立在必要性、可能性基础之上的长江流域水资源保护立法当然还必须具备科学性、逻辑性、严谨性、可操作性、和内外部的协调性，根据课题组的研究成果和长江流域水资源保护的实践，可以对《长江流域水资源保护办法》作出如下基本设想：
（一）《长江流域水资源保护办法》的基本结构。《长江流域水资源保护办法》可由六大部分构成：
1、总则。规定长江流域水资源保护的立法依据、基本概念、基本对策或原则、适用范围等。
2、监督管理。规定长江流域水资源保护的管理体制、管理机构及其权限、机构间勾通协调原则和程序以及适用于整个流域的水资源保护管理制度。
3、流域水资源开发利用的保护。具体规定长江流域水资源开发利用的各种行为及其开发利用者在水资源保护方面的权利义务，规定各项保护制度。
4、流域水污染防治。具体规定各种向长江流域排放水污染物的行为，规定排放水污染物的管理程序和具体制度。
5、法律责任。具体规定各种违反《长江流域水资源保护办法》的行为及其应当承担的法律责任。
6、附则。规定《长江流域水资源保护办法》的生效、解释、对相关法律法规的适用等。
（二）长江流域水资源保护管理体系的设置原则在长江流域水资源既是公共资源、其具有公共资源的一般属性，又是流域资源、也具有流域的特殊属性的认识基础上，构建长江流域水资源保护管理体制必须遵循如下原则:
1、效率原则。效率原则在许多国家都是评价政府活动及体制的合理性的重要标准之一，管理的有效性和管理机构的效率始终应作为设置体制的基本目标。
而管理系统的专门化和管理体制的单一权力机构，有助于减少决策和办事过程中的消耗，可以增长效率、克服无责任性和混乱性。如果将长江水资源保护管理权分散于多个政府部门或各区域性部门，不只是简单的确定权力分工，为实质上是使机构之间具有了竞争性，这种竞争既有正面效应，如调动个部门的积极性，形成保护长江流域水资源的共同努力；也有负面效应，为鼓励个部门利用一切可行的机会去追求短期利益提供了便利。
因为，如果一个部门不这样做，则其他部门便会这样做。其结果是导致长江流域水资源这样的公共资源的开发走到可悲的地步。
当相关的方面包括了大量的权力重叠和交叉的小公共权力，而各个小的公共权力又只能够规范几个较小的与作用方面有关的权力的行为时，"公众悲剧"就会在几个较小权力的竞争中发生：而个较小的权力机构沉溺于权力的病态竞争，则无法去注意和实现该权力的真正目标，从而导致效率低下或不计效率，使公共权力变成否定性的负值游戏。因此，应充分认识"系统专门化才能增长效率"的意义，吸取过去水资源保护管理体?浦衅毡榇嬖诘囊蛉Ψ稚⒍贾碌牡托实牟彝唇萄担苊?quot;公众悲剧"和"非集权化的恶性循环"的发生。
在此意义上，长江流域水资源保护管理体制的构建必须以效率作为基本目标，选择通过加强大权力者或通过增加专门机构的决策能力、增加对专门化系统的组建、合并与强化的体制。具体而言，就是要真正赋予长江流域水资源保护机构以决策权、监督权、协调权和执行权，使其能够担负起统一管理的责任，保证管理的效率。
2、协调原则。长江流域水资源的公共性和对其使用方式的多元性决定了其资源保护管理的任务绝对不可能是单一机构就能完成的，必须有各相关部门的配合，而这种配合必须是协调的。
协调是为了避免采取互不相容的政策，控制各机构的活动与决定，使大家步调一致地追求已确定的共同目标和目的。协调既要避免矛盾、又要解决矛盾，既有预防性、又有战略性，既有程序性、又有实质性。
在对长江流域水资源保护的管理过程中，必然会产生权力的交叉与分割，存在实际上的权力相对分散的多元化体制，也必然会出现分权与平衡的问题。这种情况下，就必须正确处理统一管理与分权的关系，在保证管理效率的前提下，确立合理解决矛盾的原则，建立广泛的处理机构间权力冲突的机制。
这种机制表现在法律上就是要明确各管理部门的具体职责与权限，明确各部门行使职权的法律程序和行为范围，以协调各部门在长江水资源保护管理中的关系。在协调原则下，统一管理是基本目标，各部门在这一目标下分权与平衡：必要的权利交叉既有侧重点又有勾通程序，适当的权力分割也不是互相推诿和扯皮的借口。
统一管理机构与分管机构之间的关系也是相互配合和依存的关系，它们各自均有明确的地位、功能和作用，既不能相互替代，也不能相互竞争，而?俏耸迪止餐墓芾砟勘旮鞲浩湓稹＞咛宥裕そ饔蛩试幢；す芾砘乖诔そ饔蛩试垂芾硖逯浦写τ诤诵牡匚唬そ饔蚰诘母髑蛐曰肪潮；げ棵拧⑺芾聿棵乓约坝嬲娓酃芾聿棵拧⒑降拦芾聿棵诺染切懿棵牛鞑棵庞υ诜筛秤璧闹叭ǚ段诮泄芾恚煌保贡匦虢邮芡骋还芾聿棵诺暮旯鄣骺兀笆钡髡ぷ鞣较颍苊庖蛉Φ木赫鸷θδ勘甑氖迪帧９ィ怯捎诿挥型骋坏某そ饔蛩试幢；ち⒎ǎ懦鱿至斯芾砩系闹种只炻遥衷谝贫ㄓ泄胤ü妫比皇紫纫饩龊霉芾硖逯频男魑侍猓?nbsp;确立各部门间的正常关系，以保证管理目标的实现。
3、民主决策原则。长江流域水资源保护管理从一定意义上看就是对长江水资源这种公共资源的分配与控制。
在对长江水资源供给的分配中，不仅需要有效，也需要公正、合理。使这种分配有益于实现环境保护的总体目标，有益于实现社会的共同利益，即公众的长远利益。
而集体决策、民主决策，便是应用正义与公平的必要条件。这就需要合作与参与，需要有对决策过程的了解和提出批评的权利，更需要有参与和对决策进行修改的程序。
因此，在功能性权力集中的同时，还必须建设决策性权力的协调合作机制，以使决策科学、公正、合理。保证合理、公正的长江流域水资源管理体制存在于民主决策与功能权力集中的复合结构之中。
多元的决策与集中的控制执行相结合才能构成"完善"的长江流域水资源保护管理体制。为保障民主决策原则的实现，在长江流域水资源保护管理体制的构建中，就必须充分注意各管理机构、各管理相对人的民主权利，在法律上赋予他们相应的地位与权力，设置必要的程序，保证这些权力的实现。
（三）长江流域水资源保护机构的职权。要使长江流域水资源保护机构承担起统一管理长江流域水资源保护的责任，必须改变其仅作为流域协调机构的现状，使起成为真正的流域水资源保护的执法主体。
其职权范围因包括：
1、规划计划权。具体为负责制定长江流域水资源保护的规划和计划、总量控制计划、污染防治计划、供水计划等。
2、监督检查权。具体为监督检查流域规划和各项计划的实施和流域内各行政区的水资源保护工作，检查重点工程对长江水资源的影响，检查各项制度的实施情况并提出相应的意见和建议。
3、获取信息权。具体为流域内各行政区对所辖江段水资源保护工作的汇报，要求各地区进行排污申报，指定重点工程、重点区域、重点单位定期汇报，根据具体情况要求个别部门和单位进行临时汇报等。
4、监测权。具体为负责长江的水文、水质监测及省（市、区）界水质变化情况监测。
5、建议权。建议流域内各行政区决定限期治理、综合开发利用和综合整治等。
6、许可权。包括取水许可、沿江设置排污口许可、污染物排放许可等。
7、纠纷处理权。包括对跨行政区的水污染纠纷、用水纠纷等的处理权。
8、行政强制权。对长江流域水资源造成危害的单位和个人采取直接的和间接的强制措施的权力。
9、行政处罚权。对长江流域水资源造成损害的单位和个人予以行政处罚的权力。
（四）《长江流域水资源保护办法》的制度体系。长江流域水资源保护的制度体系应是一个相对完备的系统，各项制度间也应具有逻辑的联系，根据对长江流域水资源保护立法的整体构想，其制度体系与结构紧密联系，主要制度包括：
1、关于全流域水资源保护监督管理的制度。具体包括规划计划制度、目标责任制度、环境影响评价制度、"三同时"制度、水资源保护基金制度、总量控制制度、现场检查制度和奖励制度。
2、关于全流域水资源开发利用保护的制度。具体包括开发利用许可证制度、供水分配制度、生态补偿费制度、水利工程的水资源保护制度、岸边工程的水资源保护制度、航道利用的水资源保护制度、渔业资源开发的保护制度、水土保持制度。
3、关于全流域水污染防治的制度。具体包括污染防治许可证制度、排污申报制度、排污收费制度、限期治理制度、重大水污染事故申报与应急措施制度、船舶污染源控制制度、陆源污染的控制制度、开发利用项目污染的控制制度。
4、关于法律责任的制度。具体包括行政法律责任制度、民事法律责任制度、刑事法律责任制度。
