2007年12月1日，日中两国政府对最后的日元贷款的463亿日元，进行了政府间公文交换，最后一笔对华新的日元贷款宣告结束。
原本日本的对华ODA（政府开发援助），是以弥补中国方面开发资金不足和外汇不足、支援改革开放、促进日中经济关系发展和中国的稳定为目的而开始的。以日元贷款为中心的对华ODA在一定程度为这一目标的实现作出了贡献，但进入21世纪，这些当初的政策目标已经大致实现，再继续提供下去已经意义不大。
与此同时，从20世纪90年代末期开始到21世纪初期，在中国经济的发展、日本经济财政状况的恶化和“中国威胁论”等背景下，日本国内关于对华ODA的批判也日渐显著。这些批判的典型观点包括：日本负担着巨额的财政赤字，已经不具备支撑对华ODA那样的巨额支援的财政余地;中国正在扩充军事力量，这与《ODA大纲》中的“充分注意军事支出等动向”的原则有抵触的可能;中国方面并未对日本的对华ODA表示感谢;中国的经济发展显著，已经没有援助的必要;中国一边接受日本的援助，一边援助其他的国家。
在这种背景下，日本政府首先于2001年10月制定了《对中国经济合作计划》，开始了对华ODA的重新调整，提出了“不以从前的提供金额为前提，而是考虑我国严峻的经济、财政状况，向以重点领域、重点课题为中心的项目集中实施”的方针。
在中国方面，过去外交部、财政部和国家计划委员会（现在的国家发改委）等相关机构都很欢迎日本的日元贷款，但是随着中国自身的经济发展和日本政府对华ODA的调整，中国近年来对日本的对华ODA日元贷款政策变得冷淡。
尽管日元贷款的必要性和重要性在下降，但并非意味着中国政府认为它完全没有必要。中国，特别是为了缩小地域间差距，需要进行内陆地区基础设施建设与改善，推进城市化，仍然有庞大的资金需要。作为其中的一个财源，日元贷款的必要性绝对没有完全丧失。
此时，中国政府重视的是不让日元贷款问题导致日中关系整体恶化，要善始善终。但是，援助方的日本政府要终止对华日元贷款的新贷款，一旦遭到中国的拒绝，也只能给日中之间留下隔阂。最终的结果是，中国政府回避了可能导致与日本关系进一步恶化的针锋相对的立场，接受了日本政府的要求。
虽说日元贷款和一般无偿资金合作的大规模资金合作停止了，但并不意味着日中政府间经济合作的全部结束。“草根援助、人的安全保障无偿援助”和“人才培养奖学金计划”等部分小规模的无偿资金合作和技术合作，即使在2012年，日本也仍然向中国继续提供，在环境保护、内陆地区的扶贫和社会开发、人才培养和制度制定等领域仍在合作。
