在中国前十名顶级智库榜单中，两个排行榜仅有中国社会科学院和国务院发展研究中心两个机构重合。这不仅是由于指标体系差异巨大，也和目前中国智库评价和排名领域普遍存在的困难有关。
智库评价困境
从智库组织间的绩效管理而言，智库评价已上升到了行业、区域甚至全国、全球的高度。当国家将智库建设视为推进国家治理体系现代化的重要战略时，对智库的评价成为国家和社会普遍关注的一个问题。智库评价的目的和意义在于从评价中发现问题，而不是对智库进行排名，亦或是通过排名提升评价机构的影响力和个别智库的影响力。
做好智库评价需要3个条件：一是明确的智库评价目标;二是评价指标体系反映智库目标和智库运行的因果关联;三是能够客观真实采集到智库运转的指征。
如果这三者做不到或者缺少某些方面的话，就难免因为错误的评价机制导致系统运转产生偏差。媒体、学界等对智库排名结果的过度放大和不合理的解读，导致这一评价结果并未起到 “规范引导中国智库整体健康发展”的作用，反而使得智库间为获得较好评价排名而有意跟随评价指标，以致可能影响到智库本身真正的追求。
现实中的智库评价在实施过程中难免存在疏漏，更因不同地区、不同专家在确定评价指标的选择性差异，导致绩效评价的差异和人为造成的差距。
首先，智库评价指标模糊。智库评价的主要难题在于评价智库影响力、竞争力以及活力的指标数据模糊问题。评价影响力时，由于智库提供的思想观点或政策建议，落实到公共政策出台及其执行后，会有一定的时滞才能判断政策的实施效果;而政策效果的评价本身也是难题，尤其是在区分政策设计本身问题还是执行的问题时。因此，即便目前相对科学的影响力评价，也大多通过领导批示、课题数量、研究经费、学术论文发表数量、引用情况、媒体专访等指标进行。 在2016年1月，同时发布的两份最新智库排名榜单中，中国前十名顶级智库榜单仅有中国社会科学院和国务院发展研究中心两个机构重合。
再如，进行智库的竞争力评价时，是否要根据智库成立年限加以区分，也是一个问题。一个历史悠久的智库和一个刚刚成立的智库，在进行竞争力评价时，是否应该直接放在一起？如果硬要放在一起评价，如何区分现时竞争力和未来竞争潜力？
其次，智库评价主体缺失。国外智库评价的主体除了前面提及的宾大全球智库评价团队，大多由媒体或第三方评价机构进行。中国智库由谁来评？当前的局面是中国媒体通常只对智库成果进行梳理报道，或者针对某一政策问题对智库的表现进行评论，尚未有媒体进行全国性或者区域性的全面智库评价。
中国的第三方评价组织发展滞后，且主要集中于财会或质量监督检测等领域，对于智库评价也未有机构专门涉及，类似的机构有科技部软科学办公室组织的软科学机构统计调查，但仅仅对软科学机构的分布、学历结构、承担课题、发表论文、国际交流等进行统计，形成调查报告，并未对机构影响力或竞争力进行评价。教育部的人文社科基地评估会有定期的检查和评审验收，但大多以自评汇报式进行，即便设计一定的指标体系，但在实际评审中，作为评委的专家学者大多依赖定性投票的形式划分等级。
最后，智库评价数据获取难度较大。智库评价的真实客观性，主要体现为评价所需指标数据的真实获取。但智库评价数据获取有一定难度：一方面，获取数量巨大、分散各地的智库评价指标数据，无论时间还是人力、物力上都成本巨大;另一方面，有些智库本身组织性质决定了其很多指标数据在一定时期处于保密状态，如果按照每年一评的方式，可能无法及时获取，那么必然带来评价结果的不客观。
此外，指标数据是由评价机构自己建立收集渠道获得，还是由接受评价的智库本身提供，二者可能有不小差距。前者投入极大，还容易产生不全面问题，进而影响评价公正性;后者又需要对智库提供的数据进行鉴别查验。这都增加了获取智库评价指标数据的难度。
如何看待排名？
事实上，真正有评价权的也许是使用智库研究成果的一方。比如从智库的决策影响力看，智库研究报告的采用者是否吸收了智库研究并运用于实践？运用于实践后的效果如何？是否实现政策预期目标，解决了公共问题？这既涉及成果验收，还涉及成果转换和追溯。
由此可见，国外倚重英文世界公开信息和报告发布量的排名方法，可能是有一定偏颇的;而国内排名注重领导批示层级和数量的排名策略，可能也是不全面的。
面对当前的智库评价以及相关排名，无论是政府还是智库本身都应当谨慎、冷静对待。
首先，对于智库成果的主要需求方（政府）而言，谨慎对待有助于防止僵化一刀切，防止以排名打“印象分”，在智库建设资源配置和委托课题招标方面赋予过高权重。
其次，对于智库成果的供给方（智库）而言，排名显示了一种绩效差距。绩效差距的原因多种多样，有些是绩效评价指标造成的，主要来自主观判定，解决思路应该是与评价机构增进交流沟通、完善评价方法，而不是追求现有有偏指标;而另一些不可忽视的客观差距则应得到智库的高度重视，较之“忽视”处理，以排名作为升级和提高的契机、积极对待，才是智慧的选择。
此外，评价和排名机构需要给每一个入选评价体系的“样本”智库以足够知情权。就像智库有义务提供详细信息给评价机构一样，评价机构也应该给予智库详细的评价信息反馈，以便智库获取详细的评价指标体系和对应分值，进而思考差距和发现启示。
