在研究中美农业合作协议对中国农业的影响前，首先需就有关中国加入WTO普遍存在的三个误解予以澄清:一是以为中国加入WTO一揽子计划就等于中美农业协定是不正确的。二是以为中国以前未从美国进口过小麦，这不符合事实。
其实以前也从美国进口小麦，只不过是从防治病害的角度禁止美国西北七州小麦向我出口，现在由于检测、加工处理技术手段提高而解除了这一禁忌。三是有人看到境外公布的关于中国加入WTO一揽子农业协定中粮食、油类等产品的进口配额而担心我国每年按规定都要进口那么多。
其实配额只是一种市场准入规则，表明配额之内的进口不能采取高关税，但具体能否进口、进口的数量、品种和价格等则要完全按照市场经济规律，并取决于商业谈判行为的结果。以我国现有的进口量来说，目前境外公布的配额并不算低，但这并不表明我国每年都要进口那么多，这要取决于我国国内的需要。
我国加入WTO，具体到农业问题，情况确实比较复杂。从目前情况来看，我国农业有两个较为明显的弱点：一是人多地少，相对来说劳动生产率较 ，成本较高，产品的竞争能力不强，农业的经营规模不可能快速扩大，这是短期内难以改变的弱点，二是整体农业科技水平、物质基础装备水平较低，农产品品种的更新换代和品质提高的速度不快，从一定意义上讲，在农产品品种和品质上具有与国际竞争的优势不是很多。
如果在这两方面都不具备优势或处于劣势的话，一体化经济形势下农业承受的压力将会很大。农业是国民经济的基础，又是技术手段比较落后的部门，同时还涉及到如此众多人口的就业问题，其本身的敏感性不言而喻。
此次签署《中美农业合作协议》对改善中美之间的贸易关系意义非常大。中美之间的贸易焦点集中在三个方面，一是顺差和逆差的问题；二是长期以来美国借口避免军备扩散而禁止向中国出售高科技产品问题，其结果也造成了中美之间的贸易逆差难于缩小；三是农产品问题。
美国是一个农产品生产大国，其农产品出口量在世界上占有举足轻重的地位，美国的农场主和农产品商人一直在寻求扩大对中国农产品市场的出口，这次《中美农业合作协议》中提到的三个品种也是在中美农产品贸易中一直争论较大、斗争较尖锐的三个品种。解决了这三个农产品品种的问题对于合理解决中美之间的农产品贸易将有很大好处；相反亦然，解决了中美农产品之间的贸易摩擦，对于改善整个中美之间的贸易交往意义也非常重大。
具体来讲，这三个农产品的争论焦点以及解决办法如下：关于美国西北七州TCK小麦（即小麦黑穗病）品种问题。是否允许TCK小麦进口的问题中美之间争论了26年。
从1973年以后我国就一直禁止进口美国西北七州TCK小麦，其原因很简单，一是TCK小麦是有病的麦子，二是在不能排除一定不会传染给我们的情况下贸然进口，万一扩散传染给我们怎么办？但是从美国的角度来考虑，美国西北七州粮农粮商的理由也并不是毫无道理。其一，经过几十年的反复研究测定，TCK小麦发病要有非常严格的自然条件，而且只有冬小麦才会得，而中国的冬小麦主要产自华北和西北地区，美国西北地区的纬度与我国东北地区大致相同，TCK病小麦在我国不存在气候生长条件。
其二，目前中国虽然不进口TCK小麦，但并不是不进口美国的小麦。经过科学测定，TCK小麦经过加工处理后对人畜都不构成危害，在美国市场上TCK小麦储运从未受到严格隔离。
其三，中国只是1973年以后未再进口过TCK小麦，但1973年以前中国数次进口过TCK小麦，并未酿成过任何灾难。其四，迄今为止，全世界宣布不购买TCK小麦的只有中国一家。
基于对上述问题的反复论证，我国决定进口TCK小麦。过去只是立足于不允许进口美国西北七州TCK小麦，所以从未认真研究过双方可以接受的检疫标准。
现在中美两国建立在科学基础上的谈判并不是无原则的让步，而是以更为务实的态度寻求的突破，中美两国接受了双方共同接受的检疫标准。中国解决了对TCK小麦实施技术处理的手段，并能使之隔离起来加工，在广州、在秦皇岛都建立了以各种技术手段处理TCK小麦的加工厂。
朱总理去年在表示要把TCK小麦的处理加工企业放在海南岛，一是因为海南不生产小麦，不存在TCK小麦传染问题；二是海南是个与大陆隔绝的海岛，容易控制；三是目前海南的整体经济环境处于低迷状态，借此机会建设几个TCK小麦加工处理企业可能对海南启动经济、拉动内需有好处。TCK小麦问题不仅是中美农产品贸易，而且是整个中美贸易交往中一个非常尖锐的大问题，合理解决这一问题对于中美贸易正常发展有很大的促进作用。
中国允许从美国西北七州进口小麦并不是增加小麦的进口数量，只是从品种和地区选择上有所放开。目前中国紧缺的小麦品种是硬麦，美国西北七州小麦的主要品种多是白软麦，因而美国西北七州小麦对中国并不具备多大品种优势，即使允许其进口也不会造成很大冲击。
关于包括加州在内的美国四州的柑橘品问题。中国以前把加州等一些地区列为疫区，主要是因为这些地区有“地中海果蝇”。
目前双方已就建立共同认可的检疫标准、相应的技术检测手段达成共识。从实际情况看，随着市场需求的变化，包括加州在内的美国柑橘已经在中国市场出现。
目前由于中国市场的柑橘供给量已经供大于求，价格相对较低，即使允许美国四州柑橘进入，从总量上来说也不会形成很大冲击。关于包括牛肉、猪肉和禽肉在内的肉类品种问题。
此次合作协议允许此类产品适量、而不是大规模地进入中国，形成了不仅包括病疫检查、而且也包括质量检查的肉类检疫方法，并规定只允许分割包装而不是整装产品进入中国，其销售范围也将严格控制在宾馆和酒楼范围之内，不上市零售。这三个品种的放开都是科技进步的结果。
既有了科学的检测标准，又有了严格的检测手段，同时拥有处理这些问题的技术手段，允许其进入中国当然是情理之中的事情。鉴于美国在WTO中的地位，此次美国签署《中美农业合作协议》更是至关重要的，一定程度上讲与美国谈判农业合作协议的过程，是和WTO一揽子协议中农业部分内容美国能否与我们达成协议是直接联系在一起的。
WTO一揽子计划中的农业部分与《中美农业合作协议》既有联系，更有区别。《中美农业合作协议》涉及的三个问题只是解决中美之间特有的问题，WTO一揽子计划中的农业部分则涉及到包括美国在内的其他农产品出口国的共同利益。
WTO一揽子计划中关于农产品进出口问题主要涉及三方面的内容： 一是关税的总水平问题。在这个问题上，我国承诺在加入该组织5年后关税总水平降到17％，而且对每一个具体品种都作出具体承诺的降幅。
二是配额问题，即在低关税条件下粮、棉、油大宗产品中的每一品种所允许的进口量。农产品中中国认可的配额一旦为美国人所接受，其他国家的问题就不大。
三是配额的分配问题，包括美国在内的其他国家都要求对配额的分配要考虑到国营企业和民营企业，各占多少配额都有要求，以此来避免政府决定一切的局面。今年以内中国完全有可能加入WTO，届时农业将不可避免地承受较大的压力。
1996年10月，中国时任总理李鹏赴意大利罗马参加世界粮食首脑会议期间，曾承诺中国粮食自给率将保持在95％以上，这就是说有5％的粮食可以考虑进口。目前我国粮食产量已达5亿吨左右，5％即为2500万吨，这就比境外公布的2180万吨的配额要大。
因此，即使我们承诺进口的配额也不会形成很大的冲击。若中国再实施地区调整和品种结构调整，并通过进出口调剂，问题将更易得到解决。
目前有人担心中国粮食放开进口后，国际价格低会对国内粮食生产产生很大压力，其实这个问题应该辨证地看。首先粮价是在不断变动的，我国可以充分利用国际市场的粮价上涨；而国际市场的粮价变化来调节国内的粮食市场和储备量。
中国进口粮食多了当然会带动国际粮价上涨；而国际市场粮食价的上涨，也会对国际粮食产量增加，价格又会随之降下来。我们不是依靠国际市场来解决吃饭问题，但我们作为世界上最大的粮食生产和消费国，在利用国际粮食市场方面拥有非常大的主动权，关键是要灵活调控，要把国际和国内两个市场充分利用起来。
近年来国际市场粮价如此低廉与我国的粮食进口关系非常密切。19
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5、1996年中国大批量进口粮食引致国外大批量生产粮食，而1998年我国又处于粮食净出口状况，从而也致使国际粮价大幅度下降。粮价问题还涉及到汇率问题，汇率一变，国内外的粮食比价也会跟着变，因此不能一成不变地看待国际市场上目前的低粮价。
