独立性原则的要旨是使注册会计师免于利益冲突，从而奠定正直与客观的执业基础。详细内容请看下文注册会计师独立性。
利益冲突的发生，一般认为有两种情况：一是某人的自我利益与其作为特定角色应尽的义务冲突;二是某人身兼双重角色时相对应的两种义务发生冲突(Beauchamp and Bowie，1988)。注册会计师的工作需要大量的职业判断，而职业判断的受益人是社会公众，社会有理由期望注册会计师的判断能代表他们的利益，如果审计报告的使用人从审计中获得的收益比期望获得的利益少，则注册会计师面临着利益冲突。
（一） 直接经济利益
2000年初美国证券交易委员会特别对普华永道会计师事务所进行调查，结果发现该公司2698名合伙人(占全部合伙人的86.5%)至少违反一项事务所及注册会计师协会所规定的独立性准则的要求。不仅11位资深合伙人中的6位承认违反了独立性规定，专业助理人员也有10.5%违反了规定。其中最主要的事实是合伙人及经理人持有所审客户的公司股票，与客户具有直接利益关系。
（二）间接经济利益
间接经济利益是指注册会计师与客户之间具有密切的但非直接的财务利益关系，可分为三种情况：一是注册会计师系财产委托人，或遗嘱执行人、管理人，而该信托在客户公司中拥有经济利益;二是注册会计师在客户公司或合资企业中拥有经济利益;三是注册会计师在某一非客户公司中拥有经济利益，而该非客户公司与客户公司之间有投资关系。国际会计师联合会《职业会计师道德准则》针对第一种情况指出，如果单一从业者或从业的合伙人、或其配偶或未成年子女是该信托的受托管理人，并且该信托持有的股权相对于公司所发行的股权或该信托的总资产比例是重大的，则不能接受对该公司的报告任务;对于充当遗嘱执行人或管理人的情况，适用同样的规则。对于第二种情况，国际会计师联合会也认为会影响独立性，因而应加以禁止。对于第三种情况，当非客户接受客户投资者的投资是重大的，则注册会计师在非客户公司之间任何直接或重大间接经济利益，将被视为损害了注册会计师对客户方面的独立性;同样，当客户接受非客户投资是重大的，注册会计师在非客户投资者中有直接或重大间接经济利益，将被视为损害独立性。国际会计师联合会最后强调，注册会计师应独立于客户公司及其所有的母公司、子公司以及联营、合营企业。
