积极推动“六十一人叛徒集团”案平反
1967年3月，中共中央《关于薄一波、刘澜涛、安子文、杨献珍等人自首叛变问题的初步调查》文件发布以后，涉及其中的老干部几乎全都被罗织罪名、栽赃陷害。薄一波等六十一人也被正式认定为“叛徒集团”，他们的家属、亲友、部下都受到株连、迫害。
1975年邓小平主持中央工作时，在中央政治局一次会议上说：六十一人的问题必须解决。把那件事的责任归咎于他们是不公道的。粉碎“四人帮”以后，薄一波等及其亲属再次提出申诉，要求平反这个重大错案。1977年11月11日，当事人孔祥祯致信中央，把1936年北方局如何提出、党中央如何批准、自己怎样两次给狱中传达中央指示，以及薄一波等人出狱经过作了详细说明。
这时，“六十一人”之一王其梅的妻子王先梅的申诉信经邓小平批转到了中央组织部。王其梅，当年22岁，出狱后参加了抗日战争和解放战争，新中国成立后和张国华等率部解放昌都进入拉萨，“文化大革命”前担任中共西藏自治区委员会书记和西藏军区副政委，1967年8月被迫害辞世。王先梅在申诉信中简单叙述了孩子们的遭遇，要求落实党的政策。
但是，有的负责人认为，“六十一人”问题是经过毛泽东和党中央批准定案的，不能随便翻过来。彭德怀、陶铸等人的问题也不能随意翻过来。中组部不得为“六十一人”翻案。曾参加“六十一人”案的中央专案组第一办公室个别负责人甚至说：“‘六十一人’的案件永远翻不了！这是中央定了的，毛主席批了的！”
对此，胡耀邦说：我们能不能这样说：凡是不实之词，凡是不正确的结论与处理，不管是什么时候、什么情况下搞的，不管是哪一级什么人定的、批的，都要实事求是地改正过来。简单地说：就是用“两个不管”的矛，去对付“两个凡是”的盾！胡耀邦在向中央汇报平反冤假错案、落实干部政策工作时，反映了“六十一人案”中许多人及死者亲属要求复查错误结论的强烈愿望，并表示中组部准备进行复查。
不久，邓小平再次批示：“这个问题总得处理才行。这也是实事求是问题。”7月4日，华国锋也指示胡耀邦：“六十一人”的问题要解决，由中组部进行复查，向中央写个报告。
胡耀邦随即指定干审局同志全力以赴投入工作。他表示：如果不把“两落实”（指落实干部政策、落实知识分子政策――笔者注）抓得紧紧的，我们党和国家就不会扬眉吐气。而落实干部政策、平反冤假错案的最大突破口，就是对薄一波、刘澜涛、安子文、杨献珍这些同志的特大错案的平反昭雪。他还安排专人抽空看望薄一波、刘澜涛、安子文等，找与“六十一人案件”有关人员交谈，同时研究申诉材料，调阅相关档案，走访李葆华、王鹤寿、王从吾等并请他们写出书面证明材料。
关于薄一波等六十一人所谓“叛徒集团”案，陈云明确指出：“他们出反省院是党组织和中央决定的，不是叛徒。”因为1945年筹备中共七大时，陈云是中央组织部部长，也是七大代表资格审查委员会成员。这个委员会在对此审查后做出了“这是由党决定的”，“本人不能负责”的明确结论。
督促对陶铸、王鹤寿等人重大冤假错案的平反
1933年5月，陶铸由于叛徒出卖，在上海被国民党逮捕并判处无期徒刑，1937年国共合作时经周恩来、叶剑英交涉营救出狱，在“文化大革命”中被“四人帮”捏造罪名、残酷折磨，于1969年含冤去世。
1978年4月，陶铸妻子曾志致信陈云，要求复查陶铸“叛徒”问题。说去年10月前后就曾写信给中央，但“至今没有消息”，请求陈云“秉公直接过问”。
对此，陈云非常重视，第三天就写信给华国锋并叶剑英、邓小平、李先念、汪东兴，并转送曾志的信。他指出：“陶铸是坚持到国共合作、七七抗战后由我们党向国民党监牢中要出来的。因陶铸问题而牵累到一大批省级部长级干部，弄清陶铸问题，非常必要。”“可否由中央组织部主持，会同专案组，将全部案卷并当时有关干部调到北京，再审查一次，加以核实。”华国锋等圈阅了这封信。邓小平批示：“我总觉得对陶铸的结论过重，建议由中组部复查。”李先念批示：“陈云同志给我打过电话，对陶铸的问题应当由中组部重新审查。我意应予重新审查为好。”
王鹤寿在革命战争年代从事党的秘密工作时，曾6次被国民党逮捕，狱中受尽折磨，始终坚贞不屈。在“文化大革命”中却遭到严重迫害。
在1978年中央工作会议上，陈云以陶铸、王鹤寿为例，指出：“陶铸同志、王鹤寿同志等是在南京陆军监狱坚持不进反省院，直到七七抗战后由我们党向国民党要出来的一批党员，他们在出狱前还坚持在狱中进行绝食斗争。这些同志，现在或者被定为叛徒，或者虽然恢复了组织生活，但仍留着一个‘尾巴’，例如说有严重的政治错误。这些同志有许多是省级、部级的干部。”陈云要求结束这种既有中央组织部、又有中央专案组的不正常状态，认为专案组所管属于党内部分的问题应移交给中组部，由中央组织部复查。
关于彭德怀问题，陈云指出：“彭德怀同志是担负过党和军队重要工作的共产党员，对党贡献很大，现在已经死了。过去说他犯过错误，但我没有听说过把他开除出党。既然没有开除出党，他的骨灰应该放到八宝山革命公墓。”
关于天安门事件，陈云认为这是北京几百万人悼念周总理、反对“四人帮”、不同意批邓小平同志的一次伟大的群众运动，而且在全国许多大城市也有同样的运动，“中央应该肯定这次运动”。
陈云的重要发言，立刻在会上引起强烈反响。“当天，大会简报印发了陈云同志的发言，他的发言在与会同志中产生了强烈的反响，使会议气氛立刻变得炽热起来。”
陈云在聂荣臻发言时还做了几次简短有力的插话。当聂荣臻谈到所谓“二月逆流”问题时，陈云插话说：“二月是正流，一月是逆流。”还提出彭真、杨尚昆等人的问题也应复查清楚：“这些问题不解决，党内党外很不得人心！”在谈到康生问题时，陈云说：“康生问题，不要组织专案组，这个名称不好，可由中央组织部组织人审查。”
11月14日，经中央政治局常委批准，中共北京市委常委扩大会议宣布：“1976年清明节，广大群众到天安门广场沉痛悼念敬爱的周总理，愤怒声讨‘四人帮’，完全是革命行动。对于因悼念周总理、反对‘四人帮’而受到迫害的同志要一律平反，恢复名誉。”新华社向海内外播发了这条消息，各大报刊都在头版显著位置予以刊登。广大干部群众反应强烈，纷纷表示热烈拥护。
会上，华国锋代表中央宣布了对所谓的“二月逆流”，对薄一波等六十一人案件，对彭德怀、陶铸、杨尚昆问题等应予平反的决定。对康生和谢富治，中央意见不设立专案组，有关揭发材料，“可以送交中央组织部审理”。关于一些地方性重大事件的问题，中央决定“一律由各省、市、自治区党委根据情况实事求是地予以处理。中央发过文件的，要将处理意见先报中央批准”。这几项重大决定，许多正是陈云提出来的，得到与会人员的充分肯定。
为刘少奇案平反昭雪
根据陈云批示，中纪委和中央组织部共同成立刘少奇案件复查组。复查组对1968年10月八届十二中全会提出的刘少奇的各项“罪状”，进行周密细致调查研究工作，反复核对各种材料，最后向中央作出详尽确切的复查情况报告，用可靠的事实逐条否定了强加给刘少奇的罪名。
瞿秋白、张闻天、潘汉年等案，多由陈云直接提议、胡耀邦等复查和平反
关于瞿秋白。中纪委收到群众来信，要求为瞿秋白平反。陈云要求“实事求是地予以研究”。他在会见外国朋友时说：“他无非就是写了个《多余的话》，有消极的东西，但临死前他还高喊口号：‘共产主义万岁’、‘共产党万岁’。”
根据陈云指示，在胡耀邦等积极推动下，中纪委经过认真调查研究，于1980年9月15日向中央书记处写了关于瞿秋白被捕问题的复查报告。报告认为，《多余的话》“决不能认为是叛变投降的自首书”；“复查的结果确凿表明：瞿秋白同志被国民党逮捕后，坚持了党的立场，保持了革命节操，显示了视死如归、从容就义的英勇气概。1945年党的六届七中全会对瞿秋白同志所做的历史评价，是正确的”。10月19日，中央书记处讨论通过了中纪委的复查报告，并批转全党，为瞿秋白彻底平反，恢复名誉。
关于张闻天。张闻天在1959年的庐山会议上同彭德怀、黄克诚、周小舟被错误地打成“反党集团”，“文化大革命”中又遭到错误批判，于1976年7月1日在江苏无锡含冤逝世。
张闻天夫人刘英致信陈云、胡耀邦、王震，要求中央给张闻天作政治结论。陈云立刻批示：“完全应该。”中央决定为张闻天开追悼会，陈云正在杭州休养，胡耀邦打电话问陈云参加不参加，如果参加是主持追悼会还是致悼词。陈云答复说：我主持也行，致悼词也行，但你要推迟一点，等我回北京。张闻天的追悼会，我一定要参加！8月25日，张闻天追悼会在人民大会堂隆重举行。陈云主持追悼会。邓小平代表中央致悼词，充分肯定张闻天的一生“是革命的一生，是忠于党、忠于人民的一生”。
关于潘汉年。潘汉年在长期革命斗争中，特别是在开展对敌隐蔽斗争方面，有过很大的功劳。后来，他被怀疑为“内奸”遭到逮捕，并交由政法机关审理。“文化大革命”中，潘汉年被永远开除党籍并判无期徒刑，后被下放到湖南劳动改造，于1977年4月含冤去世。十一届三中全会后，陈云向中央建议复查潘汉年案。由于潘汉年长期活动在隐蔽战线，特殊环境使他难以留下工作的书面材料，知道他活动情况的人也非常少，复查难度很大，少数知情人的证明就显得极其宝贵。
陈云对潘汉年案的怀疑是有根据的。他说：“潘汉年如果真的叛变了，上海党的组织（刘晓那一摊摊人）他统统知道，为什么没有被捕，还能保持下来？”陈云认为，潘汉年案不仅使潘汉年个人长期蒙受冤屈，而且牵连许多过去同他有工作联系的人，也长期蒙受冤屈。陈云担任过隐蔽战线工作的领导职务，大家对他寄予很大希望。“白区工作的同志希望我不要死了，人在还不要紧，不在了就麻烦。”廖承志就提出：“我正式严肃地建议，中央对潘汉年一案要重新审查。”“我敢肯定他不是叛徒，因为当时潘对上海、广东、香港地下党的情况很清楚，而潘到上海后，这些地方的地下党没有任何一个机构因为他而遭到破坏。”廖承志专门给陈云写信，重申应为潘汉年平反的意见。
陈云给公安部打电话，请公安部将潘汉年案的最后定案的全部材料送去。他说：“潘汉年也要平反，也站不住。”1981年1月3日，陈云又给公安部打电话，请公安部迅速整理一份有关潘案处理过程的概况材料，送往中纪委。公安部按照陈云的意见向中纪委报送了有关材料。
在调查研究大量材料后，3月1日，陈云致信邓小平、李先念、胡耀邦、赵紫阳：“1979年10月确诊我患有结肠腺癌而决定动手术时，我曾写一条子给耀邦同志，我认为潘汉年的案件需要复查一下。我认为他当时并未真心投敌，否则不能解释刘晓同志领导下的上海党能完整地保持下来。潘汉年已于1977年死于劳改农场。所有与潘案有关的人都已做出结论加以平反。连潘汉年老婆董慧同志也已平反（也是七七年死的）。”“我收集了一些公安部的材料和与汉年同案人的材料。这些材料，并无潘投敌的材料确证。而且对于刘晓、刘长胜同志等能在上海保存下来反面提供了潘并未投敌出卖组织或某一个同志。”“我提议中央对潘汉年一案正式予以复查。这件事如中央同意，可交中央纪律检查委员会办理。附廖承志同志给我的信请阅。”
邓小平在陈云来信上批示：“赞成。”李先念批示：“同意。”3月3日，胡耀邦具体组织力量对潘案进行复查。 从1981年3月中央政治局常委会根据陈云建议责成中纪委复查潘汉年案件后，在一年多的时间里，中纪委调阅和详细研究了公安部、最高人民检察院、最高人民法院以及原中央专案办公室关于潘案的全部材料，并查阅了中央档案馆和中央主管部门有关的历史档案，又向几十位过去同潘汉年一起工作过的人作调查。复查结果表明，原来认定潘汉年是“内奸”的结论不能成立，应予否定。
为马寅初及其《新人口论》平反
但是，1959年在康生等策动下，马寅初却被公开点名批判，他的人口论被诬蔑为“马尔萨斯主义在中国的翻版”，是“反对社会主义革命和社会主义建设的”。马寅初始终坚持自己的观点，拒绝写检查。1960年初，马寅初被迫辞去北京大学校长职务，后又被免去全国人大常委会委员职务。“四人帮”被打倒后，95岁的马寅初兴奋地在孩子们的陪护下参加了欢庆胜利的游行队伍。1977年8月，他看到《人民日报》刊登的十届三中全会公报，十分欣喜，让儿子为他代笔，向中央写信道贺。
1979年夏，在社会各界的呼吁和陈云的亲自敦促下，为马寅初平反的工作正式启动。由于陈云做出明确批示，胡耀邦等积极组织实施，为马寅初平反工作的步伐大大加快。北京大学党委向教育部党组并中央组织部写请示报告，认为应当为马寅初平反，把强加给他的一切诬蔑不实之词全部推倒。随后，中央组织部主持召开有中央统战部、中纪委、教育部、北京市委、北大党委等单位负责人参加的会议，共同讨论落实为马寅初平反的问题。
7月16日上午，中央统战部副部长看望98岁高龄的马寅初，告诉他中央决定为他彻底平反、恢复名誉的消息。马寅初回答说：“我很高兴。”“二十多年前中国人口并不多，现在太多了。要尽快发展生产才行啊！”
9月5日，根据邓小平批示，马寅初被任命为北京大学名誉校长，后被增选为五届全国人大常委会委员。马寅初欣然接受，委托儿子马本初代致答辞：“一样东西平反过来是很不容易的事情，无论是学术问题还是政治问题，都是这样。这需要有宽阔的胸怀和巨大的力量。中国共产党能有这样大的气魄、这样大的力量，实事求是地为曾经批判错了的人平反，公开地改正自己的错误，这在中国历史上是没有过的。这说明中国共产党是大有希望的……”
