需要指出的一点是，由于普通法系采取严格的当事人主义审判模式，其证明标准的层次更为细致和严格，几乎对双方当事人在任何一个问题上的证明，都有法律的明码标价。[12]而大陆法系国家刑事诉讼采取职权主义模式，特别是案件事实的证明除了由双方当事人举证之外，法庭也有权利调查取证，因此其证明标准的体系就比普通法系略显粗糙，[13]在很多问题上不得不以法官“议价”的方式来决定当事人是否完成了证明。
至于我国这种“超职权主义”的刑事诉讼模式，证明标准更是谈不上任何体系，被一个所谓的“事实清楚、证据确实充分”的标准贯穿了整个刑事诉讼过程的始终。可见，证明标准的多层次化——或者说体系化——是与诉讼的当事人主义程度相适应的，当事人主义的程度越高，对证明标准层次化、体系化程度的要求也就越高。
既然证明标准的确立是诉讼中利益权衡的结果，那么，利益权衡所要考虑的各种因素就决定了证明标准的不同层次。从最一般的意义上来讲，在建构证明标准的层次时，以下几个因素是必须考虑的。
1．不同主体的举证能力 在举证的能力上具有明显优势的一方，法律要求其达到更高的证明标准是合理的。刑事诉讼中作为国家利益之代表的控方，拥有强大的人力、物力资源，相对于被告人来讲，是天然的强势一方，因此法律对控方设定的证明标准往往要高于辩方。
即使是在上文提到的某些积极抗辩的情况下，由于辩方举证能力不如控方，因此法律也仅仅是要求其证明达到一个较低的标准，足以形成一个争点（issue）即可，而控方若想驳倒辩方的这一主张则必须满足更高的证明标准。这样既可以提高证明的质量，又保持了诉讼格局的大致平衡。
2．相关利益的重要性 从刑事诉讼启动到最终的定罪量刑，被告人利益遭受的威胁是一个由小到大逐步增强的过程，因此，作为证明责任的主要承担者，控方所要达到的证明标准也会经历一个由低到高的变化。从侦查开始到适用强制措施，再到正式起诉和最终定罪，证明标准不断递增。
这并非因为对案件事实的认识程度会自动增强，而是因为控方必须满足法律对他提出的要求。在控方眼里，刑事诉讼仿佛一场跨栏赛跑，他必须越过一个又一个逐渐升高的栏杆。
另外，诉讼中涉及到的各种具体事问题实，对当事人利益的影响各不相同，因此，法律要求的证明标准也存在相应的差异。某一事实对当事人的利益影响越大，法律要求的证明标准也就越高。
比如，大陆法系虽然不存在如同普通法系那样形象而又细致的证明标准，但其证据法上由来已久的“证明”和“释明”两个概念的区分在事实上起到了同样的作用。二者最关键的区别在于法官的“心证程度”不同，前者要高于后者。
对于那些与犯罪构成密切相关的事实，控方要达到“证明”所要求的“心证程度”，而对于一些与犯罪构成关系不大，或者属于纯粹的程序问题的事实，则只需满足“释明”的“心证程度”。[14] 3．价值目标的实现 在诉讼中证明案件事实并非一种纯粹的认识活动，它必然会涉及到一系列价值选择的问题。
由于各国法律奉行的价值目标不尽相同，在某些问题上的证明标准也会存在差异。当前，在价值选择问题上最为敏感的部分莫过于诉讼程序的合法性。
判断合法性在一个国家刑事诉讼中究竟居于怎样的地位，只需要看一看证明一个诉讼行为合法所需达到的证明标准即可。比如，当警察是否对被告人实施了刑讯逼供成为一个需要证明的问题时，如果法律要求控方以“排除合理怀疑”的标准证明不存在刑讯逼供的话，那就意味着审讯行为合法是该国刑事诉讼中的一个头等重要的问题；如果控方的证明标准被确定为“优势证明”，那么，合法审讯的重要程度便被降了一个档次；如果法律不仅不要求控方提供任何证明，反而要求辩方以较高的标准证明警察确实存在刑讯逼供行为，否则即视为该事实不存在的话，那只能说明审讯行为合法与否相对于诉讼的其他目的而言，只是一个无足轻重的问题而已。
可见，为了在诉讼的各项价值目标之间进行选择，证明标准也会呈现出一个高低不同的体系。
