环境保护体制机制改革是全面落实十八届三中全会决定中生态文明建设目标的核心问题，也是决定中各项相关制度制定和落实的保障。特别是在新的环境保护法即将实施之际，通过环境治理模式改革来实现环境保护转型是推进五位一体发展的突破口和重要内容。 环境治理模式改革的突破口
我国环境治理模式可以改善之处很多，新的环境保护法已经对诸多方面进行了改良，但仍然没有跳出环境保护本身这个圈圈，所以无法真正从根本上约束一切不利于环境质量改善的社会经济活动。根据三中全会的整体要求，为实现生态文明建设的目标，环境治理模式在下述三个方面的改革将会产生巨大而且根本性的积极影响。
第一，以GDP为主导的晋升机制和环境管理体制不能确保环保部门管理的能力以及力度。相关的领导干部考核办法没有针对环境保护的具体考核细则，因此难以调整现有官员的激励体制，提高其环境保护的积极性。同时，现行环境保护体制中水平管理和垂直管理模式并存加剧了这一现象。在水平层次上，部门之间由于管辖权限和利益的博弈，造成多头管理、职责不清以及责任回避的现象，特别是在解决流域(如太湖蓝藻治理)和区域环境问题(如京津冀区域大气污染阳寸更加明显。在垂直层次上，环境管理部门并非垂直设置，环境保护部对地方的管辖权相对有限，很多时候是想管管不了。例如目前的区域环境督查中心在设计之初就存在缺陷，权限不足，对地方的监督也难以起到应有的威慑作用。地方环境管理部门作为地方行政管理的组成部门，难以突破体制的掣肘，在出现地方经济发展与环境保护冲突时，往往采取了回避、等让等做法，在经济形势不佳时，环境管理也往往被用来为经济保驾。
第二，现有的财政收支体系约束了地方政府的环境保护行动。现有的分税制给地方政府事权和财权造成了不匹配，进而给地方政府带来了巨大的财政压力，为了完成上级任务提升政绩，也为了增加地方财政资金，改善地区福利，地方政府往往在诸多方面让步于能带来税收的各种投资项目，而当这些项目同时又具有较大环境风险时，政府一贯的亲商表现将环保优先往往化为一句口号。同时，地方环保部门的经费预算受制于地方政府的财政，这一状况也在一定程度上造成了地方环保部门的弱势，影响了环保部门的管理工作。
第三，没有形成责权清晰的多主体参与的环境管理机制。环境保护不单纯是政府的责任，而是整个社会的责任，包括政府、企业、非政府组织和普通公众。我国现阶段各方在环境保护上的责任、权利和义务没有明确的规定，导致了各部门相互之间职能交叉、缺位、错位现象大量存在。
这些问题大多涉及环境治理模式的变革，而且与我们的发展模式的选择以及政治经济体制的改革密切相关。如果不能得到解决，中国环境保护就难以取得预期的成效，生态文明建设的大业就难以实现。
环境保护转型路线图
十八大将生态文明建设作为五位一体建设宏伟蓝图的重要板块，在宏观上为生态环境建设与改善目标的实现提供了政治上的保证。在具体的操作策略上，需要形成以治理模式改革为核心的环境保护转型路线图，涉及决策群体、方式、实施与改善等多个方面，核心内容包括:政府行为模式的改进、多元化的激励与约束机制、以及化解不同利益群体矛盾的政策手段。
1.基于环境管理目标，规范政府行为模式。首先，政府应根据中国现有的社会经济发展现状以及未来发展趋势，立足于生态文明建设的宏伟目标，确定我国环境管理的动态目标，并以此作为国家以及地方重大决策行为的约束性目标，以确保环境保护的科学依据。其次，充分尊重生态红线以及生态功能区的科学性与规范性，实现环境保护规划与社会经济发展规划、城市总体规划、产业发展/土地利用规划的有机融合，真正在根本上将环境质量作为约束性指标，而不是将环境容量作为可以牺牲的发展要素。最后，应全面改革环境管理体制。包括将现有的区域环境督查中心提升为环境保护部的派出机构并赋予全面的监管权限，将环境管理部门最大限度与地方政府利益分离(如由中央政府直接任命地方环境保护主要官员，他们将直接向上一级政府负责)，环境保护部门的职责转变为监管而不是环境治理，组建流域性环境管理机构等。同时，强化和细化地方政府环境保护工作的考核内容，改善环保为经济让路的情况。
2.构建多元化的激励与约束机制。针对区域发展不平衡带来的发展冲动及负面的环境后果，充分发挥财政手段的激励作用，通过基于市场以及行政等多元化的生态补偿手段，结合生态红线以及生态功能区划，实现区域整体环境质量的最优化，以及社会福利分配的均衡，同时化解由于区域发展不平衡以及跨界污染带来的社会冲突。针对各类主要的污染源，在新环境保护法提供的动力下，形成以排污许可证为核心的环境管理政策体系，克服现有环境监管能力不足的弱点，如改善数据管理统一性、监管手段及可靠性等，并将排污许可证制度的落实作为提升环境保护水平的一个重要机遇。在财政预算中增设并强化环境保护类科目，保证环境保护的投入，提高环保部门的独立性以及财权和事权的对等程度。
3.形成多利益群体合理、理性、科学、全过程的参与机制。目前环境保护中不同利益群体之间的冲突主要是由两类原因造成:信息公开不足和决策程序的不公正及不透明。二者造成诸多环境问题中公众的反应过度以及反应不足。如何构建合理、适度的公众参与模式是当今环境管理面临的重要难题，应采取疏导而非堵塞的手段，不能回避、误导和退让，这样只会让矛盾激化，必须从内外两个方面来形成多利益群体合理、理性、科学、全过程的参与机制，包括:社会信任体系的构建;科学、透明的决策程序及信息公开机制(如企业环境信息公开等);构建社区公众参与新机制(如社区环境圆桌会议);深入研究新媒体的特点与规律，营造理性化的网络公众参与机制。
