一、大学自治的内涵与合理性
现代大学的滥觞，最早可追溯至成立于中世纪的波罗尼亚（Bologna）大学和巴黎大学。而大学自成立之日起，就一直在寻求学术自由与大学自治。英国学者科班（Alan B. Cobban）说："学术自由思想的提出以及永久地警戒保护它的需要，可能是中世纪大学史上最宝贵的特征。[1]"但根据职业惯例和非成文法的规定，大学成立必须取得封建王权的授权和认可，同时，教师授课必须取得"授课许可证（licentia docendi）"。教权与王权交互更替对大学自治和学术自由进行多方面的干预，因此大学自治成为自中世纪早期大学--学者行会诞生起就有的传统：大学必须争取免受教会和封建王权的干预和控制，自主决定和处理自己内部的所有事务。
1、大学自治的内涵
大学自治可以简单理解为：大学自己管理自己的事务而较少的受到外部的干扰[2]，同洪堡的观点一样，就是大学应当有摆脱外界干扰的遗世独立的精神和权力。
2、大学自治的合理性
从中世纪至今，学术自由和大学自治始终是大学不渝的目标和理想[3]。中世纪的大学早期是寺院、教堂的形态，建造于深山白云之乡，以期远离尘俗，即使坐落于大都名城，亦是高门危墙，自成天地，大学与社会似乎始终存在着一定距离[4]。大学成立之初的目的是自由的学术研究与知识探索，大学作为探究高深学问的殿堂，学术研究是大学的逻辑起点，传递、批判和探索知识是大学永恒的主题。学术性逻辑起点似乎赋予大学以无可争议的"自治"权力：大学是研究、传播高深学问的场所，应让专家单独解决知识领域中的问题。大学自治的本质目的是保证学术知识的准确与权威，使学者活动只服从真理标准，而不受任何外界压力的影响。
大学保持自身的完整性其实质就是崇尚自我的理念，维护自身的内在逻辑，追寻自治及学术自由，从而保持自己的活力，其本质是为"自由研究的精神所塑造"而发展的针对社会控制的"抗干扰机制"[5]。
二、政府干预的合理性
洪堡创立的柏林大学确立了"学术自由"的原则，这一原则在大学的确立，使大学自治传统被赋予新的内涵而得以传承。但"传统的高等教育自治现在不是，也许从来都不是绝对的"。[6]大学自治的依据是个体知识的自由探索，但是知识生产同时具有社会性的一面，当知识生产被社会功利性所驱动时，大学自治不可避免要受到政府与社会的干预。尤其是美国的威斯康星大学确立的"社会服务"成为大学的第三种基本功能以后，知识社会效用的扩大导致大学功能的扩张，当大学功能深入到社会的各个角落以后，政府就有充足的理由对其进行干预，这就奠定了国家控制大学的哲学根基。
当代大学对于社会经济发展和科技文化繁荣的作用，比之历史上任何时期都更重要，更直接，更有力，因而，它也就越来越成为当今综合国力竞争的一项'秘密武器'" [7]。因此，大学自治虽然有其存在的合理性，但是在现今社会，大学的各项功能已深刻影响着社会的政治、经济和文化，甚至已经触及了社会的根本利益，这也成为国家和政府"光明正大"干预大学办学的"借口"。大学的历史证明，伴随着大学功能的每一次扩大，国家对大学的控制也倾向于加强，其结果是大学自治权受到越来越多的限制[8]。
三、正确处理大学自治与政府干预的关系
大学自治与政府干预的关系在教育上是一个两难的问题，很重要的一个原因就是矛盾双方体现了不同的价值观，而这两种价值观又都反映了一定的教育规律和社会发展的需要。使大学在顺应社会发展的前提下严守自身发展逻辑和教育发展规律，就必须在大学自治与政府干预之间要寻求动态矛盾的平衡点。
1、充分借鉴西方发达国家的先进经验
大学自治因大学与政府及其他法人实体之间权力关系的不同而形成了不同的自治模式。如历史上出现过波罗尼亚模式、巴黎模式、德国模式、英国模式与美国模式等。美国模式是一种独特的大学自治模式， 美国赋予大学以独立的法人地位，政府和各种社会外部力量并不直接参与大学管理，而是通过立法和拨款对大学的治理进行渗透和间接干预。这样政府就可以较好地避免因直接干预大学的办学引发政府与大学之间的关系的纠纷，维护大学的自治地位，保障大学的办学符合其自身发展的"内在逻辑。
2、寻求我国政府宏观管理和高校自主办学之间的"缓冲器"
我国大学的实际情况是从没有自主权到对自主权的要求，是政府至上而下放权的过程，而且一直是政府与大学直接接触。因此，我国政府与高校之间应该建立一块"中间地带"，设立一个"缓冲器"，以减少政府对大学直接干预，协调、沟通政府与大学的关系，并使政府有效的管理大学。伯顿克拉克把这种"中介组织"的协调模式称为"学术协调模式"，即吸收学者参政。克拉克认为："所谓'吸收'是指，允许学者向政府提建议，并共同对有关院校和系科命运的问题作出决策。"[9]这种"中介组织"已经成为各国有效管理高等教育的手段，在高等教育管理体制中发挥着重要的作用。
3、寻求我国政府宏观管理和高校自主办学之间的结合点
高等教育评估具有两种取向：绩效评估取向与专业学术发展取向。这两种取向正好对应了政府与大学二者的本质需求。从高等教育评估的特点来看，它是学术导向和行政导向的聚合点；从高等教育评估的影响看，它是联系政府、学校、社会、市场各方面的集合点；从高等教育评估的功能看，它是维系政府对高等教育进行宏观管理和学校形成自我发展、自我约束机制的综合点。因此高等教育评估可以作为政府宏观管理和学校自主办学的结合点，通过这一平衡点使大学在满足社会发展需求的前提下促进自身更好的发展。
