自上世纪70年代以来，以澳大利亚、加拿大、英国、美国等为代表的一些国家开始了绩效审计的实践，并通过努力获得了 法律 对绩效审计的认可，在促进公共部门治理、提高政府绩效方面发挥了重要的作用。可以说绩效审计在这些国家政府公共部门管理中已经成为无可争辩的特征。但笔者在对这些国家绩效审计的 研究 过程中，特别是通过对一些审计案例以及学术界和职业界争论 问题 的 分析 ，发现绩效审计正面临着新的挑战。这些挑战有的是“有形”的，也就是审计环境发生的现实变化，对绩效审计的技术 方法 和工作程序提出的实实在在的新的要求；而有的则是“隐形”的，如审计授权、独立性、信息质量、与责任政府的关系等，无法明确衡量其对绩效审计的现实 影响 。但各国从绩效审计的长远 发展 看，也均开始考虑这些潜在的风险因素，并探索应对这些挑战的对策。
一些国家绩效审计面临的现实问题主要是公共部门的操作环境越来越多、越来越复杂，而公众对绩效审计评价的预期也越来越高。但是同时，一些国家的绩效审计也面临着若干重大的潜在风险事项，这些事项不再仅仅从操作层面，如技术、方法等方面影响绩效审计，而是从组织层面对绩效审计的定位和发展产生影响：
审计权限之争——绩效审计和绩效评估。澳大利亚、新西兰、加拿大、英国等国绩效审计指南都根据法律授权的范围进一步明确“绩效审计人员不对政府政策作出评价”。澳大利亚的绩效审计在获得立法支持之初，议会即明确表示，绩效审计不应涉及政策本身的合理性问题，要将“效率审计”与“效果审计”分开，前者由审计机关实施，而后者由于涉及 政治 问题，由内阁和总理幕僚来完成。按照这一原则，绩效审计范围限于检查被审计项目实现其目标的程度、实现目标方式的恰当性和有效性，但不能质疑目标本身。而绩效评估虽然与绩效审计项目有着类似的方法和 理论 ，但是却可以评价政策本身的有效性或者权衡各种政策的利弊，而且执行单位可以是内阁、部长、私人评估机构以及大学等研究机构。而近几年来，在绩效审计实践中，开始有被审计机构或政府部门指责审计机关的绩效审计超越了其职责权限，对政府政策进行绩效评估，超越了法律的授权范围，这也成为绩效审计人员和政府责任人员进行争论的焦点之一。
绩效审计的独立性——审计与审计服务。独立性是审计的基本原则之一，审计人员只有在形式和实质上保持独立，才能保证其审计意见的客观性。在外国政府审计实践中，有些国家由于其财务审计提供对政府公共部门财务信息的鉴证服务，因此在论及其独立性时主要是指财务审计，而在绩效审计中则较少谈到独立性问题。但 目前 ，越来越多的人开始关注绩效审计的独立性问题，主要焦点是绩效审计所提供的管理建议类服务是否影响了审计的独立性。绩效审计的重要成果之一是向被审计单位提供改进管理的建议，但有些审计建议涉及具体的管理程序设计，而有的绩效审计部则直接向被审计单位提供管理咨询、管理建议。因此职业审计界和学术界认为，政府绩效审计向被审计单位提供具体的管理建议，而又对其管理绩效进行评价，即对自己的工作进行审计，对其审计独立性发生了潜在影响，政府绩效审计应该借鉴职业审计界近几年由于独立性受影响遭受挫折的教训，重视审计的独立性，充分衡量潜在的风险。
以信息为基础的审计——第三方信息质量。绩效审计需要广泛收集关于政府管理职责履行情况的信息，在此基础上才能对政府管理责任进行恰当的评价，因此可以认为绩效审计是以信息为基础的审计。随着一些国家绩效审计的 发展 ，其所使用的信息越来越多来自于审计机构、被审计机构之外的第三方，第三方信息的质量会对绩效审计质量发生重大 影响 。绩效审计所使用的第三方信息来源主要有四类：一是具有提供信息的法定职责的机构；二是对信息使用者负有责任的机构；三是因为利益关系而占有信息的其他机构或个人；四是非利益关系而占有信息的其他机构。这些不同来源的信息质量、可靠程度差异很大。一些国家的政府责任人员和学者提出， 目前 的绩效审计，无论是从规范还是实践角度，都没有 科学 的程序和步骤来 分析 第三方信息的质量，以保证第三方信息的可靠性。这从某种程度上影响了绩效审计的质量。与被审计单位和责任政府的关系。与财务审计不同，绩效审计中被审计单位的配合对审计发现与结果的质量至关重要，能否争取被审计单位和责任政府对绩效工作的理解和信任始终是决定绩效审计能否取得成功的关键。然而，绩效审计的目标将直接指向被审计单位的管理方式和管理绩效，这必然遭到某些公共部门的抵制，因为这会威胁到他们的权力、责任及政策能力。一般认为判断绩效审计是否有助于政府公共管理的改善并提供价值增值服务，关键是看审计建议的质量及其被采纳情况。从澳大利亚审计署的审计实践来看，从20世纪90年代中期以来，约90％的绩效审计建议都得到了采纳，但近年在一些重要的绩效审计报告中，仍有部分审计建议没有被接受，而且遭到了被审计单位和政府的激烈反对。
面对绩效审计的挑战，一些国家的审计机关也开始 研究 探索，寻找解决的方案。其中有的国家在某些方面尝试的成效比较显著，值得借鉴：
以绩效审计的实际成果逐步争取立法支持，摆脱对审计权限的过多束缚。审计权限是绩效审计履行职责的明确界限，但其又不是一成不变的，特别是在西方议会制的 政治 体制下，有些国家的审计机关通过绩效审计对提高政府管理的实际作用，加上游说和沟通，逐渐获得了议会的支持，使绩效审计拥有了开展项目绩效评估的权力，这使一些绩效审计项目摆脱了政策 问题 很难与管理事务相区分的窘境，在项目绩效评价上拥有了更高的自由度。美国审计署的绩效审计是一个比较典型的例子，其一直在努力“把审计和评估放在同一个屋顶下”，首先是通过对项目结果的审计过渡到对行为的审计，然后通过建立项目评估机构进一步确立其具有项目评估能力的形象，然后又致力于评估设计和研究 方法 的专业培训计划。这使其成功完成了对某些项目从原因到结果的绩效评估。
引入风险管理机制，有效实施风险最小化策略。这类做法在澳大利亚、新西兰比较突出，因为这两个国家1999年联合颁布了关于风险管理的准则，这两个国家的审计机关也都在绩效审计管理中 应用 了风险管理的策略。澳大利亚审计署还专门拟定了《年度风险管理计划》，将审计风险分为战略风险与操作风险，明确风险管理的步骤：识别风险、分析风险、评价风险、对待风险、监控和复核风险。还特别提出风险管理的关键点是四个方面：客户、产品与服务、审计人员、工作绩效。引入风险管理机制的一个重要作用，就是可以明确识别风险，在风险和收益之间作出衡量，实施风险最小化策略。
通过专业机构、特定程序获得绩效审计所需信息，保证信息质量。为了保证所获得的第三方信息质量，一些国家的审计机关也正在研究可行的措施以提高信息的可信度：一是制定有关标准，对信息的可靠性、有效性、实时性进行衡量；二是尽可能将一些信息收集工作以合同方式交给专业统计机构完成；三是在政府外包项目中，推动政府部门在合同中即明确外部审计人员对信息的收集权力。
实施利益相关方关系管理，建立与被审计单位和责任政府的战略合作关系。近年来，一些国家的审计机关都开始重视与被审计单位和责任政府的关系管理，而且都形成了一些具有自身特色的做法。如定期举行高层论坛，邀请被审计单位及政府官员参加，交流关于审计发展的意见；开展客户调查，及时了解被审计机构的意见和感受；在实施绩效审计和撰写绩效审计报告时更注意策略，尽量予以正面肯定，从“我抓到了”的心态转向为被审计单位提供“增值”服务等等。总体而言，对被审计单位和责任政府，越来越多的国家审计机关正用一种战略合作的心态处理与对方的关系，努力把自己的客户从一个发展成两个，即议会(或直接报告机构)与现在的被审计单位两个服务对象，以劝说和协作的方式共同促进政府责任的提高。
