一、我国政府绩效审计中存在的问题
（一）审计监督体制不合理，审计机关的独立性不强。
我国宪法规定：“国务院设立审计机关，国家审计署隶属于国务院，地方各级审计机关接受国家审计署和地方政府的双重领导，且以当地政府领导为主。”这样审计机关对政府的绩效审计工作是难以开展的。主要是因为：一是从预算管理上看，政府审计部门的经费来源由本级政府财政部门划拨的，财政部门编制政府预算，同时也执行政府预算。这种经济上的制约关系使得审计部门在对财政部门等进行绩效评价时会有很多顾虑，很难作出独立判断，很难对财政部门的绩效作出客观、公正的评价；二是从审计管理体制上看，我国目前实行的是双重负责的审计管理体制，且从某种程度上看，本级政府对于审计部门工作的领导往往超过了上级审计机关，所以审计部门对本级政府工作进行绩效评价时很难超脱，往往会缺乏独立性、权威性和客观性。
（二）审计制度不健全。
（三）审计技术落后。
目前，我国财务管理、信息处理、办公基本上实行电子自动化，甚至有的单位完全实行办公自动化，而我国政府绩效审计中的计算机运用还处在起步阶段，没有利用计算机以及审计软件进行辅助审计，这样，审计人员对被审计单位的财务、办公、管理方面等数据处理时会很难，大多数只是处理表面的输入输出资料，对计算机内的程序和文件，很难或根本不能进行检查，有些问题可能就不能发现，这既不能提高工作效率，也不能保证审计质量和审计结论的科学性。
（四）审计责任追究难落实。
这主要有两方面的原因：一是目前不管财务收支审计、经济责任审计，还是政府绩效审计，大多是“事后审计”，具体到政府绩效审计，本届政府往往拿上届政府开刀，委托审计机关进行审计。而对于自身存在问题和漏洞却只字不提，更谈不上主动委派审计机关对自己的失误、错误行为进行检查和处理；二是即使审计机关对其进行审计，且查出存在问题，因审计机关接受当地政府的领导，经费由其供应，审计机关在进行政府责任追究时难免会顾虑重重，会大事化小，小事化了。因此这种事后监督的执法程序及审计管理体制的错位，即便是绩效审计工作实施的很好，也只会白费人力与物力，难以达到审计目的。
（五）审计人员队伍结构不合理。
我国审计人员配置缺乏复合性，知识结构难以满足绩效审计的要求。由于绩效审计方式和评价的特殊性，审计人员不仅要具备财经、审计方面的知识，还要有其他学科，如管理和工程技术等多方面的知识。目前我国的审计人员大多数是从财经类大专院校的会计审计专业的毕业生中吸收进来的，有的是从传统的财务人员转变来的，其知识结构相对单一。而国外在吸收审计人员比较注重人员素质的综合性，如：美国吸纳审计人员时考虑各种专业的人才的搭配，并非局限于财经类的人才，目前美国相关专业人才约占绩效审计人员的75%，审计机关的总体人员的素质结构具有综合性。
二、措施
针对上述问题，提出如下对策建议：
（一）改革我国现行的审计管理体制，增强审计机关的独立性。
目前我国审计管理体制为行政型，应改为立法型，即审计机关由对政府负责改为对人民代表大会负责，中央审计机关归全国人大常委会领导，且对各级地方审计机关实行垂直领导，这样审计机关与政府行政机构完全分离开，直接对各级人民代表大会负责，审计机关的独立性大大增强，既有审计权，又有审计处理处罚权，审计机关作为独立的经济监督部门，对本级政府及其所管辖部门的经济活动进行监督时就具有审计的权威性和超脱性。
（二）加快法制建设步伐，制定政府绩效审计法规。
要实施绩效审计，使政府绩效审计工作规范化，就必须加紧完善和制定政府绩效审计法规，建立健全审计制度，实现政府绩效审计的规范化、制度化、法制化。具体包括：一是要做好绩效审计的相关立法工作，明确绩效审计的法律地位，使绩效审计有必要的法律制度保障和工作机制保障；二是在借鉴国外先进的理论经验，结合我国经济和社会发展的实际情况，建立适合我国国情的政府绩效审计准则；三是制定政府绩效审计执业规范、工作指南、审计质量控制办法及审计公告办法等。
（三）改进审计技术。
（四）完善经济责任追究制度。
建立健全责任追究机制，实现权力与责任的统一。这分三个层次：一是建立财政资金使用效益、效率、效果的评价标准和评价制度；二是界定清各种责任及处理处罚办法和追究办法；三是落实责任追究，这是关健的一步，一定要加大执法力度，严肃查处责任人，不管是谁，都要一视同仁，依法依规追究其行政责任、法律责任和经济责任。另外，对相关人员的绩效评价记入个人档案，提供给人事组织部门，作为有关其业绩考核、晋升的重要依据。
（五）加强审计队伍建设。
要构建一支多元化的审计队伍。审计人员队伍不仅要掌握会计、审计、税务以及相关的法律法规，而且要具备公共行政知识、计算机技术、环保知识、人力资源管理、金融知识、工程管理、数学等其它学科的知识。需要说明的是，并不是要求每一个审计人员同时具备多元化的知识结构，而是要审计机关总体知识结构多元化且科学平衡。具体措施有：一方面要吸收引进多学科的专业人才；另一方面要加强对现有人员的培训和继续教育，加强审计知识技能培训，使其掌握和了解多种知识，以提高其综合素质，也可选派一些审计人员到绩效审计水平先进的国家去学习、交流，学习他们的先进的理论、方法、技能和经验等。
