一、农民专业合作社发展中存在的问题
1. 合作社内部运行机制不健全、不规范 相当数量的农民专业合作社的制度建设和运行机制仍然属于传统的经济组织形态，管理不够规范，运行质量不高。一方面有相当一部分专业合作社组织内部管理机构不健全，相当一部分合作社还仅仅是生产环节的联合和销售环节的简单合作，没有解决把农民组织起来进入市场的问题，往往出现有利则合，无利则散的现象。
2.农业合作社人员素质不高，科技人才匮乏。农民专业合作社管理者学历不高、素质偏低问题较为突出。合作社的经营管理者大多是农民，文化素质不高。缺乏现代企业管理与现代农业科技知识，懂技术、善管理、会营销的复合型人才比较缺乏，难以适应复杂多变的市场竞争局面。合作社社员素质低，大多数是农民，小农意识强，不具备合作社的专业基础知识，合作意识差，共担风险意识不强，甚至有的提供给合作社的产品以次充好，影响了合作社的经营信誉。
3.对合作社指导扶持缺位。部分地方政府的有关部门只重视合作社的成立数量和规模大小，对存在问题却关注不够;合作社事业发展蒸蒸日上时，各级领导的指导和关注频频不断，而遇到经营困难最需要帮助时，领导反而关心少了;有的对合作社扶持资金运用缺乏有效监督，致使机会主义大量存在;上级的部分优惠政策难以落实到合作社等。？
4.合作社自主发展能力不强。主要表现在：部分合作社注册资金以及入社农户股金严重不实，可能存在纠纷隐患;合作社高素质经营管理、财会人员人才匮乏，有的过度依赖政府或龙头企业;合作社缺乏融资担保物，融资渠道单一，运转资金严重不足;合作社自我积累较少，自我造血功能弱;部分合作社市场经营意识不强，仍然是坐地等待客户上门，不能主动开拓市场，有的单纯靠人脉关系经营;整体品牌意识不强，难以形成品牌优势等。
二、农民专业合作社发展中的建议
1.加强农业合作社的品牌培育。加强品牌建设，实施品牌战略，提高合作社产品的知名度，积极宣传商标注册的重要意义，特别要重点培育本地特色的农产品集体商标、地理标志，开展绿色农产品、有机农产品、无公害农产品认证工作，对有品牌、有商标，有有机、无公害和绿色食品标志的农产品合作社给予奖励。引导农民专业合作社之间联合，以产业为依托，以市场为导向，以品牌为纽带，以产权联合为手段，积极引导同类农民专业合作社之间进行联合和合作，提升组织化水平，力争做大做强一批有规模、有品牌、有竞争力、治理结构健全、分配制度规范、与社员利益联结紧密的大型农民专业合作联社。
2. 加强农民专业合作社的科技成果推广体系建设。发展合作社为科技成果推广应用创造了条件。而农业生产只有依靠科技，走精深加工、提升品质之路，才能产生更大的经济效益。要鼓励各方以合作社为载体形成产业技术创新战略联盟，加快农业科技创新和推广。由企业、大学、科研机构或其他组织机构，以企业的发展需求和各方的共同利益为基础，以提升产业技术创新能力为目标，以具有法律约束力的契约为保障，形成的联合开发、优势互补、利益共享、风险共担的技术创新合作组织。从合作社这种组织的性质和特点来看，非常适合成为产学研各方搭建产业技术创新战略联盟的平台，通过联合，有利于提高产学研结合的组织化程度，;有利于整合农业产业链条中的技术创新资源，引导创新要素向合作社集聚;有利于保障科研与生产的紧密衔接，实现创新成果的快速推广和产业化;有利于促进技术集成创新，推动农业产业结构优化升级，提升产业核心竞争力，加快农业科技创新和推广。
3.坚持发展，加强引导。发展农村合作社是农民群众的要求，有着深厚的实践基础。政府应加强对农民专业合作社的引导，推进其快速健康发展。一是加大宣传力度。通过召开会议、发放资料等多种渠道，进一步提高广大农民对发展农民专业合作社的意义、目的和作用的认识，将农民专业合作社建设真正作为深化农村改革、优化农业结构、发展农村经济、增加农民收入的一件大实事、大好事来抓。二是加强教育培训。通过现有的各种途径，积极创新各种形式，加强对合作社成员尤其是合作社负责人和种、养大户的教育和培训，使他们掌握合作社的一般运作原理和管理方法，熟识党的方针政策，熟悉现代农业、市场经济和经营管理新知识等。同时，应着力在培养一批熟悉农村工作，善于引导和组织合作社建设的专门人才上下功夫，为农民合作社建设提供坚强的队伍保障。三是保障合作社的正常经营活动和合法权益。各有关职能部门应分工协作，紧密配合，加强对合作社建设的指导和管理，在合作社业务指导、信息提供、技术培训、提高素质、社会保障等方面，做好服务、指导和协调工作。四是从财政、税收、信贷等方面给予扶持。农民专业合作社发展需要的资金相对于其他产业项目来说是很少的，应该有专项资金给予支持。
4.加大人才培训力度，全面提高合作社的整体素质。进一步做好《农民专业合作社法》和《农民专业合作社登记管理条理》的宣传工作，举办农民专业合作社培训班，培养造就一支高素质农民专业合作社队伍。强化对社员的教育培训，不断提高素质，充分体现利益共享、风险共担的宗旨，增强农民专业合作社内部的凝聚力，降低组织运行成本，全面提高专业合作社的市场竞争力。同时，针对各专业合作社存在的综合素质较差，管理水平较低的现状，对其进行市场营销、信息利用、财务核算、经济合同、计算机等方面的强化培训，促使改变过去传统的种养殖方法，全面提高管理水平。
