什么是科学精神，首先必须对科学有一个清楚认识。一般理解的科学是指近代科学，从拉丁文到英文science，为什么从日文翻译再传到中国，就成了“科学”两个字？这是因为当时西方近代科学已经发展到相当程度，数理化、天地生等已经分科，日本人接受西方科学的时候，给它取名为“分科的学问”――科学，后来中国把它直接拿了过来。所以我们今天讲的“科学”，自然就是指近代科学。简单讲，近代科学是在西方文艺复兴后，随着人性从神权中解放出来，在古希腊追求自由的人文基础上发展起来。
从培根、笛卡尔、牛顿三位科学家身上，可以看出西方近代科学发展的基本轨迹和特征。文艺复兴前后，科学不断发展，到了牛顿时期，以可量化、可被实验验证、可确定性为特征的数理实验科学体系基本成型。所以，诗人亚历山大・波普在牛顿的墓志铭上写到：“Nature and Nature's laws lay hid in night ； God said， Let Newton be. And all was light”（自然与自然规律都隐藏在黑暗之中；上帝说“要有牛顿”！于是，一切变为光明。）而培根说的“知识就是力量”和笛卡尔说的“我思故我在”，则反映出近代科学力量型的特征，人在自然面前处于强势地位，要利用自然、控制自然、征服自然、改造自然。随着科学飞速发展，科学与技术的结合越来越紧密，随之也越来越具有功利性。近代科学发展到今天，它的功利性以及强调对自然的控制和征服，带来很多问题。
面对近代科学的功利性，西方与我们中国不太一样。在西方，近代科学是从古希腊理性科学发展起来的，它有古希腊理性科学的基础，而古希腊理性科学是以追求自由为目的的。苏格拉底说过，“未经审查的生活是没有价值的生活”，这反映了古希腊人以自由和批判为核心的人文追求。在古希腊人看来，生活的理想是通过理性的考察、批判和论证获得的，内在性、纯粹性、逻辑性、批判性是古希腊理性科学的基本特征。西方近代的数理实验科学从古希腊理性科学的基础上发展起来，古希腊的理性精神和人文精神通过笛卡尔、休谟、康德、约翰・密尔等思想家得到进一步发扬光大，从而使西方自然科学的功利性在一定程度上得到制约与平衡。
中国是什么情况呢？中国的人文基础是儒家文化，以仁为核心，这种人文精神集中体现在道德礼仪上，对自然保持虔诚、谦恭的态度，主张天人合一。但是，现代化浪潮滚滚而至，逆我者亡，顺我者昌。过去100多年来，尤其是新文化运动以来，在接受西方科学同时，我们自己的人文传统被丢弃得差不多了，而与西方近代数理实验科学相制衡的理性人文精神却没有得到充分引进和吸收。 我们只是把学习西方简单地看作是学习西方自然科学，看成是征服自然、富国强兵的手段，过多强调近代科学实用和功用的一面，而忽视了理性人文精神的引进和吸收。这个问题实际上至今仍然存在。
应该看到，不管近代数理实验科学，还是古希腊的理性科学，还是古今中外所有的博物科学，虽然各不相同，但都具备共同的科学精神。对于近代数理实验科学，不论你同意也好，反对也好，讨厌也好，热爱也好，它都是当今人类文明发展的一个主导力量。只是我们现代中国与西方，由于人文基础不同，处于不同发展阶段，所以面临不同的形势。但是对于人类文明所创造的科学精神，当代中国不能不接受并且加以弘扬。
第一，要有追求真理的勇气和境界。科学精神最核心就是求真，是对真理的追求，也包括在追求真理过程中的批判精神、实事求是、一切从实际出发的精神，这是科学精神的核心。竺可桢先生主张：“只认是非，不计利害”，科学是要追求真理、判断是非的。但是，这句话容易引起误会。有人可能会问：科学问题难道能完全不计利害吗？能不计人的利害、社会的利害吗？我认为，当时竺可桢这样讲的意思是，追求真理就不能顾及自己的利害。竺可桢先生另外一句同样意思的话可能更加确切：“无心同异，唯求其是。”这句话就不容易造成误解，不管别人怎样说，我唯一追求的就是事物本来面目，也就是说要有对真理的执着追求。我们今天讲民主监督、参政议政，都必须要有一种追求真理的精神，要站在一切尊重事实的基础上。
第二，要保持理性。现在社会特别是网络上，理性相当缺乏，以情感代替理性、以网络暴力代替讲道理、以假乱真、以个人或团体利益代替公共利益的现象比比皆是。保持理性，就是要尊重客观事实；反对以偏概全和极端偏激，就是要遵循科学思想和科学方法。科学有自己的一套方法、一套规矩。比如，要讲逻辑、讲实证、力求量化、要通过假设和严密的求证或证伪等。这些都是在长期科学发展中形成，虽然也有局限性，但现在还没有找到更好的方法来代替。
尊重理性最重要一点就是要勤于思考。古希腊理性科学还有个名字，叫“沉思科学”，它还不像近现代科学那样要求实证，它只讲究用脑子思考，讲究一种超乎现实的自由追求。比如说几何学中的圆，世界上有一个绝对圆的东西吗？没有。但是古希腊哲人可以通过想象和逻辑推理，断定存在这个圆。他们认为一个人只有思辩，才能获得自由。近代科学继承了这种品质，罗丹的雕塑《思想者》成为其形象的标志。但现在我们许多搞科学的人，心都没有沉下来，没有功夫思考，还谈什么科学呢？其实我们中国人历来是强调沉思和思考的，《中庸》讲：“博学之、审问之、慎思之、明辨之、笃行之。”先博学，最后实践，中间审问、慎思、明辨，都是理性思考的过程。
第三，发扬民主，这也是科学精神的要求。发扬民主必须宽容，宽容也是一种科学精神，因为科学是在证伪与纠错中不断发展的。伏尔泰讲：“我反对你的意见，但我愿意以生命捍卫你提出意见的权利。”要允许少数意见的存在，允许不同意见的存在，要保护少数，保护个性，宽容错误和失败，要宽容别人讲错话。
第四，要全面系统地认识问题。科学总是力求尽可能全面系统地认识客观世界，事物本身是复杂的，我们追求真理，必须努力看到事物方方面面。要全面认识问题，就要客观，学会用辩证法，不能以偏概全、顾此失彼，在反对一种倾向时要注意防止相反倾向。
