建筑业营改增遇到的困难进项税额抵扣存在一定的困难。在实际生产中，砂石、泥土、钢筋均来自于小规模纳税人或者个体户，而这些供应商都不具有开具增值税专用发票的资格，这就导致了进项税额抵扣难现象的出现，在一定程度上加大了企业的成本。在很多建筑施工企业，其实际取得的能抵扣的进项税额不到总成本的 45%，而且大多数建筑施工企业都是多元化经营，涉及的领域比较广。对于不同的施工单位和不同的业务内容，其成本结构也有所不同，所以增值税进项税额抵扣问题存在的难度也不一样，因此，取得有效的增值税专用发票是建筑业营改增困难的问题之一。增值税类型的选择难。我国现实行增值税是采用的生产型增值税，在这种前提下，有效增值额就相当于当期的利润、利息、奖金、租金等这些理论增值额与折旧额之和。
在实际中建筑行业的人工成本占施工总成本的15%～30%，经过营改增之后，人工成本缴纳的增值税增加了3%，与营业税改增值税之前相比，税负有所增加。这些新规定在一定程度上抑制了企业固定资产的投资，对企业技术设备的更新和改造都很不利，严重阻碍了企业发展。消费型增值税虽然在一定程度上解决了这些存在的问题，但是对保证财政收入很不利。难以平衡中央和地方的财政收入。营业税改增值税之前是由地方政府征收，而实行营改增之后，则变为了国家税务局统一征收，从地方政府变成了中央。建筑行业每年都要给当地政府缴纳大量的税务，也是当地政府主要的财政收入，如果实行营改增必然会对当地政府的财政收入产生冲击。如何有效地协调地方与中央的财税利益，还需进一步完善。建筑业应对营改增的建议慎重选择供应商。
在试点开始之前，要慎重地选择供应商，尽量选择具有开具专用发票的上游企业，因为其可为外购货物或服务提供增值税专用发票，能减少企业的税负。如果必须要购买小规模供应商的货物时，应慎重考虑其价格是否更优惠，以及是否能达到进项税扣除的额度，有计划性地选择信誉度较高的供应商。
对企业的成本进行控制。建筑行业一旦实行了营改增，企业的资金结构和资金链必然会受到一定程度的影响。由于建筑企业大部分都存在拖欠工程款的现象，因而利用内部往来挂账和向银行借款的现象也比较普遍，建筑行业要针对本企业的特点和具体情况来选择融资方式，尽量降低企业的成本和降低资金的机会成本，合理利用资金，对货币资金的管理成本也要进行控制。做好相关部门的培训工作。想要建筑业能有效地应对营改增，企业就要对增值税实务的工作进行培训，积极组织部门相关人员学习营增改相关知识，对其重要性和对企业的影响进行全面掌握，做到未雨绸缪，并在一定程度上调整与改革试点相关的财务管理方法，提前做好相关准备工作。
充分发挥营改增优势。在上海进行了营改增试点后，国家就出台了具体的财政扶持政策，政府为增加了税负的企业进行了财政补贴。所以，建筑行业可充分了解和利用国家相关的扶持政策，要灵活运用国家的政策，充分为企业谋求利益。
除此之外，营改增之后，固定资产的价值可以以折旧的方式转移到产品的价值中去，这就免除了营业税，在一定程度上为企业节约了成本。所以，营改增能有效扩大固定资产的投资及发挥固定资产投资的作用，在一定程度上减少了企业的税负。
