行政诉讼证据制度与刑事和民事诉讼证据制度的主要差别集中表现在举证责任制度上。如何设定行政诉讼的举证责任制度，使之成为确定行政诉讼的胜诉和败诉的规则，是值得深入探讨的问题。
一、举证责任的分配及其价值 行政诉讼举证责任的分配，是一个颇多争议的问题。我国行政诉讼法采用被告负举证责任说，但规定得过于原则，在审判实践中难以掌握。
1999年 11月 24日，最高人民法院作出了关于执行《中华人民共和国行政诉讼法》若干问题的解释 （以下简称《解释》 ），对举证责任作了较为明确的规定，采用由被告负举证责任说，兼采合理分担说，即在一般情况下由被告承担举证责任，在特定的情况下由原告承担部分举证责任。《解释》对于举证责任的分配，比较1991年 5月29日最高人民法院作出的关于贯彻执行《中华人民共和国行政诉讼法》若干问题的意见 （试行 ）（以下简称《意见》 ）大大地进了一步，但仍然有不周全的方面，主要是对举证责任的价值未作明确的设定。
举证责任的价值，主要是指诉讼中的原告、被告或第三人所承担的举证责任对胜诉和败诉所产生的决定性作用。笔者认为，法律或司法解释，对此应作出明确的回答。
譬如，法律规定在行政诉讼中，作为当然的被告的行政机关对其作出的具体行政行为承担举证责任。那么，行政机关拒绝承担举证责任，或者所举证据是作出具体行政行为以后收集的证据、依据，对此法院如何作出裁决，仅作出“应当认定该具体行政行为没有证据、依据”。
这样的司法解释是不够的。因为我国是实行的是成文法而不是实行判例法，在行政权强大且不甘愿法律束缚其手脚，司法权相对弱小的环境下，如果法律不作出明确的规定，对处于行政法律关系中的弱者——行政相对人合法权益的保护是不可能的。
因此，对于上述作为被告的行政机关应当举证或者所举证据不符合法律规定，应明确设定被告承担败诉的后果。同样，行政诉讼中的原告，对于起诉是否符合法定条件，起诉被告不作为的案件，提起行政赔偿中被侵害造成损失的事实以及其他应由原告举证的，如果原告不举证或举证不能的，也要明确应由原告承担败诉的后果。
二、证据的采信规则 我国把实事求是、有错必纠，追求客观真实奉为圭臬。但是，时过境迁的客观真实不可能毫无差错地重合再现，在法律意义上，只能是依靠证据和推理去认定事实，这就法律上的事实。
法律上的事实是依靠证据支撑的。如果没有强有力的制度对证据的采信作出规定，行政诉讼活动则难以为继。
“先取证，后裁决”是行政机关作出具体行政行为的必经程序，那么，如果行政机关所取证据违法，则具体行政行为的合法性就会坍塌，行政相对人倘若提起行政诉讼，作为行政主体的行政机关败诉是不可避免的。 在行政诉讼中，设定证据采信规则，对促进行政机关依法行政，避免具体行政行为违法具有其特殊的意义。
对于行政主体在实施具体行政行为中所取证据因违法不予采信的主要有以下方面：
（一）行政主体认定事实的证据违法 行政活动绝大多数都是依职权行使的具体行政行为。都是行政机关的主动行为，即使是依申请的行政行为，行政机关也处于主导的地位。
行政主体在个案出现后，也要主动收集、审定并采纳证据，以便作出合法合理的行政行为。行政主体对证据从原始状态开始收集、审定和采纳的活动是一个权力运行的过程，其中证据运行活动的不正常，即可能导致作为认定事实的证据违法，其证据则不能采信。
1、证据的外在形式违法。根据法律规定，证据的形式有书证、物证、视听资料、证人证言、当事人陈述、鉴定结论、勘验笔录和现场笔录七种。
对于以上证据的形式经过法庭质证属实则可以采信。如果外在形式不合法，在作出具体行政行为之前未加以补救使其合法化，则不能予以采信。
2、非法定主体收集的证据。行政主体对于非法定主体收集的证据，虽然其证据具有客观性和相关性，但未经过行政主体的法定人员依法定程序重新收集并查证属实取得合法性，这样的证据不能采信。
3、违反法定程序取得的证据。行政主体不遵守法定的步骤、顺序、方式和时限对证据进行收集、审查和采纳，即作为事实认定的证据，如果发现后，在作出具体行政行为之前又未采取法定的补救措施或重新通过合法程序取得，对认定事实产生严重影响的证据，亦不能采信。
4、采取非法职权取得的证据。行政主体违反法律规定采取的手段、方法和措施所取得的证据，比如对行政相对人采取逼供诱供、违法羁押或胁迫手段获得的证人证言，即使其证据具有客观性和关联性，但由于是利用职权非法获取的证据，也不能采信。
（二）行政主体在行政过程中举证责任违法分配 首先举证责任应依据法律规定。这里的法律既包括狭义的法律，也包括广义的法律即法律精神和原则。
根据现有法律规定分析，立法对举证责任的分配，常由实体法根据事实要件予以明确，通常表现为除非有例外规定，程序的发动人员负有举证责任。 其次由行政主体依合理原则分配。
行政程序举证责任的分配可参照刑事诉讼和民事诉讼两大诉讼举证责任分配规则及其精神，在不违背公平、显失情理的条件下，合理分配举证责任。 最后应该有利于相对人。
行政程序确定的职权调查主义原则使行政法律关系中行政主体一方拥有特别地位，对此，行政相对人完成法定举证之外的举证责任在无法律明确规定，依照经验又无法合理分配时，宜采取有利于相对人，即由行政主体一方负担举证责任为解决办法。 行政诉讼中，对于举证责任违法分配的、显失公平、不利于行政相对人的举证责任分配，经法院查证后应不予采信。
（三）行政主体认定事实时推定或认知违法
1、行政主体作出行政行为时除运用证据外，也运用推定获得事实结论。行政推定是在行政领域根据某一事实的存在作出另一与之相关事实存在与否的假定。
正确运用推定，既可提高行政效率，也可公正分担举证责任，缓解某些事实证明上的困难。行政推定可分为法律上的推定和事实上的推定两大类。
法律上的推定是指法律规定的从已知的事实推论出未知事实或不依赖某种基础性事实即推理出另一事实存在的过程。事实上推定是行政机关工作人员根据已确认的事实，依照经验和科学知识的推断。
其既要合法也要合理，如果据以作为事实认定的行政推定违背了法律的直接规定、法律精神、科学原理或社会公认的经验规则，其行政推定为违法推定。
2、行政认知是行政主体在作出行政行为过程中以一定形式直接认定某种事实的真实性，并据此作为事实认定基础的过程。但这种认知过程不能以强调提高行政效率、节约行政成本而影响当事人的举证责任分配。
行政主体在行政认知上，如果对非属无合理争议的事实或让相对人对应该行政认知的事实进行举证即属违法认知。
