一、《刑事诉讼法》修改后反贪侦查工作面临的挑战
《刑事诉讼法》修改后在有关犯罪嫌疑人权利保护的九大领域进行了完善，其中“侦查阶段的诉讼权利得到有效保障、修改完善了律师会见阅卷程序、强化了对侦查措施的法律监督、补充完善非法证据排除制度、规范了证人出庭作证制度、扩大了法律援助适用范围”这六大部分对反贪案件的侦办工作带来了不小的冲击。修改后的《刑事诉讼法》对于证据要求达到了很高的程度。律师的提前介入，使得很多原本打算坦白的嫌疑人可能瞬间就改变态度。侦查监督和非法证据排除规则的完善，迫使侦查机关放弃了很多原本可以使用的方法。贿赂案件的当事人大多是社会中高层人士，权势地位较强，掌握资源众多，他们对于侦查的反抗能力本就强于一般犯罪，在以往的案件中，有些证人被打击报复。因此，如何才能更好地在新刑事诉讼法下开展反贪侦查工作成为一个难点。
二、举证责任倒置是面对挑战的有效方法
在一般证据规则中，谁主张谁举证是责任分配的原则。在先进的法治国家，对于贪腐犯罪这类特殊的犯罪，一般实行举证责任倒置。侦查机关主张嫌疑人犯罪，举证责任反而是嫌疑人的。
这一举证责任的分配并不违背法治精神。原因在于权力规则中，所有权力的运行都要受到相应的制约，权力越大，所应受到的约束越大，承担的责任和义务也越大。作为官员，其本身掌握的权力足以使其拥有更多的贪腐可能性，所以相应的这些官员应该放弃一些权力，承担起自证清白的义务，从而达成权利义务上的平衡。
具体到受贿案件的侦查中，如果发现嫌疑人有多出其本人合法收入以外的财产时，必须由嫌疑人本人举证说明这些超出其本人正常收入以外财产来源是合法的。如果没有证据证明这些财产是合法的，那么就认定这些财产是通过非正常渠道所得，包括受贿手段得来的。
三、完善制度设计，积极应对挑战
（一）丰富巨额财产来源不明罪的法律内涵
巨额财产来源不明罪是我国《刑法》上非常特殊的一项罪名，该罪的设立具有积极的立法价值。但是基于现实的必然性考虑，巨额财产来源不明罪刑罚较低，受贿罪的刑罚很重，刑罚预防犯罪效果只能退而求其次。为此，必须丰富本罪的法律内涵。在情节、数额与造成社会影响等方面进行细化，情节特别恶劣、数额特别巨大或者是造成及其恶劣的社会影响，可以考虑以受贿罪论处。
（二）完善财产申报制度，增设拒不申报财产罪
建立官员财产申报制度，并切实可行的运用这一制度。目前虽然规定一定级别以上的国家公职人员定期报告本人及配偶子女等家人所有的收入、来源。包括现金、不动产、有价证券、汽车等，这些资料定期向社会公布，接受社会监督。但是这种申报制度只是一种行政性规范，没有法定的约束力，震慑效果一般。只有建立以官员家庭收入为基础的档案系统，侦查人员才有足够的信息来进行鉴别涉案官员是否有存在犯罪的可能性，寻找明显高于正常水平的可疑财产。
在《刑法》中增设拒不申报财产罪，逾期不报或者少报、瞒报等情况一律纳入刑法惩治范围。用刑法的威严震慑拒不申报财产的行为，使官员没有任何理由推脱申报财产的义务，从源头上堵住了法律体系上可能的漏洞。
（三）在《刑法》中增设举证责任倒置的内容
对于受贿案件可以借鉴巨额财产来源不明罪的举证责任分配方式，由反贪侦查人员承担证实其合法收入的举证责任，由嫌疑人证明超出合理收入外的其他收入来源合法的责任。节约司法成本同时保障了诉讼效率。
