一、我国社会保险基金来源方面的问题
我国社会保险基金来源存在的问题主要包括以下几个方面：第一，历史债务沉重;第二，收入增速缓慢;第三，筹资渠道不畅;第四，企业缴费负担沉重。
(一)社会保险基金的历史债务沉重
1984年以前，我国社会保险基金主要采取现收现付制，该制度无法适应社会主义市场经济改革的需要。为了使我国社会保险基金制度与社会主义市场经济相适应，我国于1984年对社会保险基金制度进行了改革。本次改革的重点是将城镇职工基本养老保险制度由现收现付制改为社会统筹与个人账户相结合的部分积累制。然而，新制度的实施需要付出一定的转制成本，不仅要延续旧制度兑现对劳动者养老的承诺，而且要按计划逐步为新制度积累基金。由此一来，那些在新制度实施以前已经退休的老人和那些在新制度实施前已经参加工作但尚未退休的中人，其个人账户都存在一定的空缺状况，而这些空缺只能由政府负责填补，形成数额巨大的沉重历史债务。
除了转制成本会导致形成沉重的历史债务外，还存在另外一个导致沉重历史债务的因素。本次改革虽然将养老保险从现收现付制改为部分积累制，但社会统筹账户与个人账户却存在混账存放的情形。也就是说，当社会统筹账户不足以支付时，无需征得个人同意，便可直接动用个人账户基金，而且这种借用没有数额方面的限制，也没有利息和偿还期限的规定，这就成为了一种毫无代价的直接借用，这种没有将两个基金账户从根本上隔离管理的做法，很容易导致个人账户成为空账，侵犯公民个人的利益。长此以往，个人账户将形同虚设，仅作为记录养老保险基金数额的工具存在，不具有任何实际的意义，个人账户的实际积累额也将远远低于名义积累额，这部分空缺将成为下一代需要偿还的沉重历史债务。
(二)社会保险基金的收入增速缓慢
随着我国经济体制的转变，我国社会保险基金也逐步完善健全，目前已经形成了五险一金甚至是五险二金的社保缴纳格局，包括养老保险基金、医疗保险基金、失业保险基金、工伤保险基金、生育保险基金和住房公积金(部分企业还建立了企业年金)。随着社会保险基金内容的丰富以及社会保险基金征缴基数和比例的提高，我国社会保险基金的收入规模日益扩大。这就为我国社会保险制度的实施奠定了坚实的物质基础，为离退休人员、失业人员、工伤人员以及生育妇女等人员的基本生活提供了有力保障，为维护社会稳定并构建和谐社会起到了积极推动作用。然而，在我国社会保险基金收入额绝对值不断增长的同时，由于社保覆盖面还不够广，部分私营企业的职工及农村劳动者尚未被纳入社保的统筹范围内，我国社会保险还处于较低的保险层面，这将大大限制我国社会保险基金收入额的增长速度。
数据来源：全国社会保障资金审计结果。
(三)社会保障基金的筹资渠道不畅
我国社会保险基金主要有四个筹资渠道，分别为职工个人缴费、用人单位缴费、政府财政补贴以及社会保险基金投资收益。然而，我国的社会保险基金筹资渠道并不畅通。究其原因，主要包括以下几个方面：第一，由于个人认知不足，目光短浅，未曾为自己的未来着想，不愿意缴纳社会保险基金，使得存在个人少缴社保基金的行为;第二，用人单位为了自身利益，压榨职工劳动力，通过少报工资总额的方式达到少缴社会保险基金的目的，有时候甚至逃避缴纳责任;第三，国家财政补贴也为社保基金的筹集做出了重要贡献，但由于国家财力有限，财政收入用途广泛，使得实际的财政补贴力度很是有限，目前还仅停留在允许社会保障基金税前列支和财政托底的层面上;第四，由于我国社会保险基金的投资渠道受到诸多限制，而且我国的金融市场还不发达，也不够规范和完善，这些因素的共同作用，导致社保基金的投资收益较低，投资收益率甚至低于通货膨胀率，使得社会保险基金出现贬值迹象。
(四)企业缴纳社会保险基金的负担沉重
二、我国社会保险基金支出方面存在的问题
我国社会保险基金支出存在的问题集中表现在养老保险、医疗保险和失业保险三个方面。
(一)养老保险基金支出规模日益扩大
人口基数大是制约我国养老保险基金发展和进步的一大难题，计划生育的实施虽然已经有效地控制了我国人口的增长速度，但却激发了另外一个问题――人口老龄化速度加快。我国当前的人口结构呈倒金字塔的形状，即老年人口日益增多，青年人口少，我国进入了快速老龄化阶段。这直接影响到我国未来养老保险基金的收支平衡，在未来，每年养老保险基金的收入规模将逐渐减少，支出规模将逐渐扩大，养老保险的支付压力将不断加大。此外，虽然我国已经对社会保险基金实行收支两条线管理，但我国养老保险基金在支出管理方面还存在很多漏洞，比如说缺乏先进有效的监控手段和信息系统，使得养老保险基金存在被冒领、骗领的情形，大量养老保险基金被侵占、挪用，国家及人民的利益都受到了极大的损害。(二)医疗保险基金支出规模日益膨胀
人口老龄化进程加快不仅加大了养老保险基金的支付压力，也使得医疗保险基金的支出规模日益膨胀，这主要表现在两个方面：第一，人口老龄化导致未来缴纳医疗保险的人数减少，领取的人数增多，使得医疗保险的收支差额不断扩大;第二，老年人身体抵抗力日益下降，患病率偏高，将花费更多的医疗费用，加大医疗保险的支出规模，增加社会压力。此外，随着医疗水平、医疗技术的不断提高和就医观念的改变，医疗费用的支出也在不断增加。比如说，随着生活水平的提升，老年人对自身的保养也开始从单纯的治疗型向消费型转变，有些人的病情用国产药就可以得到有效治疗，却要求用进口药，这将使得医疗费用呈几倍甚至是十几倍的速度增长。
(三)失业保险基金的支出问题
三、我国社会保险基金的投资运营问题
我国社会保险基金的投资运营主要存在以下三方面的问题：第一，法律限制过严，投资渠道单一;第二，缩水现象严重，保值增值困难;第三，统筹层次较低，监管力量薄弱。
(一)法律限制过严，投资渠道单一
(二)缩水现象严重，保值增值困难
注：⑥=(①+②)/2*[(③-⑤)*60%+(④-⑤)*40%]。
数据来源：全国社会保障资金审计结果。
根据上述推算可知，自2005年至2012年，我国社保基金当年投资收益有6年均为负数，社保基金结余累计缩水接近1700亿元，严重贬值。
(三)统筹层次较低，监管力量薄弱
目前，除基本养老保险由省级单位统筹管理以外，其他四项社保基金绝大多数仍由县市级的地方社保基金经办管理机构负责管理;而且，不同险种基金还要实行独立核算，如此一来，每个统筹单位又衍生出数个基金行政管理机构。也就是说，我国社保基金实际上是由成千上万个统筹单位分散管理，呈现碎片化的管理状态。由此可见，我国社保基金的管理体系还处于统筹层次很低的状态。由于社保基金被分散管理，每个统筹单位管理的社保基金规模很是有限，使得社保基金的投资运营难以形成合力，加大了社保基金的管理难度。此外，我国社保基金的管理局面是松监管，严管制。虽然我国于2010年出台了《社会保险法》，但对于社保基金的收缴、管理、运营和支付等问题仍然缺乏切实可行的监管措施。在实际操作中，虽然我国早在1998年就已成立了社会保险基金监督司，但由于负责监督管理的人员数量不足，监督力量薄弱，导致我国社保基金未能得到有效管理。同时，社保基金的管理既要接受上级监管部门的纵向领导，又要接受地方政府的横向行政干预和影响，双向管理使得社保基金的管理更加混乱。
