一般认为强奸案件中往往是犯罪嫌疑人、被告人
与被害人一对一，导致在事实认定上存在很大的困难，同时这也是强奸案的主要特点。不过“一对一”并不是强奸罪认定中的特例，行受贿案件也存在这样的特点，甚至在交通肇事案件中，由于被害人的死亡，有时只能是“一对零”。但是在行受贿案件中，有金钱财物可以作为物证，在交通肇事案中有勘查笔录、损坏的车辆等证据可以佐证，而在强奸中，物证多数较为匮乏，言词证据的地位突显出来。而且在行受贿案、交通肇事案中要认定的是有无行为，而在强奸案中不仅要认定有无行为，还要认定行为有无违背妇女意志，证明的内容上也比前者要复杂。综合上述分析。我们可以初步认为强奸案件的特点有两个：一是物证匮乏，二是待证事实复杂。
一、强奸案件的证据种类分析
(一)犯罪嫌疑人、被告人的供述与辩解
从纯粹逻辑关系上讲，犯罪嫌疑人、被告人客观上可能实施了强奸行为，也可能未实施强奸行为，主观上可能供认也可能否认。因此，二者相互交叉构成以下四种情况：1、客观上实施了犯罪行为，主观上供认；2、客观上实施了强奸行为，主观上否认；3、客观上未实施强奸行为，主观上供认实施了强奸行为；4、客观上未实施强奸行为，主观上否认实施强奸行为。有的案件中，犯罪嫌疑人供述称自己犯罪了，愿意接受政府的惩罚，但根据全塞证据认定的事实却是女方自愿与其发生性关系，未实施暴力、或以暴力相威胁。因此不能仅凭被告人认为自己的行为构成了强奸罪，就认为证据确实充分了，这完全有可能是被告人法律知识淡薄、对女方(而非被害人)的内疚、保护女方等多种原因。第2种情况、第4种情况的存在也提示我们，嫌疑人否认不能一概认为是其不老实、认罪态度不好，完全有可能是其未实施犯罪行为。但是犯罪嫌疑人、被告人是强奸行为(假如存在的话)的直接实施者，其供认或否认如能证’实或证伪，对于案件事实的认定具有重要的作用。
(二)被害人陈述
被害人陈述，因其自身利益与诉讼结果直接相关，在审查中更要客观细致，不能因其是被害人所以相信其陈述的关于被害的内容就一定是真实的，其是证人证言所以其证言就一定是客观的。被害人、证人完全有可能在另一起诬告陷害案件中以犯罪嫌疑人的身份出现。如同犯罪嫌疑人、被告人供述与辩解一样，被害人是强奸行为(假如存在的话)的直接承受者。其陈述如能证实或证伪，对于案件事实的认定亦具有重要的作用。
就像犯罪嫌疑人、被告人供述与辩解一样，被害人陈述根据客观上是否受害，以及陈述中是否受害，也存在四种情况：1、客观上受害，陈述受害；2、客观上受害，陈述未受害；3、客观上未受害，陈述受害；4、客观上未受害，陈述未受害。第1种情况是常见情形。第2种情况在被害人受到嫌疑人的威逼利诱时也会发生，第3种情况的出现可能导致一个诬告陷害案。第4种情况无法成案不予讨论。
(三)证人证言
强奸案件中证人证言比较少见，看到强奸发生过程、能直接证明犯罪的证人证言更为少见。大多数证人只是听到被害人或嫌疑人向其陈述案件过程，以及被害人生活起居等情况。在实践中，有些公诉人把同案犯的供述作为证人证言来使用，尤其是已判决的同案犯的证言。这是不合适的。被告人供述既包括单独犯罪的被告人供述，也包括共同犯罪多名被告人的供述。即使在本案中只有一名被告人，在前案中被定罪的同案犯的供述也应与本案被告人供述一起作为被告人供述。因为，二者虽不为同一案件的被告人但系由于同一犯罪行为而被追究的被告人，其身份不属于证人。
(四)勘验、检查笔录
在强奸案件中，犯罪现场的具体状况直接影响着犯罪嫌疑人能否顺利实施犯罪行为。或者被害人能否呼喊求救、反抗等，因此在条件具备的情况下应对现场进行仔细勘查。同时，勘验检查笔录应不局限于对犯罪地本身的检查，应对周围的情况也进行检查，重点应从以下几个方向展开：被害人有无逃跑、反抗的条件，有无反抗、打斗的痕迹，案发时周围有无居住人口、过往行人，照明情况、可视距离等，如果现场在房间内，墙壁的厚度、隔音效果，隔壁能否听到呼救等。必要时要进行侦查实验。值得注意的是，勘查笔录不等同于犯罪嫌疑人、被告人或者被害人对犯罪现场的指认，不能用指认的笔录或照片代替勘查笔录。
(五)鉴定结论
在强奸案件中普遍进行了DNA鉴定，即对从被害人身上提取的精液等生物特征标本与嫌疑人的DNA进行比对。这种鉴定具有较高的可信性，可以有效地证实性行为发生与否。但它对案件事实的证明也存在一定的局限性，即它仅能证明性行为发生与否，而不能证明发生性行为是否违背妇女意志。比如，被告人承认发生了性关系，那么DNA鉴定的结论就只能是印证了被告人的说法，而不能证明强奸的成立。另外，从被害人体内提取精斑的DNA鉴定，若结论为肯定的，其只能证实性行为的发生，若结论为否定的，一般也不能证实性行为未发生，因为存在多种情况可以导致鉴定为否，比如检验不及时、检材不充分等。在通知鉴定结论时，也要掌握一个技巧，一般要先反复讯问嫌疑人与被害人有无发生性关系，待其供述稳定后，再告知其鉴定结论，当然这要在法律规定的通知期限内实施。如果嫌疑人一直称未发生性关系，但鉴定结论证实发生了性关系，则其辩解可信度自然会下降。其必理防线也会受到影响。
(六)物证、书证
强奸案件中物证、书证主要集中在证实双方关系的证据上，比如电话通话记录，网络聊天记录等。撕扯坏的衣服，也是物证。嫌疑人身上的伤是与其身体结合在一起归属于物证还是取其伤情鉴定做鉴定结论?在我看来，这两种情况都是可以的，并不矛盾，与身体连在一起可以证明嫌疑人实施了暴力，鉴定结论可以证明暴力的程度作为一个量刑情节。
(七)视听资料
强奸行为对于被害人来说是突然的，不可预料的，因此一般不会录制视听资料。对于被告人来说，多一点证据总是对自己不利的，也不会拍摄视听资料。如果真的有视听资料存在的话，那要弄清这种证据的来源，是谁出于什么目的拍摄，是被告人出于勒索被害人的目的、有观看淫秽视频的癖好，还是被害'人设局勒索被告人。
二、强奸案件的证据标准
强奸案件证据认定的标准，就是对证据质和量的判断，指在证据质、量都要达到一定的程度，才能认定强奸罪的成立。
1，从证据的种类而言，前面所述七种证据中，犯罪嫌疑人、被告人供述、被害人陈述、证人证言都不能认为是强奸罪成立必须具备的证据。
2，从证据的性质上来说，有罪证据的数目必须要多于或不少于无罪证据吗?比如，嫌疑人辩解称未实施强奸或发生了性关系但对方自愿，并提供了2份证据，被害人称被强奸，并提供了1份证据。如果嫌疑人的2份证据均与案件关联不大，被害人的1份证据经查证属实且与案件关联性大，同样可以认定强奸罪的成立。可见认定强奸罪成立的关键不在于证据的数量而在于定案的证据是否确实。有观点认为，我们认定证据
