祁连山位于甘肃省西部和青海省东北部，是亚洲中部著名的高大山系之一。祁连山脉西起阿尔金山山脉的当金山口，东至黄河谷地，北临河西走廊，南濒柴达木盆地，其最高峰疏勒南山的团结峰位于青海省境内，海拔高达5808米。
祁连山的地理位置非常特殊，它是中国第一、二级阶梯、内蒙古高原和青藏高原、河流内流区和外流区、草原景观和荒漠景观、青藏高寒气候区和西北干旱半干旱区的分界线。
祁连山地质地貌复杂，从南坡到北坡，从东段到西段，从山麓到山顶，其自然景观存在着很大差异，呈现着多样的分布。峡谷、湖泊、河流、草原、湿地、丹霞、冰川、雅丹、戈壁、沙漠，各种美景，应有尽有。
南北东西景观不同
祁连山南北宽250公里～300公里，南坡的青海湖堪称青藏高原上一颗璀璨的明珠，门源县的油菜花是祁连山下美丽震撼的奇景，黑河大峡谷有“世界第三大峡谷”的美誉。北坡有“中国最美的七大丹霞地貌”之一的张掖丹霞地貌，有中国第二大内陆河形成的黑河湿地，有鬼斧神工、奇妙无穷的天然杰作――敦煌雅丹地貌。
祁连山东西长900公里～1000公里，自东至西可分为东、中、西三段。民乐县扁都口以东为东段，山脉的东延余脉形成马ド健⑿寺∩铰觯最后没入黄土高原之中。扁都口到北大河谷之间为中段。北大河谷以西至当金山口为西段。祁连山大部分地区属大陆性气候，东段受东南季风的影响较大，气候比较湿润，降水量多于西段。
由于降雨量从东到西依次减少，祁连山的植被，自东到西也是逐渐荒漠化的。东段的森林、中段的草原、西段的荒漠，成为祁连山三段自然景观的典型代表。祁连山东段南北两坡分布有许多自然保护区和国家森林公园，如甘肃省境内的吐鲁沟国家森林公园、天祝三峡国家森林公园，青海省境内的北山国家森林公园、仙米国家森林公园、群加国家森林公园、坎布拉国家森林公园。祁连山西段海拔4000米以上的高山发育着冰川，著名的有位于嘉峪关市的七一冰川，还有位于肃北蒙古族自治县的老虎沟12号冰川――曾被评为“中国最美的六大冰川”之一。
5个山地垂直带
受山地气候垂直变化影响，植被类型也出现相应的垂直变化，自下而上依次呈现出草原化荒漠植被、山地草原、山地森林草原、高山灌丛草甸和高山垫状植被。
海拔2000米～2300米为荒漠带，主要以旱生的灌木、半灌木和草本为优势种。东段主要为荒漠草原，分布有珍珠猪毛菜、盐爪爪、猫头刺，伴生有红砂、合头草、短花针茅等植被群落。西段为典型荒漠，主要分布有合头草植被群落和珍珠猪毛菜、红砂等植被群落。
海拔2300米～2800米为浅山区，主要为山地草原，有西北针茅草原、紫花针茅草原、短花针茅草原、芨芨草及杂草草原、苔草草原等几种草原类型。
海拔2800米～3200米为中山区，主要为山地森林草原带。本区域水热条件适宜乔灌丛生长，植被组成复杂、类型丰富，是祁连山的主要植被带。阴坡和半阴坡适宜青海云杉林生长，林下可生长山生柳、金露梅和银露梅等灌木。阳坡和半阳坡适宜祁连圆柏林生长，林下可生长金露梅、银露梅、锦鸡儿、高山绣线菊等灌木。这些森林类型是祁连山北坡的主要水源涵养林。
海拔3200米～4000米为亚高山区，主要为高山灌丛草甸，以耐寒的灌木、草本为主。阴坡和半阴坡分布有高寒常绿灌丛和高寒落叶阔叶灌丛，如杜鹃灌丛和柳灌丛。阳坡和平缓地段主要为高寒草甸，两者共同构成高山灌丛草甸带。
海拔4000米～4500米为高山区，该地区气候寒冷，地表多为冰雪作用形成的岩石碎屑，不能生长灌木，只能生长耐寒的垫状植被。主要有甘肃雪灵芝、垫状点地梅、水母雪兔子、小丛红景天等。此地带以上，是高山积雪和冰川区。
森林、荒漠、绿洲相互影响
祁连山草场广阔，水草肥美，是牛、马、羊放牧的优良草场，并且不同海拔高度分布着不同的草场。海拔2500米～3000米为西北针茅、短花针茅为优势种的草原草场，海拔2700米～3200米为垂穗披碱草、苔草、珠芽蓼等为优势种的草甸草场，海拔3400米以上为矮蒿草、珠芽蓼为优势种的高寒草甸草场。
祁连山森林资源丰富，历史上曾遍布祁连山北坡山麓。据《河西志》记载，祁连山在2000年前约有600万公顷的天然森林，生长茂密，绿树苍天，浓荫蔽日，冬夏常青。据有关县志和史料记载：酒泉地区有“林木苍郁，绵延百余里之远”。清代以来，随着人口剧增，森林屡遭破坏，但仍维持着本地区的生态平衡。
祁连山所在地区生态环境特殊，祁连山主要为森林生态系统，背面河西走廊是典型的大陆性荒漠，分布着不连续的绿洲，森林、荒漠、绿洲三大生态系统互相制约，相互影响。千百年来，祁连山森林涵蓄了冰川融水及降雨，补给河流，形成了以石羊河、疏勒河、黑河三大内陆河为主的众多内陆河和丰富的地下水资源，灌溉着河西走廊的万顷农田，孕育了丝绸之路的文明。
