1994年建立的分税制为基础的分级财政管理体制，带有强烈的制度创新性质，初步理顺了中央与地方之间（主要是中央与省级之间）的财力分配关系，又在政府与的关系方面大大淡化了条块分割的行政隶属关系控制，为政府适应市场、正确发挥调节经济和发展的作用创造了条件。然而必须看到，该体制为种种条件所制约，仍然带有强烈的过渡色彩，难免留下不少。
随着时间推进，这些问题趋势于明朗化。 财权与“事权”不对称 在实行分税分级财政体制的国家里，中央适当集中财权是普遍的做法。
但省以下政府之间的财权划分模式并不尽然，具体格局要依职责划分结构而定。我国实行分税制的主要意图之一是扭转过去中央财政收入占全部财政收入比重过低的局面（到2000年，中央财政收入占全部财政收入的比重为52.2％），这符合分级财政体制正常运行的基本要求，并且客观地说，与较充分发挥中央自上而下转移支付调节功能的要求相比，中央财力集中程度还不够，仍有待逐步提高。
然而现在的问题是这种趋向被盲目推广和延伸，在省、市形成了上级政府都应集中资金的思维逻辑。1994年以来，中央的资金集中度实际在下降（从1994年的55.7％下降到2000年的52.2％），而省级政府的集中程度不断加大，年均提高2％（从1994年的16.8％提高到2000年的28.8％）。
市一级政府同样在想方设法增强集中程度。2000年地方财政净结余134亿元，而县、乡财改赤字增加。
这实际上说明财力在向省、市集中。 省以下政府层层向上集中资金，基本事权却有所下移，特别是县、乡两级政府，履行事权所需财力与其可用财力高度不对称，成为现在的突出矛盾。
按照事权划分规则，区域性公共物品由地方相应级次的政府提供。近年我国省级政府向上集中资金的过程中，县、乡两级政府仍一直要提供义务、本区域内基础设施、社会治安、环境保护、行政管理等多种地方公共物品，同时还要在一定程度上支持地方经济发展（而且往往尚未有效排除介入一般竞争性投资项目的“政绩”压力与内在冲动），而且县、乡两级政府所要履行的事权，大都刚性强、欠账多，所需支出基数大增长也快，无法压缩。
比如9年制义务教育，该项支出有依据，而且由于人口规模扩大较快和相关支出因素价格上升较快，所需资金膨胀更快，主要发生在县、乡两级财政。再比如基础设施建设，县级行政区域内长期以来各类基础设施严重不足，欠账累累，而农村化、城市化进程又要求配套完善基础设施，对县级政府来说这是非常沉重的负担，经济发达地区同样如此。
又比如财政供养人口，我国有2000多个县级行政区域，如果按每个县财政供养人口为7000人、每人年工资为700元，所需财政支出就达1000亿元规模。事实上，省以下地方政府还要承担一些没有事前界定清楚的事权。
比如社会保障，1994年推出分税制时，该项事权没有界定在多大程度上由省以下政府特别是县级政府来承担，现在实际上要求地方政府负责，对原本就“四面漏风”的县“吃饭财政”来说，又增加了一笔没米下锅的饭债。 很显然，转轨时期，工业化、城镇化推进和社会进步所需要的大量物质条件和社会条件是要由省以下地方政府来提供的，特别是县、乡两级政府，承担着宽广、具体的责任和经济责任。
在这种背景条件下，亟需在明确各级政府合理职能分工和建立有效的转移支付制度的配套条件下，使基层政权的事权、财权在合理化、法治化框架下协调，职责与财力对称。这本是“分税分级”财政体制的“精神实质”所在，一旦不能落实，则成为基层财政困难的重要原因。
实行分税制财政管理体制，要求政府间的财政资金分配采用税种划分。我国目前有五级政府，是世界上主要国家中政府层级最多的国家。
从国际经验看，政府层级多的国家，税种也比较多，这样有利于收入划分。但在任何一个国家里，税种数量都不可能过多，因为税种随意设置，势必扰乱市场经济运行并约束社会进步、损害社会效率与公平。
而且市场经济近几十年发展中，简并税种是主流趋势。也就是说，不论政府层级有多少，税种设置的科学性不能违背。
我国现行税种有28个，和其它国家比，为数不算少。然而问题的焦点在于，这28个税要在5级政府之间划分，是世界上其它国家未曾遇到的难题。
很显然，5级政府与28个税的对比状态，使得不可能象国外那样主要是完整地按税种划分收入，而只能走加大共享收入的道路。如果硬要完整地按税种划分收入，势必形成政府间收入分配高度不均衡，这是由各个税种收入的高度不均衡所决定的。
然而必须看到，一味扩大共享部分又会反过来分税分级财政基本框架的稳定。近年我国共享部分的比重一增再增，下一步如把企业所得税和个人所得税也改为共享税，则数得着的大税种已全部共享，这在过渡状态下是一种策略性的选择，但从长远发展着眼作战略性考虑，还是要在将来创造条件把若干共享税分解、融合于国税和地方税之中，进而使分税制贯彻并真正得到稳固。
那么从长远考虑，具体而突出的矛盾马上表现在，设立了5级政府也就是需要把税源切成五个层次，而从税收的属性和各税种的不同特点看，分成三个层次相对容易，分成五个层次难上加难。 也就是说，不论怎样设计，都无法把“分税种形成不同层级政府收入”的分税制基本规定性，贯彻到一个五级政府的架构内去。
即，这一架构使分税制在收入划分方面得不到最低限度的可行性。而且我国省以下体制的现状是五花八门，各地不一，有的安排了复杂易变的分享，有的则对县乡干脆实行包干制，总体而言，“讨价还价”色彩浓重，与分税制的距离还相当大，并且看不清缩小这种距离的前景与具体路径。
与此同时，大环境中市场的发育和政府职能与管理规则的转变却时不我待，使各层次财源不对位，财力分配紊乱、低效，矛盾愈益积累起来。这样看来，五级政府架构与分税分级财政的逐渐到位之间，存在不相容性质，近年地方财政困难的加剧，在一定程度上正是这种不相容性日渐明朗和突出所致。
财政支出多多 在我国，中央对财政支出标准的决策，无疑应有一定的集中控制，但在分税分级体制建立过程中，集中程度需要随体制的逐步到位而适当调低，给地方各级一定的“因地制宜”的弹性空间。事实上，多年来我国某些统一的支出控制标准（如公职人员差旅费）近乎一纸空文，形似集中，实则紊乱。
实际生活中，财政支出标准很多不是由财政部门来决定的，在中央政府级次确定支出标准，有些已经具体化为中央各部门随机和相互攀比地确定支出标准和要求，这种情情况下，下级政府的财政支出，往往要实行多个上级部门提出来的支出标准和要求。在形成了实际的紊乱情况的同时，我国现存的突出矛盾是基层政府事权重、收入筹措功能弱、区域差异悬殊，却被要求实行上级政府规定为一律却由上级部门多头下达的财政支出标准。
相对发达地区尚可维持，经济落后地区就常常无法度日。转轨期间县、乡两级公职人员工资欠发问题长期得不到解决，固然有复杂的原因，但其中之一是由于工资标准按统一安排不断提高，加大了基层财政支出压力。
近两年来调升工资时中央加大了专项转移支付，应当能使欠发工资压力有所缓解，但由工资推及其它事项，说明类似问题除中央应逐步加强转移支付力度之外，普遍的事务需区别对待，不宜包揽过多。总之，有必要给地方留出支出标准上的一定弹性空间。
特别要防止“王爷”和“皇帝”分不清，部门有权出台多种政策，在支出要求上各部门相互攀比地全要“大干快上、一年一变样”等。处理不好，上级的集中控制加上“上级”内部的政出多门，便是形成基层财政困难的原因。
