计算机技术和经济管理的结合，极大地提高了管理工作的现代化水平。其中发展最快、应用效果最显著的，是计算机在会计工作中的应用。
随着会计电器化的广泛应用，传统内部审计面临着新的挑战，从而出现了电算化会计系统的内部审计。
一、计算机会计系统内部审计的特点
计算机会计系统内部审计的特点，首先是审计的系统性，要对数据、硬件、软件等各种要素进行系统的分析和检查，才能确定输出结果的正确性，作出可靠的审计结论。第二是审计的复杂性，这是由被审系统数据处理方式、数据贮存方式、系统控制方式、应用系统和电子计算机辅助审计技术的多样性和复杂性所决定的。第三是审计资料的隐蔽性、敏感性和易逝性，这是由于审计线索主要以两种形式存在：一种是肉眼可以看见的审计线索，如输入的原始凭证、记账凭证等原始文件、打印出来的会计账簿、会计报表等；另一种是肉眼看不见的，如存储在软盘或硬盘上的会计数据库资料等。第四是审计的运行性，即在不断运行的系统中进行审计和监督。
二、计算机会计系统内部审计的内容
内部审计可以从硬件和软件的系统控制和实质性审查两个方面来进行审计。
l、内控制度的审计。对内部控制制度的审查与评价，既是审计的基础，又是审计的前提。从实施的角度来看，内部控制有些是通过程序来实施的，有些则是通过制度约束来实现的。通过程序的设计和运行来实施控制的“程序化”控制，和通过建立管理工作制度来完成控制的“制度化”控制，必须通过内部审计来确保其实施，才能使计算机会计系统的安全、可靠和稳定得到双重保险。在电算化条件下，虽然仍要审查传统审计的一些内容，但重点主要在于系统软硬件及数据的内部控制。
内部审计人员应在本单位以上各方面制度的制定过程中，积极发挥参谋作用，并在以上制度的实施过程中，定期审计或突击检查，查找内部控制的弱点，提出改进措施，使制定的内部控制制度得以执行，以保证会计数据的安全性、有效性、完整性和准确性。
2、实质性审计。在手工条件下，审计主要是对书面资料进行审查。在电算化条件下，会计核算由计算机在程序的控制下完成，除了审查输入和输出数据，还要审查电子计算机程序和贮存在机内的数据文件。因此审计工作重点转移至对会计软件合法性、正确性的审查和对机内数据文件的审计方面。
三、计算机会计系统内部审计的方法
从黎明股份事件看CPA审计
如何在审计中运用重要性概念
