关于合并会计报表中盈余公积的合并问题，目前有两种处理方法。第一种是依据财政部制定的《合并会计报表暂行规定》，其要点是：
(1)母公司对子公司权益性投资项目的数额与子公司所有者权益中母公司所持有的份额相抵消；对于子公司之间相互投资，母公司应当比照上述做法，将权益性资本投资项目的数额与相对应另一子公司所有者权益各有关项目中相应的数额相互抵消。
(2)子公司所有者权益各项目中不属于母公司拥有的数额，应当作为少数股东权益，单列一类，以总额反映。
(3)所有者权益中未分配利润的数额根据合并利润分配表中期末未分配利润的数额列示。
在合并工作底稿中应编制如下抵消分录：
借：盈余公积
贷：长期投资
少数股东权益(非全资子公司)
这样合并的结果是企业集团合并会计报表盈余公积和未分配利润数额与母公司盈余公积和未分配利润数额一致。其理由是：把合并的企业集团看成一个整体，视同一个企业，除非子公司出现净资产负数和外币报表折算差异。合并后，企业集团的所有者权益各项目与母公司的所有者权益各项目是一致的。但实际并非如此，视同一个企业和一个独立的会计主体和法律主体毕竟是不一样的，因此，该合并方法值得商榷。
第二种是注册会计师全国统一考试指定辅导教材《会计》关于盈余公积的合并处理方法，其理由和要点是：根据我国公司法的规定，盈余公积(包括法定公积金和法定公益金)由单个企业按照当期实现的税后利润(即净利润)计算提取。子公司当期计提盈余公积作为企业集团利润分配的一部分，在合并利润分配表中予以反映和揭示。另一方面，子公司当期计提盈余公积作为子公司利润分配的结果，已形成子公司内部积累，从而也形成整个企业集团内部的积累。为了准确反映企业集团内部提取盈公积、内部积累的情况以及集团未分配利润情况，必须将子公司提取的盈余公积作为企业集团提取的一部分予以反映。因此，在合并会计报表中必须再通过抵消分录将已经抵消的提取盈余公积的数额调整回来，既调整合并利润分配表中提取盈余公积的数额，也调整合并资产负债表中盈余公积的数额。如果合并的是全资子公司，调整数为当期全额计提数；如果合并的是非全资子公司，调整数为当期全额计提数按股权比例享有的数额。这两种调整我们可称为“抵消调整”和“恢复调整”，会计分录为：
抵消调整：
借：盈余公积
贷：长期投资
少数股东权益
恢复调整：
年初：
借：期初未分配利润(同时调整合并利润表)
贷：盈余公积
当期：
借：提取盈余公积(同时调整合并资产负债表未分配利润)
贷：盈余公积
实际上，上述两种方法的唯一区别在于对子公司提取的盈余公积予以恢复，也就是盈余公积的合并是将盈余公积按股权比例计算后简单相加。
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