沙皇俄国、苏联，都曾经觊觎过新疆
民国以来，统治新疆的第一人是杨增新。
当时，就中国来说，面对日本日益扩大的侵华战争，也十分需要得到苏联的援助，蒋介石不愿为一个鞭长莫及的地方与苏联形成对抗。于是，保持新疆的相对稳定，就成为斯大林和蒋介石都可以接受的现状。但是，新疆的这种状况只是当时特殊的国际环境造成的暂时局面。
1944年初，在苏联的唆使下，新疆与外蒙古交界的中国阿尔泰地区，中、蒙之间发生军事冲突。1944年六七月间，苏联从成都、西安、兰州撤走了最后一批大约六十人的军事顾问，以表示苏联的坚决态度。10月11日，苏联最高苏维埃宣布：“接受位于外蒙古西北边界的图瓦作为俄罗斯联邦的图瓦自治州加入苏联。”（1961年10月10日，改名为图瓦苏维埃社会主义自治共和国。）
为了实行武装暴动，苏联除了为这些秘密组织配备军事顾问之外，还向这些秘密组织大量提供武器装备，培训军事骨干。苏联在阿拉木图、安集延两地，建立军事训练基地，专门训练逃亡到苏联的“反抗人士”，组建“游击大队”。
经过精心策划，“伊宁解放组织”选择在1944年11月7日，也即苏联的十月革命节，在伊宁举行全城暴动。
斯大林不支持分裂主义分子
经过一定的考虑之后，斯大林改变了对“三区革命”的态度，也即从策划将新疆从中国版图中分离出去，改为努力制造一个由苏联控制下的新疆。因为斯大林认为，无论就内部或者外部环境来说，苏联都不可能要求和实现将新疆从中国版图上分离出去的目标。就苏联国内来说，与新疆接壤的是哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦等加盟共和国。这些共和国的主体民族与中国新疆的少数民族，无论在种族上、宗教上，乃至在血缘上，都有着密切的联系。如果苏联支持新疆从中国分离出去，斯大林担心，那样做就可能引起苏联边疆的加盟共和国也生出连锁反应。就国际环境来说，斯大林很清楚：苏联的宿敌是日本;实现苏联的远东战略，需要同中国保持友好和盟国关系，而决不是为了新疆问题与中国对立，甚至兵戎相见。因此，斯大林的目标是：确保苏联在中国新疆的军事、政治、经济影响，促成一个在苏联控制之下、至少是亲近苏联的新疆地方政权。因此，斯大林非常明确：不支持“东土耳其斯坦共和国”独立。关于新疆问题，在1945年7月9日的第四次中苏谈判中，斯大林对中国政府代表明确表示：“苏联政府同意，禁止私运军火，堵截边境，协助平息暴乱。”并认为中国政府在必要时使用武力是适宜的。在得到苏联政府这样的承诺之后，1945年7月17日，蒋介石命令第八战区司令长官朱绍良、新疆省政府主席吴忠信着手准备在10月间收复伊犁的事宜。
就在中苏两国政府就新疆问题达成协议时，新疆的局势变得更为严峻了。“三区革命”武装“东土耳其斯坦共和国民族军” 于7月下旬发起全线进攻。至9月初，“民族军”在北线占领了塔城和阿山地区;南线越过天山冰大坂，并在南疆发起广泛的游击战;中线则连陷精河、乌苏等城市，直达玛纳斯河西岸，距迪化（今乌鲁木齐）仅一百四十多公里。面对如此局面，朱绍良、吴忠信急电重庆政府说：“事态严重，前途不测，只有一死殉国！”但是，蒋介石心里有数。尽管朱绍良等频频告急，蒋介石却不紧不慢，派张治中“赴新疆考察，提出解决问题的报告”。 9月6日，苏联政府也向中国政府表示：“只要让各民族参加省政府，特务工作放宽些，新疆问题是可以解决的。”9月14日，苏联代总领事叶谢也夫会见前来迪化的张治中时也建议：“新疆冲突最好设法和平解决”，并表示愿意帮助疏通和联系。 经苏联驻伊犁领事的“联系”，10月上旬，“三区革命”的代表来到迪化与张治中洽谈。“三区革命”的代表来到时，都佩戴“东土耳其斯坦共和国”证章，并声称“是代表东土耳其斯坦共和国与中国政府代表谈判的”，还扬言：“届时将出示证明文件，中国政府代表也须交验相应文件。”对此，张治中表示坚决反对，并拒绝与其见面。后经苏联代总领事叶谢也夫的劝告，“三区革命”的代表才放弃原先的主张，使谈判得以启动。
在谈判桌外，苏联也向“三区革命”势力施加压力，劝说其放弃“独立”主张，“和平解决与中国的冲突”。1945年10月15日，苏联内务人民委员贝利亚给莫洛托夫、马林科夫、米高扬的报告说：“让东土耳其斯坦共和国独立是乔巴山的允诺。苏联无意承认东土耳其斯坦共和国成为阿尔泰地区的独立国家。”贝利亚在这份报告中建议：“请乔巴山给乌斯满下达指示，停止积极反对中国的武装活动，转入防御，协助伊犁起义者谈判，和平解决与中国的武装冲突。”斯大林本人也向前来莫斯科的蒋经国承诺：“苏联政府将尽力而为，调停冲突。三区方面不会拒绝苏联政府的调停。” 叶谢也夫多次“规劝” “三区革命”的代表在谈判中不得节外生枝。1946年6月6日，解决“三区革命”的和平条款及附文，终于签字。
苏联控制三区的另一手段是在三区领导机构中，清洗被认为是不可靠、不忠实分子，提拔亲苏人员主持政务。1947年8月底，苏联在伊宁重建代号为“阿合买提江・哈斯木第二办公室”的苏联顾问团，“协助”三区政权开展工作。苏联的格伯乌（克格勃）还向新疆三区派了五百多名秘密特工，加强对三区的人事、局势的控制。
“三区革命”初期的头面人物、“东土耳其斯坦共和国” 临时政府主席艾力汗・吐烈，具有强烈的民族分离主义倾向。苏联利用吐烈在民众中的宗教影响，支持他推翻新疆的“汉人政府”。但是，吐烈在骨子里是反苏、反共的。特别是当苏联的策略改变以后，吐烈的反苏情绪更为显露。吐烈强烈反对和平解决新疆问题，力主继续进军，“乘势解放全疆”。在和平谈判期间，他甚至在伊宁召开大会，宣布将“东土耳其斯坦共和国临时政府”改为“正式政府”。对于吐烈这样的上层分裂主义分子，苏联当然不能容忍。在联合省政府成立前夕，苏联驻伊犁领事馆强行将吐烈等上层人士，秘密押解到苏联的阿拉木图，软禁起来。
苏联选中的、取代吐烈的人物是阿合买提江。阿合买提江是联共（布）党员，是苏联派到新疆来搞情报工作的。当“三区革命”开始时，32岁的阿合买提江的正式身份是“报纸编辑”，苏联将他安排为“临时政府办公室秘书”、“军事厅军事科科长”等职。迪化和平谈判期间，“临时政府”又将阿合买提江增补为“临时政府”委员，参加谈判，并俨然是三区方面的实际负责人。
1948年、1949年，中国的局势又发生了根本性的变化。
1949年，中国人民革命迅速取得全国性胜利。毛泽东宣布：未来的中国将“一边倒”，在冷战对抗的两极格局中，倒向以苏联为首的社会主义阵营。根据形势的变化，苏联也及时调整了对新疆的政策。
分裂活动必不能得逞。分裂主义分子必为国人所不齿，必被历史所唾弃。
