首先，我们来讨论下香港特别行政区自治权的来源。少数学者认为，自治权作为资本主义社会的本质，应是香港固有的权力，而我却更认同多数学者的观点，依据《基本法》第二条，香港的自治权来自中央授权。在这一程度上，就如清华大学副教授程洁所言，授予自治权就是中央行使主权，向香港下放权力的一种表现。香港的自治权在本质上无异于我国大陆自治地区的自治权。但基于香港特殊的历史背景、经济制度、文化差异，在授予香港自治权时，我们绝不能照搬我国其他自治地区，而是应在“一国两制”的指导下，结合香港具体情况，给予其适当的自治权。
正如邓小平所言，自治不能没有限度，既有限度就不能“完全”。“高度自治”除了要给予香港较大的自由，同时也应对其自由加以必要限制。下面我将从行政权、立法权、司法权和终审权这三个方面分别讨论我国对香港高度自治权的限制。
《基本法》第十六条确定了香港特别行政区自行处理其行政事务的权力。除防务、外交事务等少数由中央负责管理的方面外，《基本法》第五章、第六章、第七章详细列举了香港特别行政区政府在各方面的行政自治权。可以看到，相较于我国其他自治地区，香港在行政上享有更多的自治权，但这并不代表香港的行政权是没有限制的，中央主要通过控制香港特区的行政长官有效地限制着其行政权。行政长官是香港特别行政区的首长，领导着香港特区政府，根据《基本法》的相关规定，他不仅要对特别行政区负责，更要对中央人民政府负责，执行中央人民政府发出的相关指令。此外，香港行政长官和行政机关的其他主要官员在当地通过选举或协商的方式产生后，还要经由中央人民政府任命。
支持者认为全国人大常委通过的决定，符合《基本法》的相关规定。《基本法》附件一第七条规定了选举制度修改所需的程序，但却未规定由谁来决定其是否需要修改。为弥补立法的不足，全国人大常委于2004年作出解释，规定由其来决定选举制度是否有修改的需要。根据《基本法》第158条规定，《基本法》的解释权归全国人大常委所有，人大常委的这一行为只是运用其正当的解释权来规范和限制行政长官的普选制度。另外，香港作为中国的一个特别行政区，不享有主权，其所有的权力应来自中央授权。因此，中央对是否赋予香港实行普选的权力，赋予其多大程度的自治权有着毋庸置疑的决定权。
但也有许多反对者认为，中央意义上的普选并不是真正的普选。按现有规定，人民只能对由几百人组成的选举委员会选举产生的2至3名候选人进行投票，而这仅有的2至3名候选人又往往经过了中央的删选，行政长官的选举被中央操控，这严重违背了《基本法》的自治精神。他们还指出，全国人大常委作出的决定完全是出于自身的考量，而忽视了香港的真实需求，侵犯了港人的人权，如果中央人民政府坚持实施行政长官任命制，香港将无自治可言。
我认为，虽然中央对香港选举制度的修改和行政长官的任命有着极大程度的干预，这无疑限制了香港的自治权，但是中央的行为与《基本法》的规定和其他自治地区的具体实践是高度一致的，在此基础上我们无权指责其对香港自治权的限制，只能以和平请愿的方式来呼吁民主，期待中央能对自己的权力进行适当的约束。
一定程度的自主立法权是世界自治地区的共性，而香港特别行政区被授予的立法权则更为广泛。除了少数与防务、外交事务或其他不在自治范围内的事务有关的法律外，香港能自行制定本地区的相关法律。根据《基本法》第二十三条，香港甚至能对一些与国家主权密切相关的国家安全犯罪进行立法。但是这并不意味着香港有绝对的立法权，其立法权还是受到中央极大的限制的。
其中，中央对立法权最明显的限制即其制定的任何法律都不得与《基本法》相抵触。全国人大常委对香港特区立法机关制定的所有法律享有审查权，一旦发现其不符合《基本法》关于中央管理事务及中央和香港特别行政区的关系的条款，即可将有关法律发回，使之失效。有些学者认为这一规定合理，其将中央的否决权限制在与中央管理事务及中央和香港特区关系有关的条款范围内，合理约束了对立法权的限制。此外，中央只能发回法律，而不是直接修改，这充分尊重了香港的自治权。但值得注意的是，相关立法是否与中央管理事务及中央和香港特区关系有关的决定权在全国人大常委手中，因此，部分学者认为中央对其否决权的限制形同虚设，其可任意将与自身利益相关的法律归于其中，使之失效。 《基本法》第十八条规定，凡列于其附件三的法律，由香港特区在当地公布或立法实施，而全国人大常委对附件三中所列法律范围有修改的权力，这同样限制了香港的立法权。如在“国旗案”中，《中华人民共和国国旗法》和香港立法会出台的《国旗条例》就侮辱国旗行为的规定存在差异，而高级法院就依据此规定判决适用了列于附件三中的《国旗法》。虽然仅有少数全国性法律强制适用于香港，有学者认为既然中央对附件三有修改权，其可任意将与自身利益相关法律列入附件三而适用于香港，这是不合理的。其第四款还规定说全国人大常委可决定宣布香港进入战争或紧急状态，若此真的发生，中央可命令实施所有全国性法律，到时香港将无自治可言。
此外，立法会通过的法案，须经行政长官签署发布后方能生效，中央还可通过控制行政长官来间接限制立法权。我认为这些学者的担忧虽不无道理，但我坚信中央会在尊重香港高度自治的基础上对其立法权进行合理限制。
相较于行政权、立法权，中央授予了香港特区更大程度的司法权。除了少数与国家行为等有关的案件外，香港特区法院对特区内所有案件享有审判权，终审法院还享有最终决定权，即终审权。而中央对香港司法权的限制主要体现在其管辖权和解释权方面。
香港特别行政区法院保持了原有法律制度和原则对法院审判权所作的限制，对诸如国防、外交事务等国家行为是没有管辖权的。有些学者认为这充分尊重了香港的历史和现实，而也有人指出，在没有明确规定的情况下，我们很难判断某一具体行为是否属于国家行为。
《基本法》第158条将其解释权赋予全国人大常委，同时允许香港特区法院在审理案件时对其关于香港自治范围内的条款自行解释。此外，若法院在审理案件时需要对《基本法》关于中央人民政府管理的事务或中央和香港特区关系的条款进行解释，而该解释又影响到案件的判决，在对案件作出终局判决前，应请求全国人大常委作出解释。有些学者认为中央的解释须依请求作出，过于被动，而也有学者认为中央的解释权过大，其可对《基本法》包括自治范围的所有条款作出解释，而其解释的效力又高于法院的解释，无疑过度限制了香港的司法权。此外，如吴嘉玲诉入境事务处处长一案所显示的那样，虽然人大解释无溯及力，但依此解释所作出的判决将作为先例，影响此后所有案件的裁判，这无疑是对司法权的有一大限制。
“刚果案”作为香港回归后第一个有关国家行为的案件，在一定程度上厘清了上述争议，为今后司法实践指引了方向。在中国大陆看来，刚果共和国作为一个主权国家，享有“绝对豁免”，而香港，因继续适用普通法系，主张“限制豁免”，即刚果的民事行为非其国家行为，不得豁免。故此案的焦点为香港是否有权管辖主权豁免的争议案件和谁有权决定案件是否有关国家行为。虽有学者认为这事关法律而非政治，应有香港法院决定，但迫于律政司的压力，终审法院第一次请求全国人大常委进行解释。根据人大常委2011年的解释，对主权豁免适用规则的认定属于国家行为，因此香港法院无管辖权。这个案子虽饱受争议，有人指责这是将法律问题政治化，但我认为这是司法实践中一次极有意义的尝试，且具有先例的效力。
在香港特区法院是否对中央行为的合法性有司法审查权的问题上，有些学者支持香港特别行政区诉马维锟一案的判决，认为中央的行为属于国家主权行为，香港法院仅有权审查其是否存在而无权判断其是否合法。而另一些学者则主张吴嘉玲案的判决结果，认为法院作为违宪审查者，有权也有责宣布任何行为不合法，其中也当然包含中央的行为。我认为双方各有道理，难以评判对错，只能说有时司法解释也不失为一解决良方。
《基本法》第20条作为一兜底条款，规定香港特区可享有中央授予的其他权力，这引发了人们对“剩余权力”的激烈争议。首先，第20条本身存在矛盾，其既拒绝承认“剩余权力”的存在，又想要授予香港特区列举于《基本法》之外的其他权利。
大陆学者倾向于香港不存在“剩余权力”的主张。他们认为“剩余权力”只能存在于各州都享有主权的联邦制国家，而中国作为单一制国家，不适用该理论。香港的自治权只能来自中央授权，“剩余权力”因没有明确的界定，无法被授权。而香港的学者则认为香港享有“剩余权力”。在“一国两制”的政策下，香港实施资本主义制度，极可能解决一些中央未预料的事务，若有“剩余权力”，其可更灵活、及时解决问题，而且这类权力也不会威胁到主权或中央利益。
总之，虽然香港享有高度自治，但因其没有独立主权，对其自治权有必要进行适当的限制。虽然中央对香港自治权的限制还存在些许争议，但因其符合《基本法》的规定，我们只能期待中央合理约束自己的权力，实现民主法治。
