从九十年代初开始，我国对水库移民采取了“前期补偿补助，后期扶持”的政策，而不是采取按市场价格赔偿损失的方法，移民的补偿可以分为经济补偿和政策补偿两种类型。经济补偿是通过一定量的实物或资金给予补偿。
包括资金补偿（实物折价和迁移费）、经济资源补偿（如土地、果园、林地等）和农转非形式。经济补偿在《大中型水利工程征地补偿安置和移民条例》和《长江三峡工程建设移民条例》及相关法规政策中，既有定性规定也有定量规定。
政策性补偿是指通过国家有关政策而非实物或资金给予补偿。包括国家的产业政策、投资的倾斜和税收的减免等形式。
两者相比较而言，经济性补偿有利于短期内安置和稳定移民，政策性补偿有利于库区可持续发展；经济性补偿是移民的基础，政策性补偿是移民发展的根本保证；经济性补偿适合于计划经济体制，政策性补偿更适合于市场经济体制的需要。 移民经济补偿尽管在八十年代后期起有了较大的提高，但仍然距公平价值的要求相去甚远。
下面我们就以三峡工程为例作一番简要的分析。 ①移民总经费（含补偿费）偏低。
长江水利委员会以1994年的经济情况对三峡库区淹没区进行了测算，按“原规模、原标准、恢复原功能”补偿原则，算出并确定三峡移民总成本为四百亿元。从1993年全面实施移民工作以来，到1999年底止，累计投入三峡移民资金占投资计划（四百亿）总额的44.4%，实际完成移民二十二万人。
如按此移民成本计算，不考虑物价上涨、长江水利委员会测算遗漏等新增因素，要完成剩余的移民任务，移民资金缺口高达五百四十八亿元。而且随着时间的推移，移民的难度越大，新增费用也就越多，移民资金缺口将会越来越大。
移民成本低估是我国水库移民中的一个普遍现象，为了给决策者造成工程可行的假象，移民人数、淹没损失等都大大地低估了，而且也未考虑不可预见的成本因素，造成对移民和库区的不公平。 ②补偿标准低。
首先，征地安置补偿标准低，原《土地管理法》规定征地安置补偿标准为该耕地被征前三年平均年产值的二至三倍，最高不得超过十倍，如果不能保持安置农民原生活水平的，经批准可以增加，但不得超过二十倍。土地补偿费为前三年平均年产值的三至六倍。
依据原《土地管理法》制定的《大中型水利工程征地补偿安置和移民条例》确定征地补偿费为前三年平均年产值的三至四倍；安置补偿费和土地补偿费人均耕地一亩以下的不得超过八倍，人均半亩的不得超过十二倍，人均半亩以下的不得超过二十倍。这些都是按照《土地管理法》的最低标准规定的，显然低于其它非移民建设用地补偿标准。
1999年1月1日起施行的新的《土地管理法》将征用土地的补偿、安置补助费调整为：征地前三年平均年产值的六至十倍，比原《土地管理法》的标准提高三至六倍，最高不超过三十倍，这一规定使淹没和征地移民的土地征用补偿标准显得更低。据统计，移民用地补偿折算为每亩九千三百三十八元，而按新土地法规定每亩补偿三万一千元，每亩相差二万一千六百六十二元。
例如重庆市万州区新乡镇迁建用地四百五十八亩，依据原《土地管理法》规定的标准给统征村组补偿约为六百七十六万元，平均每亩一万四千七百七十八元，比长江水利委员会规定的标准超出二百七十二万元，超67.21%。一般乡镇迁建用地补偿都出现五十至八十万元的地价差口。
其次，实物补偿标准低，据调查，万州库区城镇移民住宅正房砖混结构补偿标准为每平方米二百四十六元，砖木结构为每平方米一百八十六元，土木结构为每平方米一百三十一元，偏房的补偿标准更低，而且区各城镇移民统建房造价普遍在每平方米四百元以上。移民要搬进与原宅同样面积的统筹建房，一般情况下需支付数千、数万元的补差费用，多数移民表示实在无力承受。
补偿资金偏低的原因有以下几个方面：一是《长江三峡工程建设移民条例》及相关法规政策规定的移民补偿和安置费标准，实行“双包干”原则，规定三峡移民补偿概算投资为四百亿，今后只考虑物价因素和政策因素调整。淹没补偿资金只限于“原规模、原标准、恢复原功能”，这样就使得对淹没实物补偿资金只能是一个相对固定较小的数额；二是国家在三峡水库移民中吸取了过去水库移民的教训，改赔偿为前期补偿补助与后期扶持相结合，实行开发性移民方针，这一政策的调整，也表明了补偿存在一个差额；三是长江水利委员会在核查淹没实物指标时存在成本低估的倾向，这使得包干经费成为低成本的包干经费。
③对不同身份和不同地域的移民补偿标准不同。对不同身份的移民补偿标准不同。
如在房屋结构的补偿上，农村移民所得的补偿与城镇居民所得的补偿也有很大的差异。按长江水利委员会制定的标准，在云阳县，同样是正房的砖木结构，城镇居民每平方米一百八十九元，集镇居民是一百七十九元，而农村居民只有一百三十四元。
特别是混居城集镇的农村移民，同住一条街，同是移民，补偿标准差距过大，就会造成农村移民心理的不平衡。甚至移民的户籍变化也会导致不同的补偿标准。
长江水利委员会在核查淹没实物之后，万州区进行了撤地设市和撤市设区的建制调整，部分农村移民成建制就地转为城镇居民。原天城近郊的沙河村一组和二组，在建制调整时归属沙河居委会，原来四百六十名农村移民全部就地转为城镇移民。
这种情况在万州淹没区城郊结合部或新建制镇（街道办事处）都不同程度地存在。由于建制调整和移民工作同属政府行为，因此农村移民在失去土地并取得身份以后强烈要求与城镇移民同等的搬迁补偿政策。
此外，还有部分“城市”移民变成了“城镇”移民，补偿身份由“城市级”降为“县城级”就降低了原本应享受的补偿标准。 对不同的地域的移民的补偿标准不同。
云阳县高阳镇的农村移民自从1997年以来就开始不断地集体上访，状告地方政府克扣移民资金，因为该镇的农村移民只能得到一万多元的搬迁费，而湖北和重庆其他地方的农村移民得到的搬迁费要高得多。其实，各县区存在的移民补偿额的差别并不是由于地方政府克扣引起的，而是由各地业已确定的移民资金包干额引起的。
且不说在土地等级质量上与重庆库区有较大差异的湖北库区，单以土地淹没比较多而土地等级质量比较接近的重庆库区五个县为例，按照长江水利委员会1994年的规划：在农村移民的人均生产安置费上，奉节县为九千四百五十八元，忠县为七千六百一十一元，开县为七千三百零六元，巫山县为七千一百九十七元，云阳县为六千七百七十三元。最高与最低差距为二千六百八十五元。
这是由于补偿不是按照淹没人口数而是按照淹没土地数来确定的。而土地等级高的湖北库区人均生产安置费又比土地等级低的重庆库区高出许多。
云阳县是上述五个县中淹没土地最多，规划生产安置的农村移民最多，而人均得到的补偿反而最低，比五个县平均生产安置费低七百九十七元。 ④三峡移民法律法规关于补偿方面疏漏很多。
如对商贸企业的搬迁补偿在法律和政策上都存在疏漏。一是补偿不符合实际，商贸企业粮油仓库、百货糖酒仓库、医药仓库等均属特种仓库，其造价比一般民房高二至三倍，但移民补偿仍按一般民房普通标准执行。
二是许多淹没实物指标未纳入补偿范围。这种情况的产生存在主观方面的原因，当初有关部门及地方存在尽快上三峡工程的意愿，担心实物指标过大会动摇高层决策的信心，因此没有很好地坚持实事求是的原则，有主观期望低基数的倾向，这种倾向在一定程度上导致了许多淹没实物指标未纳入补偿范围。
当然，这种情况的出现也与许多地方不重视、没有对淹没实物指标进行认真核查有关。三是部分商贸企业级差地租永久消失，商业区位优势形成的级差地租是几十年几百年积攒的无形资产，也将随着淹没搬迁而永久消失。
长江水利委员会在库调时未将这些无形的商业价值损失纳入统计范围。居民的商业门面也存在相同的问题，有的商业门面位居商贸繁华地段，具有较高的商业价值，这一部分损失得不到补偿。
在政策性补偿方面，一是为支持三峡工程建设和帮助库区发展，国家对三峡库区给予了一定的政策倾斜，主要体现在对口支援、投资项目安排和建立三峡经济开放区等方面。1992年国务院要求各部门和各省、自治区、直辖市采取多种形式，从教育、科技、人才、管理、信息、资金物资等方面对口支援三峡库区。
对口支援政策执行十年来，已取得了一定成绩。同时国家还规定：国务院和湖北、重庆在安排建设项目，分配支农、扶贫、水土保持等资金和交通、文化、教育、卫生、公共安全、环境保护等经费时，应当对三峡库区优先照顾；国家还把三峡库区划为经济开放区，实行类似沿海经济开放区和沿江开放城市的优惠政策。
这些政策倾斜给三峡库区创造了前所未有的政策大环境和良好的发展机遇，对库区社会和经济发展当然是很有利的。但是国家对三峡库区给予的政策倾斜力度不够，所产生的实际效果非常有限。
同时库区经济基础薄弱、交通通讯不便、技术管理落后、人员素质较低，这些不利条件将使库区的吸引力大为减弱，享有类似优惠条件甚至没有优惠条件的地方凭借其他优势可能对外来资金具有更大的吸引力。在市场经济条件下，经济主体不可能不考虑自身的经济利益，他们按照比较利益原则进行各种经济活动，因而企业行为可能会与国家政策取向发生矛盾；即使是政府部门，在选择项目的投向时也会把经济利益的考虑放在最重要的位置上，而在这些方面库区的竞争力较弱，争取投资的能力不强。
总的来说，在市场经济条件下，这些政策倾斜只是一种不确定的利益转移方式，不一定能够补偿库区的利益损失。二是发电效益分配政策。
三峡工程发电效益分配是通过两种渠道进行的，一种是直接的电能分配，三峡电站建成后，将给华中、华东和重庆供电，根据三峡工程论证材料，电能分配比例大约是53.8%、38.5%、7.7%，即绝大部分提供给华中和华东地区，库区只能得到一小部分。
