如何在新《公司法》中妥善处理单层制与双层制公司治理结构之间的关系，尤其是独立董事制度与监事会制度之间的关系，值得研究。
独立董事制度最早发端于美国。但美国与英国公司法均确立单层制的公司治理结构。
换言之，公司机关中仅有股东大会和董事会，无监事会之设。独立董事实际上行使了双层制中监事会的职能。而在德国、荷兰等国公司法确定的双层制下，公司由董事会负责经营管理，但要接受监事会的监督，董事也由监事会任命。双层制与单层制的共同点在于，实现经营职能与监督职能的分开。如果说单层制在董事会内部实行了独立董事监督职能与内部董事经营的分开，双层制则在董事会外部另设上位机构行使监督之责。
我国《公司法》确定了股东大会、董事会、监事会和经理构成的公司治理结构。看似双层制，实与双层制不同。原因在于，监事会与董事会均为平行的公司机关，同时对股东大会负责；监事会既不握有重大决策权，也无董事任免权。当然，监事会还是被赋予了法定的监督之责。由于在制定《公司法》时，立法者没有把独立董事制度考虑进去，也就不会为独立董事预留法定监督权限。如此以来，在上市公司推行独立董事时，似乎存在独立董事与监事会权限的碰撞。
在未来新《公司法》当中如何处理独立董事制度与监事会制度的关系，值得研究。对此，主要存在四个备选答案：
（1）引进单层制及其配套的独立董事制度，废除现行公司治理结构模式和监事会制度；
（2）进一步改良监事会制度，排除单层制和独立董事制度；
（3）独立董事制度与监事会制度并存。此即我国当前上市公司治理机构的现状。
（4）授权公司在其章程中选择单层制或者双层制。如果选择前者，公司不设监事会，但须全面移植英美法系的董事会制度和独立董事制度，彻底改造我国公司法框架下的董事会制度；如果选择后者，须全面移植德国的董事会制度和监事会制度，尤其要彻底改造我国公司法框架下的董事会制度和监事会制度，监事会应为董事会的上位机关。
我国新《公司法》应授权公司在其章程中自由选择单层制或者双层制。选择单层制的公司经过一段时间的磨合，既可继续坚持单层制，也可更弦易辙，改采双层制；反之亦然。因为，唯有公司自己，而非立法者，才最清楚哪一公司治理结构模式适合本公司的实际情况。实际上，单层制与双层制都诞生于市场经济国家，都有其独特的法律、历史、经济、文化和社会背景，很难简单地认定孰优孰劣。立法者的天职是给公司及其股东提供更多可资选择的法律路径选择，而非堵塞和限制公司及其股东的自治。而且，经过中国证监会和上市公司的惨淡经营，独立董事制度已经开始浮出水面，并且得到了广大投资者和经营者的感情和理性上的认同。全面抛弃独立董事制度，与全面抛弃监事会制度都不应当是立法者的明智选择。
从授权公司选择制的思路出发，我国立法者除了建立健全单层制中的独立董事制度外，也要完善双层制中的监事会制度。中国证监会之所以不遗余力地在上市公司和基金管理公司中推行独立董事，实乃由于目前上市公司和基金管理公司的监事会监督乏力所致。如果监事会在实践中能够切实有效地行使其法定职责，确实没有必要设立独立董事。为弥补现行立法及实务中监事会制度的瑕疵，应参照德国的双层制模式，将监事会确定为董事会的上位机关，监事会有权任免董事会的成员；要改进监事会的监督手段，扩充监督职权，规定董事会有义务定期向监事会报告工作；还要引进外部监事。
在《公司法》修改之前，至少在上市公司与基金管理公司存在着独立董事与监事会并存的现象。如何确保二者间的各司其职与通力合作，避免二者不必要的权力斗争，是确保公司效率和股东利益的重要问题。我认为，监事会与独立董事均为公司机关或其成员，不应存在凌驾于公司和股东利益之上的特别利益，均对公司和全体股东利益负责，两者在公司治理结构中不应存在本质性利害冲突。但美国公司中独立董事的职权是在没有监事会的制度环境下设计出来的，而我国公司已经存在着监事会，这就决定了我国独立董事的出现不能也不应取代监事会，更不可能享有美国独立董事所享有的那么多权限。
应当承认，独立董事与监事会在职权范围上既存在交叉与重叠，也存在不少差异。例如，独立董事的监督对象包括公司内部人（包括董事和经理层）和控制股东，而监事会监督对象包括独立董事在内的全体董事（含董事长）、董事会秘书、经理、财务总监等高管人员。原则说来，法律和行政规章明确赋予一方的职权只能归属该方，对方不得行使；独立董事根据中国证监会行政规章、监事会根据《公司法》享有相同职权的，应以《公司法》规定为准。具体说来，各类公司（含上市公司）的监事会仍应当依法围绕公司经营的合法性、妥当性对董事（含独立董事）和经理行使《公司法》规定的监督职责。独立董事的主要权限应当限定于《公司法》载明的董事会职权中的关键部分，如向董事会提议聘用或解聘会计师事务所；向董事会提请召开临时股东大会，提议召开董事会；聘请独立财务顾问，从而对董事会提交股东大会讨论的事项出具独立财务顾问报告。因此，只要独立董事在《公司法》规定的董事会权限范围内运作，不侵占监事会的权限范围，就不会存在独立董事与监事会发生职权撞车的问题。倘若独立董事与监事会监督意见相左，均应向股东大会据实披露，由股东大会最后定夺；小股东倘若认为股东大会决议存在瑕疵，可向法院提起股东大会决议撤销之诉或无效确认之诉。
要从根本上避免独立董事与监事会制度叠床架屋，避免控制股东或者管理层为了争权夺力、制造独立董事与监事会之间的权力斗争，减少监督资源的不必要浪费（如独立董事与监事的薪酬、重复聘请中介机构的费用），应从制度上革除当前独立董事与监事会并存的格局，授权公司自由选择独立董事制度或监事会制度。据了解，我国在香港上市的一些蓝筹股公司只有独立董事，而无监事会制度，大部分效果不错。
