一、司法与行政关系的演变历程与现实困境
从历史发展的角度来看，在我国特有的政治生态环境下，司法与行政关系的发展与变革具有一定的历史依赖性和现实观照性。
(一)司法与行政关系的演变历程
新中国成立至今，伴随着我国政治体制和经济体制改革，司法与行政的关系大致经历了以下三个阶段：一是从1949 年到1956 年，司法与行政高度合一，各级人民法院与人民检察署皆为同级人民政府的重要组成部分，司法机关与人民政府之间为行政隶属关系。二是从1956 年开始，五四宪法下新型司法体制的改革开启了司法与行政之间有限度分立的历史，各级人民法院与各级人民政府都要向同级人民代表大会负责并报告工作，人民检察院则实行垂直领导体制。不过，伴随着高度集中的政治经济体制的强化以及法律虚无主义思潮的蔓延，这种分立趋势逐渐被打断，进而演化成司法权力基本上让渡于行政权力的无序状态。三是从1978 年至今，伴随着八二宪法的出台及其四次修订，以及随后的人民法院和人民检察院的改革纲要的颁布与实施，至少在宪法层面抑或在理论层面，司法与行政逐渐形成并行之势。
具体表现为：人民法院、人民检察院在组织机构方面获得整体的独立地位，两者向人民代表大会及其常务委员会负责并报告工作;公安机关的运作模式也日趋规范，侦查中心主义模式得到一定程度的纠正;司法行政机关的职能日渐清晰化，其对人民法院、人民检察院的人事管理职能逐渐被剥离，凸显出了司法一定程度上的去行政化趋势。综上，司法与行政间关系的改革经历了从高度合一到有限分立再到有限度的并行分立的历史过程，权力分立和制衡这一现代意义上的政治法律思想也一直贯穿其中，在很大程度上推动了我国民主政治的发展和法治文明的进步。
(二)司法与行政关系面临的现实困境
新中国成立至今，尽管我们秉承了权力分立和制衡这一现代意义上的政治法律思想，实现了司法与行政的有限分离和制衡，但是伴随着我国经济社会的发展，司法与行政之间的关系又面临新的现实困境：
1.行政权力日渐凸显。伴随着生产力的发展和社会分工的日益细密，日益分化的社会各阶层人员在同一地域和不同地域间的流动性日趋频繁，这势必强化了行政机关在诸如就业、社会保障、治安、户籍等方面的社会管理权力，同时，在我国的政治环境下，市场经济的深入发展还凸显着行政机关在监督、执法等方面的经济管理权力，基于此，行政机关的权力日渐凸显，而且在我国当代法律制度和规则意识尚未完善的特殊政治生态下，国家对社会经济发展的控制方式的法律性因素比较薄弱，以至于这种权力存在着超越司法而独占鳌头的危险。
2.司法公信力受到质疑。伴随着利益阶层的分化、文化观念的多元化以及民众权利意识的增强，由此带来的便是社会矛盾的日渐凸显甚至激化，所以，许多正常的社会里原本应该由群体内部自行解决的矛盾和纠纷因无人处理都被推给了国家，而在法治的背景下这些矛盾和冲突直接或间接地交给了法院，造成诉讼量急速膨胀。但是，在行政权力过分凸显的体制环境下，司法活动的产出效果并不足以满足社会个体或组织尤其是在权力、身份和地位上处于弱势地位的个体的司法需求，而且，个别司法机关甚至会出现偏袒强势群体的不良现象，鉴于此，司法公信力不高，造成了司法受制于行政的法律文化假象。随着行政权力的日渐凸显及司法公信力受到质疑，司法与行政之间的关系再次陷入了失衡状态，而且这种失衡状态又因权力腐败现象的加剧而日趋恶化，进而有可能引发一系列的社会公正危机。
二、司法与行政间的逻辑关系
司法与行政失衡状态的加剧引发了学术界和实务界对司法与行政关系改革这一话题的探讨。司法去行政化的呼声也越来越高。笔者认为，面临司法与行政之间实然层面的失衡状态，必须要在我国的政治生态环境下对司法与行政之间应然层面或者法律层面的逻辑关系作一详细解读，唯有如此，才能彻底理顺司法与行政间复杂但却合乎我国政治逻辑和社会逻辑的关系，为规范两者关系提供理论指导。以司法系统为参照物，司法与行政之间应然层面或者法律层面的逻辑关系主要包括两个层面的关系：一是外部视角下，司法系统与行政系统之间的逻辑关系;二是内部视角下，在司法系统内部，司法业务与行政业务之间的逻辑关系。
(一)外部视角下的司法与行政间的逻辑关系
外部视角下的司法与行政间的逻辑关系主要分为两大类：政治逻辑关系和法律逻辑关系。1.政治逻辑关系。政治逻辑关系主要表现为以下四个方面：第一，司法权力与行政权力对党性和人民性意识形态的依归。列宁指出，国家是阶级矛盾不可调和的产物，公共权力在每一个国家都存在，构成这种权力的，不仅有武装的人，而且还有物质的附属物，如监狱和各种强制机关，常备军和警察是国家政权的主要强力工具。列宁的政治国家理论赋予了包括司法机关、行政机关在内的一切国家机关所具有的阶级性。基于此，在我国，司法机关和行政机关都是中国共产党领导下的人民民主专政政权的重要组成部分，既要服从中国共产党的领导，又要为巩固人民民主专政的国家政权而服务。
两者共同的意识形态基础就是人民性和党性。这种意识形态依归，是司法与行政之间最根本的、带有阶级性的政治逻辑关系。第二，司法权力与行政权力宪法地位的平等性。我国是人民民主专政的社会主义国家，一切权力来源于人民，而人民代表大会则是代表人民行使权力的最高权力机关。根据《宪法》规定，人民法院、人民检察院这两个司法机关与行政机关是在人民代表大会这一权力机关产生下的平行机关，两者在宪法地位上是完全平等的，两者都对它们所产生的权力机关(人民代表大会及其常务委员会)负责并汇报工作。第三，司法权力与行政权力运行的分立。宪法地位的平等性使得司法系统(主要指人民法院与人民检察院)和行政系统在权力运行方面都有着各自独立的权力约束领域、职权、组织、运行原则。对于司法系统而言，它承担的是国家的审判和检察职能，以事实为依据和以法律为准绳是它组织和运行的主要准则，它对社会主体的政治约束力是隐性的，即通过公正、公开、公平的司法过程和效果间接地履行国家对公民社会产生的社会管理约束力。对于行政系统而言，履行政府职能是政府一切活动的逻辑与现实起点，它对社会主体的约束力是显性的，它所从事的一切活动都必须直接地彰显国家对公民社会产生的社会管理与服务的约束力。第四，司法权力与行政权力之间的制衡关系。权力之间的制衡关系虽并非权力设置的根本目的，但却是保证权力正当使用的重要工具，司法权力和行政权力的设置也是如此。司法与行政之间的政治逻辑关系同样暗含着权力之间制衡性特质，集中体现在司法权力与行政权力的组织机构设置和权力分配方面。就司法系统而言，有两个机构较为特殊：一是公安机关，它既是司法机关，又是行政机关;二是司法行政机关，从职权上看，它的设立无疑是对享有独立审判权和检察权的人民法院与人民检察院这两大司法机关的行政制约。对于行政系统而言，司法权力对其最为直接的制约主要是人民法院对行政诉讼案件的裁判权和人民检察院反贪污贿赂的侦查起诉权。与此同时，宪法还赋予了人民法院和人民检察院独立的审判权与检察权，不受任何团体、个人和组织(包括行政机关)的干预。
三、当代司法与行政关系改革之启示
从应然层面抑或法律层面来看，在我国现行政治体制下，司法与行政客观上存在着外部视角和内部视角下的逻辑关系。这一逻辑关系具有很强的历史和现实的依赖性。在这一理论视角下，反观我国当下司法与行政关系的改革，给予了我们许多启示。
(一)司法去行政化的有限性
目前，虽然司法与行政关系面临着与以往不同的现实困境如行政权力的日渐凸显与司法公信力的下降，但是，这种困境并非意味着司法要完全去行政化。原因在于：从外部视角下司法与行政的政治和法律逻辑关系来看，司法与行政分别代表着政治国家行使司法权力和政治权力，两者在宪法地位上是平等关系，所以，在政治和法律框架下，两者必定面临权力的相互合作与制衡，那么，让司法完全脱离行政权力的制约或者合作，无论是在政治层面还是法律层面，皆不可能。从内部视角下司法与行政的逻辑关系来看，即便行政业务带有后勤管理的意味，但是让司法业务完全脱离行政业务也存在着现实的不可能，一方面，为了实现司法职能和司法价值，司法业务需要行政业务的辅助，这是分工合作的表现;另一方面，行政业务所涉及的人事管理、财务管理等都彰显着司法权力运行过程管理的规范化和有序化，这为司法业务的正常运行保驾护航，所以在司法系统内部，司法也不可能完全去行政化。
面对司法与行政之间关系的现实困境，我们必须要在尊重司法与行政之间内部和外部的逻辑关系的前提下，寻找规范两者之间关系的出路。第一，以司法与行政之间政治逻辑和法律逻辑关系为理论导向，实现司法与行政之间法律意义上的平行关系抑或平等关系的回归。第二，以内部视角下的司法与行政关系为理论导向，实现司法业务与行政业务的分离。
(二)明确司法独立与我国政治体制之间的依存关系
提高司法公信力，避免行政权力过于凸显，要求必须完善司法独立制度，不仅要强化人民法院、人民检察院独立的司法权力，而且还要保证检察官和法官的职业独立。无论是从权力制衡的角度，还是从司法持中裁判的地位观察，司法独立都是必要的。笔者认为，司法独立制度的建立必须要依附于我国的政治体制。这是因为，法律实际是，也应该是根据政体来制定的，当然不能叫政体来适应法律，法律作为政治权力意志和政治权利的规范化，与政治相比尽管具有从属的地位，但它一经创制，就成为政治活动的依归。基于此，政治国家法律机构的设置必须要依归于本国的政体，与本国的政体相适应，因而我国司法机构的职权设置也必须要依附于我国的政治体制。此外，按照权力制衡理念，司法独立并非绝对的，而是相对的，因为绝对的权力必然导致腐败，行政权力如此，司法权力也是如此。
(三)正确处理行政、司法与党的领导的关系
党政分开是我国政治体制改革的前提与指导思想。但在司法与行政关系所面临的现实困境中，行政权力过于凸显的一个重要原因恰恰在于个别地方政府党政混为一谈的乱象，而这种乱象又造成了司法机关政治地位的下降，权力失衡与腐败现象随之而来。基于此，在实现司法与行政关系规范化的过程中，还必须兼顾两者与党的领导的关系：一是继续坚持党政分开的治党与治国理念，避免凸显的行政权力对司法权力的影响。二是党政分开，并不意味着执政党对行政和司法领导的弱化，反之，必须要强化执政党的政治、思想与组织领导。三是要正确处理司法独立与党的领导之间的关系，中国共产党在中国特色社会主义各项事业中的领导地位具有高度的政治合法性和历史合法性，在坚持党要管党、党自身活动要服从党内纪律和国家法纪的前提下，司法独立既要依附于我国的政治体制，也要服从执政党的政治、思想和组织领导。
