监视居住制度存有滥用、变相羁押等问题，这些弊端在新刑诉法实施后虽有改观，但仍未得到实质解决。
2016年3月19日，北京市尚权律师事务所（下称尚权所）发布了《新刑诉法实施调研项目数据报告（2015）》（下称《数据报告》），并就刑诉法实施三周年邀请相关专家、学者以及公检法律等业内人士进行了研讨。
2013年1月1日，新《刑事诉讼法》正式实施，距今已逾三年。
实施当月中旬，尚权所即启动了为期三年的“新刑事诉讼法的实施与完善”调研项目，并定期形成报告呈递国家相关职能部门。
该调研项目以纸质问卷和电子平台填答的形式访问了全国574名律师，《数据报告》基于其中557条有效数据，由北京市尚权律师事务所和国内著名高校法学院的16位青年法学者共同完成。
《数据报告》其中一项数据显示，超过60%的被访者认为，侦查程序中监视居住的法律实施存在适用条件方面的问题，即侦查机关使用随意，裁量权太大;执行监视居住的手段或方法有不合理之处，变相拘羁押审讯嫌疑人的情况也较多，占比52.7%;表示不存在问题的比重仅为3%。
另一项数据显示，超过七成的律师表示没有办理过当事人处于侦查机关监视居住期间的案件，另有近三成律师承办过此类案件，有5%的律师表示会见过程中有侦查人员在场或监听。
监视居住是指法院、检察院、公安机关在刑事诉讼中限令犯罪嫌疑人、被告人在规定的期限内不得离开住处或者指定的居所，并对其行为加以监视、限制其人身自由的一种强制措施。
鉴于监视居住制度出现的种种问题，存废争论已久。
有学者认为，只要严格执行法律规定，加大执法资源的投入，强化检查监督制约机制，完善被监视居住的权利救济机制以及提升办案人的素养，可以对此制度予以改进，进而更多地适用，以实现代替羁押措施的立法目的;反对者则认为该制度变相羁押现象严重，相关救济措施缺失，与国际法通例不符等。
改良与问题
2016年3月13日，在全国“两会”上，最高检察院检察长曹建明在最高检察院工作报告中提出，“有的不严格执行或规避指定居所监视居住”，并称这是检察机关工作中存在的突出问题之一。
不仅如此，曹建明在十八届四中全会之后的多次会议上，提到了监视居住问题，指出要依法慎用、防止滥用指定居所监视居住，不能违法适用指定居所监视居住。
早前的2015年8月，最高检察院出台职务犯罪侦查工作“八项禁令”，其中一项就是“严禁违法适用指定居所监视居住措施”。
在研讨会上，最高检察院侦查监督厅立案监督处副处长李薇薇也介绍，指定监视居住决定书面意见显示，检察机关去年纠正了180多件次，具体到执行层面可能有300多件次。
李薇薇还介绍，无论是调研还是实践，均发现指定监视居住存在很多问题，比如扩大适用，有些地方利用指定管辖方式把案件指定到下一级检察机关，这样案件就不用报上一级检察机关审核。另外，也存在人为扩大解释的问题，“这些问题目前都有一系列的措施进行规范、监督”。
在2012年新刑诉法“强制措施”一章中，对于监视居住制度的修改幅度颇大，分别新增第72条、73条、74条、76条，关于监视居住的适用条件、适用程序、折抵刑期、适用方式，共4个条文;及修改第75条关于被监视居住人的法定义务等。
这些规定在很大程度上回应了学界改良而非彻底废除的主张，在可操作性等方面有了若干进步。如明确将监视居住定位为逮捕的替代性措施、更加强化了对被监视人的监控力度和措施、明确折抵刑期等。
例如，按照1996年《刑事诉讼法》第51条规定的预期刑罚标准及社会危险性标准，取保候审与监视居住制度适用的范围是完全一致的，但两者只能择其一使用，并且均由公安机关执行。2012年《刑事诉讼法》第72条单独规定监视居住制度，并且明确其定位，“法院、检察院和公安机关对符合逮捕条件，有下列情形之一的犯罪嫌疑人、被告人，可以监视居住”。也就是说，立法明确了其“非羁押性强制措施”之定位。
即使有其他配套的法律法规为监视居住保驾护航，但相应的不足之处也在凸显，如适用数量少，起不到立法试图部分替代羁押措施的作用;监视居住的适用，从手段到方法，侦查机关自由裁量权大;从强制措施可能异化为取证手段;兴建专门“指定监居”大厦，成为变相羁押地点等。
在西南政法大学副校长、教授孙长永等人的《新刑诉法实施情况调研报告（2015）》中亦有介绍称，各地对于监视居住措施的适用，思路上存在一定差异。有的地方特别谨慎，强调“少用、慎用、短用”，特别是对指定居所监视居住，适用极少。
如某市检察院反映，新刑诉法实施至今，全市仅有10件左右案件适用过指定居所监视居住。辖区一半多的检察院没用过一件指定居所监视居住。但在有的地方，监视居住适用率整体上呈上升趋势。
如在某区检察院，反贪部门2013年共查办案件20件24人，无适用监视居住案件;2014年查办案件18件18人，适用监视居住6件6人，其中适用指定居所监视居住4件4人;2015年上半年查办案件9件9人，适用监视居住2人。采取监视居住措施的情况每年之间存在正常的波动，主要是受具体案件类型和案情的影响。
上述调研报告还写道，就自由裁量权过大的问题，受访地区省、市检察机关一般都针对指定居所监视居住制定有专门的规范性文件，规定了严格的程序限制。如某地检察院要求，基层检察院适用指定居所监视居住，须经检察长批准后，报请市院侦查部门批准。指定居所监视居住的期限为七天。期限届满时可以申请延长，但最多可申请延长三次。
这一点从2014年《尚权刑事诉讼法实施报告》的相关描述也可看出。该报告称，“指定监视居住”权变异的情况值得警觉。 这也是众多辩护律师较为集中的呼声。一位受访律师说，指定监视居住条件，法条规定“在本地无固定住宅处的可指定监视居住”，对重庆一个直辖市而言，本地的范围所指过窄，如在A区有住处而相邻B区无住处，则B区就可以成为监视居住的指定居所。指定监视居住滥用需遏制，尤其对于自侦案件而言。
尚权所的调查问卷中，427人认为，侦查机关在把握监视居住的适用条件方面，指定居所监视居住适用比例高，存在滥用的嫌疑。而对指定监视居住场所来说，公安司法机关的选择随意性较大。
刑诉法第73条规定，指定居所监视居住不得在羁押场所、专门的办案场所执行。《公安机关办理刑事案件程序规定》进一步明确了“指定的居所应当具备正常的生活、休息条件，便于监视、管理，保证安全”。但此种排除式的立法表达方式，体现的是对指定场所的模糊限定。执行场所的位置、设施与生活保障并没有设立具体要求，这是司法实践中指定场所发生随意性的主要原因。
在指定居所监视居住的执行场所问题上，各地做法不一。按照孙长永等的调研结果，某地曾耗资2500余万元建起一个占地16亩、总建筑面积6300平方米的检察办案中心（侦查指挥中心）。2005年该中心正式运行，市检察院、七个城区以及两个县级市检察院开始在该中心集中办理职务犯罪案件。该中心除设有配备同录设备或远程交互系统的8个审讯室、16个询问室外，还建有住宿场所，供指定居所监视居住使用。
去留
立法的疏失会导致实践中的种种光怪陆离，这也是学界和业界经常担心的，“立法留下一道缝，结果往往是打开了一扇门”。
作为2012年《刑事诉讼法》立法修改重大亮点的“羁押变更审查”原则，本意是落实律师代刑事被追诉方申请变更强制措施权利，进而保证其免受不正当羁押。但在现实中，律师及家人均因犯罪嫌疑人被采取指定居所监视居住强制措施，而遍寻下落不得，迫不得已只好逆向使用申请“向上”变更强制措施的权利，以期获得更多案件信息。这也导致了废止监视居住制度的声音出现。
由于被监视居住人并不收押于看守所，这导致其缺乏最后一道可能的安全保障。也就是说，如果这种“变相羁押”缺乏基本监管甚至失控，对于犯罪嫌疑人、被告人的人身、精神伤害可能比正常羁押更甚。
因此，《刑事诉讼法》于1996年、2012年两次修改过程中，围绕着监视居住制度的存废有很多讨论。司法实践中念于高风险、高成本的特点，也曾经一度几近停止使用。监视居住的这些弊端，在新刑诉法实施后，有所改观，仍未得到实质解决。
参与研讨会的北京交通大学法学院副教授郭烁在《作为“超羁押手段”的监视居住制度应当终结》文中写道，2015年10月进行的一次实际访谈中，他曾经询问过一位地市检察院的一线办案人员，问题是新刑诉法施行之后，对于适用监视居住措施的情况有何种变化，其潜台词是讲，新法更加强调人权保障，那么之前的一些旧的做法是否仍在进行。令他惊讶的是，该办案人员说，“办法总比困难多”。
郭烁认为，在中国现有刑事强制措施体系中，监视居住措施的强制力强于取保候审而弱于拘留、逮捕。对于监视居住制度，刑诉法及相关司法解释、部门规章等对于适用条件、决定机关、执行程序等作出了一系列规定。“这些规定都是相对原则，可操作性不强，导致了实践中监视居住措施适用率低下，以及适用混乱，甚至错误适用等问题。”
