一、正确认识财政支农资金绩效审计的 理论 基础
财政支农资金绩效审计的理论基础主要是委托代理理论。当财产所有者不直接经营自己的财产，而是赋予代理人在满足特定利益的前提下决定财产运营的权利时，就形成了委托代理关系。
在“委托——代理”理论下，因委托人不能直接观测到代理人采取的行动，只能获取代理人提供的不完全信息。作为有限理性的代理人并非总是按照委托人的利益来选择自己的行动。
他更倾向于利用自身优势为自己谋“福利”。因此代理人的目标与委托人的目标经常不一致。
委托人有必要建立监督制度来降低代理成本，实现其效用最大化。我国财政支农资金在管理和使用过程中存在多层次的委托代理关系。
首先，从纳税人与政府的关系来看，财政支农资金归全体纳税人所有，纳税人实际上将自己的资金以税款方式提供给政府，委托中央政府和地方各级政府进行管理，作为 经济 人的纳税人存在着将委托代理成本降到最低的倾向，希望获得政府使用和管理资金的效率和效果等方面的信息，虽然可以通过对政府支农资金的支出行为进行群体监督而达到目的，但是现实中监督成本过高，需要依靠审计机关，以实现其监督目的。其次，政府在进行财政支农资金支出时并不直接对资金进行管理，而是又将资金委托给各级财政部门和农业主管部门，在进行管理和分配后才能将资金落实到使用单位和使用项目。
各级财政部门和农业主管部门实际上也是有限理性“经济人”，难免会利用所处垄断地位追求自身利益的最大化。由于信息的不对称，政府所获知的真实公允信息相对要少的多，为了有效避免各级财政部门和农业主管部门决策失误，使财政支农资金达到预期绩效，也需要审计机关进行绩效审计。
二、精心选择财政支农资金绩效审计项目
绩效审计工作成败与否，项目选择是关键。 目前 ，绩效审计在我国还处于起步阶段，由于财政支农项目较复杂且难度较大，审计人员几乎不可能也难以对全部支农资金进行绩效审计，即使是在开展绩效审计条件比较成熟的英、美等西方国家，也没有哪一个绩效审计项目是全面的绩效审计。
因此，开展绩效审计，只有也只能选择支农资金中的某一款或某一项进行。选择立项的前期准确工作充分与否，对绩效审计实践的成败具有决定性的作用和重要的 影响 。
具体选择立项时应按照“重要性、增值性、风险性、 社会 性”的基本原则，主要选择财政支农力度大，涉及农民切身利益，在农业经济 发展 中占重要地位的项目；重点选择支农资金运作相对比较规范，具有较大的节约资源或改进服务质量空间和潜力的项目；尽量选择可能隐含着潜在重大社会风险或环境风险的项目；还要考虑选择广泛受到公众关注或容易引起社会或 政治 争论的项目等等。审计机关首先应建立审计项目选择的日常工作机制，通过广泛的调查 研究 ，对辖区内的财政支农资金项目建立动态的信息资料库，根据每次审计的具体要求，从资料库中确定备选项目。
其次，应围绕备选项目，对被审单位的方针、政策、目标、主要资源以及开展绩效审计的风险进行充分了解。再次，在广泛征求相关单位包括专家咨询机构意见的基础上，按照选择项目时应考虑的四项原则对备选项目进行综合打分，排出最优。
最后，通过进行成本效益可行性 分析 后，将项目提交审计机关行政首长会议审定，正式立项。
三、构建与财政支农资金绩效审计有关的 法律 法规
“工欲善其事，必先利其器”。为促进财政支农资金绩效审计工作的深入开展，必将推动与支农资金绩效审计有关的立法和制度建设。
目前，我国开展绩效审计，虽然有审计法作为法律依据，但是现有的法律规定还不够明确具体。审计法只是提出对财政、财务收支的真实、合法、效益性进行审计，但并没有明确规定审计机关可以开展绩效审计，有关条款也主要针对财务审计进行规定，不适于开展绩效审计的需要，诸多的公共部门对于是否接受绩效审计也存在不同的理解。
在这种形式下开展绩效审计，特别是容易被挤占挪用的支农资金绩效审计就会存在许多障碍。因此，从我国实际出发，借鉴悉尼国际会议上《关于效益审计、公营 企业 审计和审计质量的总声明》的具体 内容 ，不断健全和完善有关的法律规范是我国的绩效工作的当务之急。
首先，应以国家法律的形式明确规定政府绩效审计是国家审计机关的重要职责。要把关系国计民生的财政资金，特别是财政支农资金的管理和使用绩效列为法定审计项目；明确重大绩效审计项目必须提交同级人大审议并将审计结果公告的制度；明确审计查出 问题 的责任追究制度，对财政支农资金未能经济合理地使用，无效率和效果的状况进行责任追究，以加强对公共权力的制约。
其次，应研究制定财政支农资金绩效审计准则。要在认真 总结 经验教训的基础上制定比较系统、操作性较强的支农资金绩效审计实施细则，对审计的对象、目标、计划等加以明确并对审计人员的工作行为进行规范。
