卸任后丧失刑事豁免权的陈水扁因贪渎等罪嫌，经特侦组申请由台北地方法院裁定羁押在案，最终被送入监狱。
台湾“最高法院”检察署特别侦查组（以下简称“特侦组”）从“反腐先锋”到被斥为“无牌特务”只用了7年时间。
特侦组引爆了至今仍未停歇的“九月政争”，因为监听“立法院长”王金平引发了“关说门”，导致王金平与马英九的反目。事情继续发酵，延伸到“监听国会门”和“泄密门”。
9月27日，民进党“立法院”党团比对特侦组提供的4张监听票，发现特侦组不只监听民进党“立委”柯建铭和检察官林秀涛全家包括12岁的女儿，更在今年5月16日至6月14日间挂线监听“立法院”总机。
特侦组在指控下举止失措，前后说法不一致。9月28日上午，特侦组代发言人坚决否认所有指控，强调所有监听都“于法有据”，先后用“完全没有、绝对没有、据我所知目前也都没有”否认监听“立法院”总机。
当天晚上，“检察总长”黄世铭召开记者会，称特侦组绝对不是明知该电话是“立法院”电话予以监听，并且为特侦组上午记者会的“资讯错误”鞠躬道歉。
在此后的表态中，特侦组一直强调监听“立法院”的电话完全没有录到声音，但特侦组的信誉已遭重伤并遭到“法务部”调查。
特侦组曾经被认为是反腐先锋，打击黑金的功臣。2000年初，民进党执政，陈水扁于当年9月成立了“查缉黑金行动中心”，其目的是查缉国民党执政时期的黑金政治犯罪。当时，它是以任务组的形式设在“高等法院”检察署中。
2007年4月，针对查缉黑金行动中心运作中发现的困难，参照其他国家和地区的制度和设置，在修改《法院组织法》、增订第63-1条之后，特侦组特别设置成立。特侦组编制是6至15名检察官，由“检察总长”自各级法院检察署中调“最高法院”检察署办事。
有人为特侦组的铁面无私叫好，陈水扁蓄养了一头猛兽，终于反噬了自己。
马英九是特侦组调查下的幸存者，在起诉马英九特别费贪污案中，由于检方证人、台北市政府秘书处出纳吴丽洳笔录制作不实等问题，特侦组遭遇外界强烈质疑，马英九最终获判无罪，承办检察官侯宽仁遭调离。
特侦组的超级权限，使得政界担心它会沦为权力斗争的打手和工具。
国民党荣誉主席连战长子连胜文对特侦组违法侦查的行为非常反感。在9月11日国民党考纪会撤销王金平党籍后，连胜文于当天下午即前往“立法院”拜会王金平，为他加油打气。在拜会后受访时，连胜文痛批，现在不是“大明王朝”，任何人都不能高过法律，就算“总统”也不例外。
台湾媒体多解读连胜文的此番言论是以“大明王朝”暗批马政府的特侦组犹如明朝的东厂、锦衣卫等特务组织不择手段打压异己。
丁易在其专著《明代特务政治》一书中详细描绘了“大明王朝”历代皇帝利用司礼监、锦衣卫、东西厂等特务组织维持严密统治的情形。明朝特务的做法正是打着反腐败的旗号，挑选特务机构首领的政敌秘密监视，然后逮捕下狱。特务机构坐大之后就开始抓捕普通的官员百姓，加以拷掠来聚敛财富。
连胜文的表态还只是暗批，国民党“立委”蔡正元则直接在其社交网页上开骂，指特侦组视法律如无物，比美国水门案更严重，“检察总长”黄世铭根本就是“无牌特务”。
自9月17日台湾“立法院”新会期开议以来，“行政院长”江宜桦六度到“立法院”，但在绿营的反对声中，无法上台进行施政报告。在绿营提出的条件中，就有废除特别侦查组、要求江宜桦道歉等。
特侦组背后站着马英九，他已认定“特侦组有维持必要，不应该废除”。这个争议组织仍然还有用处，尽管惹人厌恶、前途未卜。
