清朝完成对新疆的统一后，总体上以齐其政而不易其俗和众建分势这两种策略治理击。在这种策略的影响下，逐步形成和完善了以统一法律制度下多维度的法律治理体系。清朝民族法规数量之多，规范之细密，制度之完备，不仅为历代所未有，也是世界法制史少见的民族法律文化遗产。
一、国家法律体系在新疆的建构
《大清律例》历经数十年修订，作为清朝的根本法律，具有全国统一适用的效力，也同样适用于新疆。但这部基本法律如何在新疆落地，既关系到国家权力的伸展，也关系到新疆社会的稳定和发展。
新疆民族众多，旧政权的遗存势力林立，藏传佛教、伊斯兰教、萨满教等宗教并存，宗教信仰与民族问题杂糅其间，因此强有力的国家法的适用，对于仍不稳定的新疆显得十分迫切。清朝明确提出:迄今各部归一，自应尊我朝之律，乾隆帝应新疆地方官员请求，颁发律章，所请律例等书，亦由各衙门查取给发，确立了《大清律例》在新疆的统一适用和最高效力。清律中涉及的新疆条款主要通过例文来体现，有关新疆的例文有12条，其中名例和刑律各6条，涉及军流和发遣以及犯人家属的安置等问题。
以《大清律例》裁处新疆案件，具体案例很多，突出的特点是强化《大清律例》中的相关原则在新疆通行。乾隆四十一年，乾隆帝就回子呼达拜底等以斧砍死家主及刃伤家主之妻一案，对关涉等级、伦理之回疆命盗案件的处理作出过从重办理的明确指示，五十七年，又就回子托虎塔殴死胞兄一案做出指示，重申嗣后遇有似此紧要事件，均照内地成例办理。
《大清律例》外，《理藩院则例》也属于国家层级的立法。它源于《蒙古律书》是清朝治理蒙古、新疆、西藏等少数民族地区的专门法，也可以称为清朝的民族法。新疆作为少数民族地区，民族立法一直发挥着重要的作用。这部法律的效力层次虽不比《大清律例》，但作为特别法，又比《大清律例》优先适用。学者认为，嘉庆二十二年颁行的《理藩院则例》是有清一代民族立法的集大成之作。
《理藩院则例》同时也是理藩院的组织法，理藩院在解决民族地区重大问题时，处于国家中枢机关的地位。在噶尔丹叛乱时，理藩院尚书阿拉尼为议政大臣，参加多伦会盟，研商国家军政大事。理藩院的职能按照主管官员给皇帝的奏折，将其表述为为蒙古、回疆事务总汇之所，所有内、外扎萨克蒙古各旗，以及回部各城之体制、典礼、法守、刑名，并呼图克图喇嘛事宜，咸归职掌。
乾隆二十六年，清政府在理藩院下设徕远清吏司，掌管哈密、吐鲁蕃及回部诸城爵禄贡赋并移驻回民耕牧之事，理藩院在权力体系中的地位与六部相同，掌内外藩蒙古、回部之政令，控驭抚绥，以固邦翰，又有掌外藩之政令，制其爵禄，定其朝会，正其刑罚。尚书、侍郎率其属以定议，大事上之，小事则行，以布国之威德。
清朝还制订了新疆专门法律，即《回疆则例》。这部法律是由中央制订的专门适用于南疆地区的特别法。嘉庆十六年，理藩院奉旨编纂，并下令刷印颁发回疆等处，永远遵行五，体现清朝统一边疆地区后因俗因地制宜的法律原则。南疆地区以伊斯兰教为主，既有民族问题，又有宗教问题，同时边疆隐患十分突出，社会矛盾呈现复杂化和多样化。《回疆则例》源于回疆的伯克制度，清朝本着因俗设官、因地制宜的原则，对该制度加以改革而形成规范。核心内容是维族地区职官的设置、职掌、品秩、承袭、任用、休致等。比较细致规定了伊斯兰教教职的选任。
《回疆则例》以法律形式确认维族上层晋封王、贝勒、贝子等地位的合法延续，这是清朝借助维族原有官僚系统，构建以满族、维族联合的方式实现在新疆统治的成功体现，它以维护清朝皇帝对于维族地方职官的任用权为前提。此外，针对回疆地区的年班、赏责、度量衡、货币、赋役、贸易、驻军管理等制度，作了具体规定。
此外，在国家层级的法律渊源中，《大清会典》的吏部处分例以及《大清会典事例》规定了新疆驻防、屯田、管制等方面的规定，在回部禁令中，对行政事务的规定十分详尽，使新疆的官制官规和中央政权保持协调和统一。
如果说国家法律在新疆更多体现治权的统一和原则性，而地方性立法具有更多实用性的特点。
清朝地方性立法一般采用章程、事宜或者规条、则例等形式加以确认，这一类的法律形式大多以新疆地方官员通过奏折的形式，经皇帝批准后纳入则例的。而地方立法的民族性和地方性特点尤为显著，规定的也更加细密，操作性更强，有效填补、配合了国家立法的适用。具体的地方立法如《新疆约束章程》《巡边章程》《新疆巡警章程》《革除回疆大小衙门陋规条例》《保送伯克章程》《征收华商货税章程》《收捐监粮条例》《新疆采金章程》《新疆行茶章程》《新疆严禁鸦片烟草章程》《哈萨克贸易章程》《开垦乌鲁木齐地亩章程》等等。上述章程在行政管理、经济贸易管理、军防等具体事项方面做出详细规定。
在清朝新疆的法律体系中，最具特点的是将原有的宗教法和民族习惯法的合理部分纳入其中，成为有效力的法律之一环。如前所述，南疆地区主要信奉伊斯兰教。伊斯兰教法阿拉伯语称为沙里亚，是行为、道路和方向之意，从而引申为规律，规定了个人、家庭、社会和宗教管理方面的行为规范，是穆斯林神圣的法律，在伊斯兰教地区，必须一体遵守。喀拉汗王朝奉之为国教，和卓时代对伊斯兰教法更是推崇到了极致。《古兰经》、圣训、类比和公议构成伊斯兰法，而核心是《古兰经》。《古兰经》也是伊斯兰法的沙里亚法典。《古兰经》114章、6200余节经文中，规定法律内容的节数并不多，大约200节左右，一般认为法典只包括宗教礼仪制度、民事法律规定和刑法三大类内容。除了宗教礼仪的规定外，契约、遗产、婚姻、家庭、刑法、对不信者作战、对非信徒的基本态度，以及关于可食之物、宰杀、作证、法律程序、法律证据、释放奴隶等问题，可以看作教法的渊源。清朝统一新疆后，废除政教合一的政权形式，对该教法的施行予以限制，以《大清律例》为主要依据进行社会控制。伊斯兰教法主要在婚姻家庭、财产继承、土地和债务等民事方面发挥调整作用，并且这方面的规定比较详尽。可以认为，新疆伊斯兰教法是中华民族法律文化的重要组成部分。
新疆是中国少数民族居住地区。少数民族习惯法包括清朝蒙古各部的习惯法、哈萨克民族的习惯法，值得提出的是，新疆地区维吾尔族的习惯法已经和伊斯兰教法融合。
哈萨克族是以我国新疆北部地区为主要居住地的少数民族，曾建立哈萨克汗国，信仰多种宗教。在日常生活中，少数民族习惯法发挥重要作用。私法上最有代表性的是安明格尔婚姻制度，这种婚姻制度的特点是一夫多妻，丧夫者必须嫁在族内，女子地位较低，如主动离异，不能带走家里的任何东西。刑事方面，一是保留同态复仇的习惯，二是以财抵命盛行，被害者依据身份高低而价格不同，在处罚方面通行罚畜。
此外，新疆蒙古各部适用于罚九和人誓，这些制度也被固定于四卫拉特联盟共同制定的《卫拉特法典》中。罚九是指根据罪行的大小规定，以牛羊的多少和优劣来赔偿受害者。人誓是一种诉讼取证程序，采取由可疑者发誓以资考验的形式来确定未知的事实。
二、因俗施治的司法体制
清政府因地制宜，在新疆采取了不同的行政管理和司法管辖的治理系统。有代表的是回疆地区的伯克制度、天山东麓的州县制、哈密及吐鲁番地区的扎萨克制度以及蒙古旧部的八旗衙门。这些制度在以伊犁将军为核心的军府制度的统领下，形成了极具特色的司法体制。
回疆地区的司法机构围绕国家法在回疆地区的适用为中心，赋予派驻大臣较大的治权，同时对于民事、轻微刑事案件的法律适用，尊重伊斯兰教法和当地习惯。乾隆二十六年，乾隆帝针对新疆南部地区立法颁发上谕，明确指出:办理回众事务，宜因其性情风俗而利导之，非可尽以内地之法治也。可以说，这是一条基本原则，体现了因俗而治的特点，它主要包括以下三个衙署。
一是驻扎大臣衙门和章京衙门。回疆地区的中心城市为喀什噶尔，设参赞大臣，总领下属八城事务，属下各城设办事大臣和领队大臣。具体事务部门如钱粮、印房、回务设有章京。章京衙门可以审理民事纠纷和轻微刑事案件，对于命盗案件进行初审，并收集材料上报领队大臣，再由领队大臣处理并上报中央。办事大臣具有较为独立的司法权，乾隆三十九年，商民唐进福欲强奸和硕特妇人博勒椿遭拒，用小刀扎死该妇。喀喇沙尔办事大臣达色请旨将唐进福拟斩立决，乾隆帝以唐进福凶恶已极，既审明情实，自应一面具奏，一面即行正法。达色乃奏请候旨，实属不晓事体。说明清廷赋予办事大臣很大的司法权，对罪大恶极案件，可以在事实查明的情况下，立斩再报。
二是伯克衙门。清朝统一新疆后，对伯克制度加以改造后继续沿用，在驻扎大臣的监督下管理该地区。伯克制度的重要变化是改世袭为选任，并采取任职回避制度。伯克按照等级分为最低七品到最高三品，最高为阿奇木伯克。伯克衙门中设有专门的司法职能部门。总理刑名者日哈子伯克，分理回子头目词讼者日斯帕哈子伯克，分理小回子词讼者日拉雅哈子伯克，缉奸捕盗兼管狱务者日帕提沙布伯克。伯克有一定的行刑权力:各城阿奇木伯克等，凡遇枷责轻罪人犯，准其自行办理，仍令票明驻札大臣存案备查。如遇有刑讯重案，阿奇木伯克不得滥设夹棍杠子，擅自受理，随时擅明本管大臣，听候委员会同审办，但重案要报主管大臣。
三是宗教法庭。主要是伊斯兰教阿旬以教法
为依据对民事纠纷的处理。在南疆基层，对于民事争端和纠纷，清真寺的阿旬组成宗教法庭，依据古兰经的教义来调处争端，宗教法庭在回众中有很好的公信力和执行力，是新疆最具特色的宗教司法处理方式，尽管严格限定在民事纠纷中，但是作为社会争议的常态处理方式，作用不可低估。
与回疆地区不同，天山北路伊犁地区具有别样的司法体系和司法管辖。
这一地区民族众多。在伊犁将军的统辖下，具体机构有同知衙门、八旗衙门、总管档房和旗下档房、蒙古王公等。而伊犁将军对乌鲁木齐都统、喀什噶尔参赞大臣等官员只是节制和统领，并非直接管辖，各级军政官员均有权就具体个案向清廷奏报，具有较大的自治权和独立性。嘉庆六年的一则上谕称:向来回疆重地，除总办大臣遇有公事会同协办领队大臣等列名具奏，其协办领队大臣，如有应行具奏之事，亦准专折密陈，不得隐匿推诱。
该地区命盗案件一般由同知衙门初审，伊犁将军衙门复审，然后送刑部处理。八旗总管、锡伯各营主管、蒙古札萨克王公对于民事案件进行司法管辖，对于刑事案件管辖比较少，具体如下:
抚民同知和理事同知:一开始在伊犁设立理事同知处理词讼事务，后来进行分工，抚民同知审理有关商民和绿营有关的民刑案件，理事同知审理伊犁首府惠远、惠宁两城的满营及其所属的民刑命盗案件。
总管旗制:总管旗是对于从其它地方调遣驻扎伊犁的锡伯、厄鲁特、索伦、察哈尔各部实行的管理体制。该机构由总管下设佐领、晓骑数员。尽管其由游牧领队大臣统辖，但是总管对于民事案件具有司法管辖权，并兼理行政事务。
八旗衙门:满洲和蒙古八旗以及绿营兵丁均从内地调派而来，因而把其固有管理体系带至新疆。天山以北官兵携家带口定居，称之为永驻，天山以南轮流派驻，称之为换防。八旗营由从三品协领、正四品佐领、正五品防御、正六品晓骑校组成。管辖的对象是八旗官兵及其家属的案件。命盗案件有协助调查、缉拿和伤情勘验等司法职责。
天山东路乌鲁木齐地区的司法机构和管辖又与天山北路有别。
乌鲁木齐地区包括天山以北、库尔喀喇乌苏以东以及哈密和吐鲁番地区。这些地区临近内地，因历史上内地移民频繁而受汉族影响较多。在清朝伊犁将军为主体的军府制框架下，设立伊犁将军节制下的乌鲁木齐都统，统领各州县，实行和汉族地区相近的州县制。改巴里坤道为镇迪道，下设州和府:镇西府、迪化直隶州、哈密直隶厅、吐鲁番直隶厅。县有昌吉、阜康、绥来、宜禾、奇台。
这一地区的司法管辖有如下特点:一是主体明确。对于命盗案件由州县初审，镇迪道复审，乌鲁木齐都统最终复审。二是在建制上的双重性。镇迪道地区在行政上隶属于陕甘宁总督的甘肃省，军政事务则归于乌鲁木齐都统。考虑新疆的地域特点，便于就近缉捕、勘验和审理，地方最高司法权则归乌鲁木齐都统，特别重大案件由都统奏报中央。三是属人管理的双重性。在吐鲁番地区和哈密地区，实行札萨克制度。相比伯克制度，其司法管辖权很大，一般刑事案件和民事案件归当地王公处理。乌鲁木齐都统的司法审理权主要适用于汉民，但对于吐鲁番和哈密境内的所有重大刑事案件，无论汉回，由驻扎大臣审理后再行上报，均置于乌鲁木齐都统的司法管辖范围。四是绿营的司法机构相对独立，自成体系。清朝统一新疆后，形成了军府制度。伊犁作为伊犁将军首府，驻扎最为精锐的八旗诸营，乌鲁木齐地区则驻扎绿营。绿营提督作为一品官员驻守乌鲁木齐，绿营总兵作为正二品官员驻守巴里坤。以下由副将、参将、游击、都司、守备等官居守衙门，千总、把总、外委为绿营基层组织。这些衙门和基层组织，均处理司法事务，从而具有司法职能。守备衙门负责户民狱讼案件的审理，斗殴案件及民事细故自行审理，大案逐级报乌鲁木齐同知衙门，直到都统。绿营各官员对于缉捕、勘验、行刑、参与初审，具有广泛的基层司法权。尤其在预防犯罪方面，负责城镇、衙门、仓库、关隘、要道的查访以及治安的维护。绿营官兵的司法职能具有灵活机动的特点，这在乌鲁木齐地区司法机构的设置上颇具特色。
军府制下的伊犁将军作为统领，主要是军事意义，并非司法意义上的统领。清朝官员的文献记载:哈密办事大臣与吐鲁番、巴里坤、古城、库尔喀喇乌苏归乌鲁木齐都统专辖;喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什、叶尔羌、和间、英吉沙尔等七城归喀什噶尔参赞大臣专辖，均属伊犁将军统辖，每届年终，该将军、都统、参赞大臣等，将各城大臣出具切实考语，密行陈奏，如有人地不宜及才不胜任者，随时奏明更换。倘有失察构隐，一经发觉，即将该将军、都统、参赞大臣等交部分别议处。其将军、都统、参赞大臣内有不正己秉公者，亦准各城大臣据实参奏，以资维制。各城章京、粮员，责成该城大臣认真考察，务期人地相宜。新疆驻防人员，非实系守洁才优者，不准保奏，倘有所保之员或犯赃私，即将原保大臣一并议处，其操守才具平常者，亦即随时奏咨更换。
三、军府制下法律治理成效解析
新疆军府制有其特殊的历史背景，围绕新疆稳定、发展构建的法律治理体系也具有鲜明的军事特色，在新疆社会的稳定、发展中发挥了独特的作用。认真考察其成效，可以归纳为以下几个方面。
首先，军事司法为主要特色，其司法职能服务于军府制时期的新疆局势。新疆地域广阔，地处边睡，离国家政治地区遥远，设置伊犁将军，重兵驻扎，以军统政，强化军事力量的镇守能力，有利于统一后的威慑。伊犁地区一直为新疆轰辅重地，清朝设伊犁将军踞守伊犁，将八旗营精锐驻扎伊犁，而在天山核心区驻扎绿营。尽管回疆八城实行换防制，但由于临近哈密地区，距内地较近，可以及时从陕甘调兵。从中可以看出，军事司法符合当时新疆形势。
其次，以军统政和军政合一的体制结构，有力推进了国家司法权在新疆的行使。一是确保清朝皇帝的最终监督权和裁决权，皇帝在接收新疆地方官重大案件的奏折后，做出最终处理。二是保证中央司法机关的管辖权。伊犁将军统领下的新疆军事系统有自己的司法权，但是重大刑事案件和官员的犯罪要报刑部、军机处和吏部等部门，在刑部主导下会审。对于地方的刑事案件行使复核权。三是行政官员兼理司法，形成上行下达的体系:在伊犁地区，满汉绿营和察哈尔、锡伯、厄鲁特八旗各营的案件，由各部审理后报伊犁将军，视案件复杂程度，再由伊犁将军上报中央;乌鲁木齐地区的天山东路，乌鲁木齐都统作为最高司法机关，将重大案件审理后报中央;回疆地区由喀什噶尔参赞大臣和驻扎大臣，对于章京衙门初审的案件，复审后决定是否上报中央。由此可以看出，伊犁将军在军事上统政，但在司法上，司法官员直接对中央负责。
第三，在国家法的原则得到有效实施的前提下，根据各地区的民族、宗教等具体情况，采取不同的司法制度和原则。新疆的命盗案件，由驻扎大臣统一上报中央，刑部复审后，均按律例定拟。《大清律例》是新疆司法适用的最高法律渊源，具有原则指导意义，而由中央制定的《理藩院则例》和《回疆则例》成为适用于新疆的经常性国家立法。由于新疆地域广阔，民族和宗教问题复杂，风俗各异，故因俗而治是新疆法制的另一特色。这包括利用当地习惯法和宗教法辅助治理新疆，既是民族文化心理需要，又兼具务实和效力原则。清朝统治者认识到少数民族习俗不同、其法律习惯各有特殊性，故因俗定法作为基本原则取得明显成效，也是清朝治理边疆少数民族地区的成功案例。雍正帝明确提出在立法上要从少数民族的习俗出发，坚持从俗从宜的原则。
当然，军府制下的司法治理框架也存在一些消极因素，如不利于民族融合，人为造成民族隔阂等。
