马铃薯的生长发育与外界环境条件是密切相关的，它在生长发育期除受病菌侵染而发生一些病害外，还因生产者管理水平和自然环境影响而表现出一些不良症状，这种不是由于病毒病原物而是非生物因素影响直接引起的病害称为生理性病害。常见的马铃薯生理病害有黑心病、空心病、淀粉溢出、裂口、畸形等，严重影响块茎品质和商品率。
一、块茎黑心病
1.症状：在块茎中心部出现由黑色至蓝色的不规则花纹。缺氧严重时整个块茎都可能变黑。通常病组织与健康组织边界较明显。这是块茎内部缺氧所引起的。
2.预防：主要是注意贮藏期间保持薯堆良好的通气性，并保持适宜的贮藏温度。室温必须保持在1D3℃之间，相对湿度要保持在85%以下，并保持空气流通。贮存期间，不同品种分别贮存，不要与种子、化肥等混施，也不要放到烟、气较大的地方，这样马铃薯就不会霉变、发芽。
二、块茎空心病
1.症状：空心病多发生于块茎的髓部，外部无任何症状。一般大块茎易出现空心现象。空心多呈星形放射状或扁口形，有时几个空洞连接起来。洞壁呈白色或棕褐色。在出现空心之前，其组织呈水渍状或透明状。内部组织张力增大而引起开裂，其中有些物质被转移或被其他部位所吸收。空心的原因是块茎膨大速度过快造成的。
三、淀粉溢出与块茎裂口
1.症状：收获时常常可看见有的块茎表面出现“白点”或“疙瘩”或薯皮溃疡现象；有的块茎表现有一条或数条纵向裂痕，表面被愈合的周皮组织覆盖，这就是块茎裂口，裂口的宽窄长短不一，严重影响商品率。块茎在迅速生长阶段，受旱未能及时灌水和及时追肥，或长期处于高温高湿和高温干旱条件下，块茎的淀粉向表皮溢出，出现“白点”或“疙瘩”或薯皮溃疡；有的由于内部压力超过表皮的承受能力而产生了裂缝，随着块茎的膨大，裂缝逐渐加宽。有时裂缝逐渐“长平”，收获时只见到“痕迹”。其原因主要是，土壤忽干忽湿，块茎在干旱时形成周皮，膨大速度慢，潮湿时植株吸水多，块茎膨大快而使周皮破裂。此外，膨大期土壤肥水偏大，也易引起薯块外皮产生裂痕。
2.预防：主要是增施有机肥，保证土壤始终肥力均匀；同时要适时浇水，在块茎膨大期保证土壤有适度的含水量，避免土壤干旱；还要保持土壤良好的透气性。一般可采取高畦栽培，深挖边沟，水沟深度需在50厘米以上，而且做到沟沟相通，遇雨能迅速排走田间积水，同时，要防除田间杂草丛生，雨季来临前经常进行清沟防渍水。
四、块茎畸形
2.预防：主要是保持适宜的块茎膨大条件，即增施有机肥，以增加土壤肥力；适当深耕、注意中耕和防冻害，保持土壤良好的透气性；土壤保持湿润不见为度，干旱时注意浇水。
