2014年是新疆实施棉花目标价格补贴试点工作的第一年，为了准确计量新疆棉花产量，确保棉花质量，核查棉花收购加工企业所开具的籽棉收购票据，保障棉花补贴顺利发放到棉农手中，国家对专业仓储监管棉花实施了入库公证检验。这一举措使纤检机构对棉花收购、加工、储备、交易等全部环节、全部产量的棉花实施仪器化公证检验成为现实。
入库公证检验的优点
1.杜绝了样品造假，保证了样品的真实性。过去的仪器化公证检验样品是企业自己取样，由纤检机构和企业交接后进行检验。部分企业为了提高等级，用高等级的棉花样品替换低等级样品，样品的真实性受到质疑，使公证检验结果的准确性也大打折扣。
2.杜绝了重量造假，保证了重量的准确性。仪器化公检以来，棉包重量、在线回潮率、含杂率、棉包的皮重都是由棉花加工企业提供，一些企业在在线回潮装置上做手脚，以降低回潮率；棉包称重环节在磅秤上做手脚，以增加棉包重量。在扣减包装物重量和含杂率上尽量少扣，导致棉花公定重量亏重现象严重。
3.杜绝了责任推诿，明确了责任划分。入库公证检验制度对加工企业质量主体责任、承检机构工作质量责任、监管仓库管理责任予以了区分和界定。
4.2014年是棉花目标价格政策实施的第一年，入库公证检验制度为棉花目标价格政策实施提供了准确数据。
在实验室运行过程中存在的一些问题
1.抽样环节出现的问题：入库后的棉花重量在库与库之间扣补上存在一定的差异，企业反映有的监管库扣水、扣杂、扣重扣得多，有的监管库扣得少，导致棉花扣重差异较大；入库后的棉花在抽样环节出现了样品数量不够、重量不够、重号及样品缺失的现象，导致整批棉花缺号现象，给后期仪器化公检带来困难；入库后的棉花在抽样环节出现了条码被夹包车夹坏、条码撕坏、有划痕无法辨认、录入的现象，导致整批棉花漏检包数现象严重。
2.感官检验录入环节存在的问题。手摘棉与机采棉混批；样品形态较差、长度短；感官录入系统无法提示该批样品的缺号；感官检验录入确定完成后，系统无法查找该批样品是否检验完毕；对于缺失条码的样品进行补检时，造成整批超期；2014年在监管办法中取消了同一天，但在实验室检验中还是按检验批检验，加工批186包在录入时包含多个检验批，这样会有在同一天加工的棉包进入不同的监管库；录入格式表格太小给录入工作带来困难。
3.棉花加工企业加工过程中存在的问题。部分加工企业将条码第三联缝上，取样人员在撕下条码时撕坏条码；加工企业在刷唛时将墨刷在条码上，导致条码污染无法录入；部分企业条码打印机断针，导致条码无法录入；部分企业刀口太浅或只切纵向，横向不切，给取样带来困难。
4.HVI检验环节存在的问题：样品条码无法扫描，HVI无法录入；样品批次混乱，HVI检验时好多批次正在检验中，例如：15台HVI同时检验时，由于在检验机构的系统软件中还是以同一天、同一籽棉大垛、同一条生产线加工的棉包为一个批次，所以和进入监管库的批次是两个概念，导致可能同时有30多个批次正在检验，给监控检验数据和数据审核带来很大不便。产生同一检验批的棉包检验数据无法同时发布，造成延期现象。
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