高校注重利益获得，不注重实现控制权，导致了许多资产闲置浪费，而在私有资本融入的同时，个人大股东通过各种方式实现了对本为国企的校办企业的实际控制权，因而沦为了圈钱大佬的小金库。
北大方正事件凸显出目前中国高校校办企业的国资监管体制混乱，尤其是高校国资的产权管理存在着巨大漏洞。目前，我国教育部直属高校校办企业的国资管理体制呈现出多头监管的特点，导致校办企业产权管理存在巨大漏洞。
各个大学是校办企业的直接出资人，具体的经营管理挂靠在各个大学旗下，同时，校办企业需要接受教育部统筹管理，而其产权管理又隶属于财政部。表面上的“三方监管”最终却成为了三不管的产权管理真空地带。
笔者认为，校办国资应该“以管资本为主”和“以董事会为核心”，双管齐下，统一监管：
第一，应正确区分营利性校办国资和公益性校办国企，将营利性校办国资纳入国资委统一监管体系。
校办企业国资监管部门究竟应由财政部、教育部承担？还是国资委承担？还是三重承担？依据国际惯例和市场经济准则，财政部是履行社会公共管理职能，进行公共产品预算的政府部门，它必须公平面对所有纳税人，而不该对某一类所有制性质的资本给予预算、补贴等特殊管理，而教育部作为研究提出教育改革与发展战略和全国教育事业发展规划的政府部门，也不宜行使对校办企业这类特殊国资的监管职能。因此，教育部、财政部监管校办国有资本与市场经济体制相悖。
而随着校办企业市场化进程，营利性校办国资发展迅速，高校应逐步减少对校办企业直接出资，由国资委系统的国有资本投资运营公司控股校办企业，从而实现国资委对营利性校办国资的监管职能。
第二，“以管资本为主”和 “以董事会为核心”，加强校办国资监管。随着市场经济的深化，营利性领域里的高校国有资本会逐渐壮大，在营利性的经营领域只保留高校国有资本，摒弃大而不活的校办国有企业，是实现校办国资与市场竞争体制对接的重要标志。
国有资本投资运营公司的组建，初期可以国有资本参股控股为主，在高校现有集团公司基础上改组而成，通过国有资本这条所有者主线在国家战略实施和重要产业布局规划中发挥作用。
在校办国有资本投资运营公司之下，再无“校办国企”，一律都是实行公司制度的现代化大公司，采用现代法人治理结构，形成治理结构的经营主线，即董事会，由董事会按照市场化原则推荐和选聘职业经理人，贯彻国有资本在校办大公司中的意志，承担举国战略的高精端领域科研开发和科研转化的重任。
