90年代以前，金马奖都由台湾“行政院新闻局”主办，政治色彩浓厚。导演李行正是这一时期“金马宠儿”的代表。早在1965年，他就凭《养鸭人家》获得第三届金马奖最佳影片”“最佳导演”双料大奖。这部电影将台湾描绘成一个幸福美好的乐土。
那个时代的台湾笼罩着白色恐怖，人人自危。左拉的作品因为作者姓“左”而不可在台湾出版。金庸的小说《射雕英雄传》因暗合毛泽东的词句“只识弯弓射大雕”而被迫改名《大漠英雄传》。可想而知，在这样的政治氛围之下，台湾电影的创作语境何其狭窄，也多少能窥见当时金马奖的好恶。
在李行出任金马奖执委会主席之前，金马奖创立三十年来都是由“新闻局”的官员来担任奖项评审的。李行曾告诉演员郑佩佩，参与评审的官员们对电影不怎么懂，只是注重意识形态。此外，早期的金马奖几乎把所有奖项授予台湾中影、台制、中制三家公司，民间私营的电影鲜少得奖机会，更不要说其他地区的华语影片。
正是这种以政治正确为先导的评奖机制令侯孝贤、焦雄屏等日后与金马关系密切的新浪潮旗手一度与之交恶。侯孝贤曾骂道：“金马奖一向就是分配的嘛，很烂！”
当这批高质量而富有社会意义的电影摆在金马面前，一定会对其造成某种程度的触动。但由于仍旧被官方掌控话语权，金马奖无论如何，还不能真正地敞开怀抱，接纳他们。1984年侯孝贤的两部佳作《风柜来的人》与《冬冬的假期》全军覆没。正值年轻气盛的侯孝贤当即宣称：“我可以等待威尼斯电影节或其它国际电影节肯定自己。”
情况一直到解严之后的1990年才逐渐得到改善。那一年，“新闻局”决定成立常设机构――金马奖执行委员会，金马奖正式迈入了后“解严”时代，也因此赢得了越来越自主的环境和氛围。
进入新世纪以后，台湾在好莱坞电影的冲击下，电影市场遭到不小的打击，电影工业急遽萎缩。焦雄屏在这种情况下接过主席的担子，试图拓宽金马奖的视野，引进了费比西和奈派克奖，期望把它打造为媲美国际三大电影节的盛事。
侯孝贤与焦雄屏一样，也深知必须扩大金马的格局，如果像过去一样只局限于本土电影，把香港和内地都隔离在外，那么这个奖项只能寿终正寝。而侯孝贤与焦雄屏的不同在于，侯孝贤要的不是国际化，而是要打造“大华语电影”的概念，无论两岸三地还是新加坡、马来西亚。只要是华语片都值得被金马奖关注。
2009年，蔡明亮的《脸》入围金马影展，遭到所有评审的反对，理由是这部电影的演员和主创几乎全是外国人，不应出现在一个华语电影展。唯一的支持者是侯孝贤，无从知道这个平日少言的老头当时做了多少说服工作，但可以肯定的是，在他执掌金马的五年里，他用他不妥协的坚持一点点拓宽金马的胸襟，使之以越发大气的模样出现。
