已经举办了七届的金马电影学院，是侯孝贤亲手培育的孩子。2009年，他出任金马奖执行委员会主席，在他的倡导下催生出金马电影学院，并亲自出任院长。
因侯孝贤在台湾以及华语影坛的威望和好人缘，金马学院汇聚了两岸三地的顶级大师，成为无数电影青年的梦想。在过去几届的几十名学员中，不乏如今名声响亮的影坛力量。陈哲艺、赵德胤、李中，这些现在独当一面的青年导演皆师承金马学院。
第一届的赵德胤是从小生活在台湾的缅甸青年，他以其第三部剧情长片《冰毒》受到柏林、爱丁堡等多个电影节的关注，后来捧得台北电影节最佳导演的肯定，同时也入围了第五十一届金马奖的最佳导演奖。
而第四届的陈哲艺更是成长、成功于金马。他在2013年以首部剧情长片《爸妈不在家》先是在戛纳博得世界影人的好口碑，半年后便勇夺第五十届金马奖最佳影片。陈哲艺来自新加坡，生于1984年的他深受台湾新电影的影响。今年，陈哲艺和侯孝贤一起受金马创投邀请在论坛开讲，站在老师身边感到压力颇大，他曾坦言，没有侯孝贤、杨德昌、李安等人的作品，就不会有《爸妈不在家》。从看大师的片子到聆听大师授课，陈哲艺对社会、家庭的视角很多来自这些人的启发。当初他与侯在某个电影创投会上第一次碰面，侯听说他要拍这个故事，还送了他一本相关的书。
金马电影学院选在每年的金马影展之前招收9-16位来自全球华语地区、曾经完成两部短片作品以上的潜力导演及摄影师，在一个月内，以集体创作的方式分组完成一整套短片拍摄，并在金马影展期间放映。
金马学院还设有大师班和佳作欣赏课程。基本上，华人影坛的大师级人物，如吴宇森、关锦鹏、李安、陈果、王小帅、施南生、关本良、苏照彬等都曾任学院教授。在试验了几届之后，侯孝贤更力推让杨雅础⒘质橛睢⒊驴×氐惹嘧撑傻佳莸H蔚际Γ以期学院能够汲取到不同的养分，作为日后创作的参考。
当年接棒金马奖，侯孝贤颇有身负重任之感。亲历台湾电影起落，他觉得自己有责任去改变行业走下坡路的现状。早年在法国拍摄的经历让侯孝贤对台湾电影教育有了比较多的反思，电影、艺术在法国孩子成长过程中是习以为常的重要部分，而台湾的中小学生，“一个月能看一部电影就不得了了”。侯孝贤对有理想的台湾年轻电影人十分欣赏，也因此发觉科班教育与产业脱轨比较严重。不少电影专业出来的学生，在学校就以导演自居，不愿意做别人的助手。多年的拍片经验告诉侯孝贤，在台湾拍电影有多么的困难，以及作为一个掌控全局的人，导演需要对一个电影的所有运行环节都有了解。
从第五届开始，侯孝贤不仅担任校长，还干脆亲自上场指导学生拍片。为了保证“小班授课”的效果，相应地把人数把控在9人左右。他说，现在金马学院的方式和之前不一样，虽然难度较高，可唯一的目的，是训练他们接触到真实的场景及演员，因为真实对于一部戏来说是很重要的。
金马学院的弟子来自华语世界的各个角落，很妙的却是，他们的故事画面里又都仿佛蕴含着台湾新浪潮电影里那种凛冽的真实。在取自现实的题材里，那种人间烟火的质感得以传承，这应该也是侯孝贤多年为之奔走的心愿。能够汇集亚洲不同地区的年轻人，更扩大了金马奖的语境和胸襟。
