很多呼吸道的疾病都可以引起咳嗽，包括喉炎、咽炎、支气管炎、肺炎以及支气管哮喘、肺癌等，一般来说咳嗽超过八个星期可诊断为慢性咳嗽。
慢性咳嗽中最常见的原因就是气道咳嗽综合征。它是由鼻炎引起的咳嗽，这些病人的大多数都是感染以后，比如说上呼吸道感染或者急性鼻炎以后留下了一个慢性局部的改变，患者经常会有分泌物，尤其在晚上睡觉的时候，它通过后鼻道流到咽部，这样的话刺激咽部就会引起咳嗽。
还有一种导致慢性咳嗽的原因也占了很大比例，就是胃食道反流，通过胃的分泌物pH值的测定来诊断，反流尤其在饭后或者是在平卧的时候，这个胃液酸性的分泌物反流到咽喉部，刺激气管和咽部，引起了咳嗽。
此外，还可能是嗜酸细胞性支气管炎，这样的病人在做检查的时候，痰分类里边嗜酸细胞明显增高，这个病也是一个跟过敏相关的疾病，这部分病人如果使用抗生素是没有依据的，而且弊大于利。另有一部分就是咳嗽变异哮喘，这样的病人也与过敏相关，它除了诱导痰里面嗜酸细胞升高以外，肺功能激发实验也叫气道反映性的测定，这部分的病人测出来的是一个阳性的表现。这是区别于嗜酸细胞性支气管炎和变异性咳嗽的一个很重要检查。
