一、何为内部控制
所谓内部控制,是指由最高管理层、管理者和其他员工实施的,为保证财务报告的可靠性、科研生产或经营的效率效果以及现行法规的遵循等目的而提供合理保证的过程。内部控制涉及科研生产经营的控制环境、风险评估、监督决策、信息与传递以及自我检测等方面,从总体上透视了科研生产的各个环节。内部控制的目标，最根本的是保护单位财产、检查有关数据的正确性和可靠性、提高经营效率、贯彻既定的管理方针等四个方面。设计一套操作性强、系统完整、规范合理、行之有效的内部控制制度，其有效实施无疑会促使科研生产管理登上一个新台阶。
二、当前我国科学事业单位内部控制的现状
由于科学事业单位经济业务简单，运转环节少，没有什么复杂的业务，并且多年形成一套固定的工作流程，加上人员结构大多是“以老带新”，人员流动不像企业那么频繁，财务会计工作人员许多都是家属子弟，属于领导心目中的“可靠人员”或者“老实人”，因此科学事业单位内部控制总的来说还是比较好的。
但是，正是由于财务会计工作人员许多都是半路出家，真正经过专业学习的人员很少，对政策和法规的把握、对新知识的学习能力等方面都很欠缺，财务会计的"监督管理职能"和“协助决策职能”不能有效发挥。随着社会经济发展，科学事业单位对财务会计的要求越来越高，过去会计那种只知道“事后作帐”、不负责“事前、事中管理”的方法已经不能满足业务发展的需求。科学事业单位领导迫切需要财务人员能够在融资投资等资本运作、经营性资产的监督管理等方面提供更科学可行的决策依据，要满足领导的这些需求，必须在科学事业单位内部建立一套安全有效的内部控制制度，只有在内部控制制度的监督之下，才能保证国有资产的安全和增值。
迄今为止,我国还缺乏一套对科学事业单位行之有效的内部控制指导性规范,也很少有科学事业单位聘请外部力量或自行研究设计一套系统完整、规范合理的内部控制制度体系。科学事业单位目前在内部控制方面存在下列问题：
1、单位没有书面成文的内部控制制度，所谓内部控制仅仅是凭经验加以简单的控制，或者用一般财经规章制度代替内控制度，仅就其开支范围、标准加以限制，它只能规定财政资金使用的方向，并不能解决单位资金安全性问题。
2、相关人员内部控制意识薄弱，尤其是单位高层领导和大部分科研人员，办事只图方便快捷，会计略有异议就说是财务人员故意刁难，仅仅把财务看作是单位的“钱袋子”。无论支出凭据是否合法，认为只要领导签字就能够报销，致使财务监督流于形式，不能发挥应有的作用。
3、单位内部管理比较粗放，管理制度不健全，业务流程设置不尽合理。许多事项的运作与管理仅仅是凭经验和惯例，没有相应的制度保证，谁也说不清到底怎样做才是正确的，所以造成了每个人都是凭借自己的感觉在做事，无法管理，出了事情也无从追溯。比如岗位设置问题，有的单位就没有规定到底应该由那个部门负责设置岗位，有些岗位设置的文件是人事部门下发的，有些则是科技管理部门下发的，造成岗位设置问题较多,不合理兼岗现象较为普遍。
三、科学事业单位内部控制制度的设计原则
1、适度控制的原则加强职业道德建设 重塑会计诚信形象
提高财会专业学生的实践操作能力
