在 现代 企业 制度中，公司制是主要的、典型的组织形式。公司一般是根据权力机构、执行机构、监督机构相互分离、相互制衡的原则，依据 法律 制定企业的章程，组建由股东会、董事会、监事会和经理层组成的公司组织机构。为了适应现代企业制度的机制，必须建立与之相适应的内部审计制度，包括内部组织机构的设置、工作重点、人员的素质等都需要提高和改善。
一、现代企业制度下内部审计组织机构的设置原则
l、独立性原则。这是设立内部审计组织机构最重要的原则。在这个原则指导下，内审组织机构在组织人员、工作和经费等方面应独立于被审计单位，独立行使审计职权，不受股东、总经理。其他职能部门和个人的干预，以体现审计的客观性、公正性和有效性，如果将内审机构隶属或合并于本单位的其他部门，就会使内部审计失去其应有的独立性。国际内部审计师协会在它的《内部审计实务准则》中强调：内部审计师“必须独立于他们所审核的活动”，“独立性可使内部审计师提出公正的不偏不倚的鉴证和评价，这对于正确的审计工作实施是必不可少的”，而这一点，是“要通过组织的客观性来获得的”。
2．权威性原则。这是内审工作充分发挥作用的另一个关键因素，主要体现在内审组织机构的地位和设置层次上。内审组织机构的组织地位和设置层次越高，权威性就越大，内审的作用就发挥得越充分。国内外的审计实践也表明，内审的组织地位和作用的发挥是相辅相成的。一方面，作用的扩大为内部审计赢得较高的组织地位创造了机会；另一方面，组织地位的提高，独立性增强又为内部审计人员卓有成效地履行其职责，发挥内部审计的职能作用提供了条件。
二、 目前 内部审计组织机构的设置及评价
由于我国企业内部审计制度建立较晚，在借鉴国外经验方面也不一致，内部审计机构设置存在多种模式，主要有：内部审计机构隶属于财会部门；内部审计机构隶属于总经理；内部审计机构设在监事会；内部审计机构设在董事会；董事会下设审计委员会，在行政系统——经营管理系统设置审计机构。
以上五种模式各有利弊。第一种模式，内审机构的设置无论从层次、地位和独立性来讲，都是较差的。内审机构只是开展部分日常性的审计工作，不能直接为经营决策者服务，不能很好地实现审计的根本目的。第二种模式，内审机构的设置层次、地位和独立性稍差，虽然有利于对企业直接的生产经营活动进行审计，但不利于对企业高层次决策及 经济 行为进行监督，审计范围相对窄小，审计工作受到一定限制。第三种模式，虽然从独立性和设置上看都较高，但内部审计机构设在监事会下，实际中往往会将二者的工作混为一谈或顾此失彼从而削弱彼此应有的作用。第四种模式，内审的层次、地位和独立性很高，但不足之处是董事会是集体讨论制，凡事都通过董事会集体讨论决定，正常的审计工作就很难进行。第五种模式，设置层次最高，地位超脱，独立性强，有利于审计人员独立开展工作。
三、 现代 企业 制度下内部审计机构模式的最佳选择
从内审机构设置的原则上看，第五种模式最为 科学 、有效，即在董事会下设审计委员会，在行政系统—一经营管理系统设置审计机构。内审机构，作为审计业务，要向审计委员会负责并报告工作；作为行政 内容 ，要向总经理负责并报告工作；审计委员会成员由董事长、非执行董事、总审计长和非公司董事（外聘）等组成。这种组织模式是现代企业制度下内部审计组织机构的最佳模式，其理由如下：
1、能够最大限度地体现内审的独立性和权威性。现代企业制度强调内审机构的独立性和权威性，而独立性和权威性的强弱取决于内审机构的隶属关系和领导层次的高低。领导层次越高，独立性和权威性越高，反之就越弱。董事会和经营管理机构是企业的主要领导机构，故在其领导下的内审机构能够较好地体现它的相对独立性和权威性，从而为内审工作顺利开展奠定良好的基础。
2、这种双向负责、双轨报告，保持双重关系的组织形式，与国际内部审计师协会的《内部审计实务准则》的要求相一致。该准则在它的绪言部分指出：“内部审计的目的是协助该组织的管理成员有效地履行他们的职责”，而内部审计所要协助本组织的“管理成员”，是“包括管理人员和董事会成员”两方面成员的；内审机构是“根据高级管理层和董事会所规定的政策来执行其职能”的，其宗旨、权力和责任的说明（章程），是“由高级管理层批准并得到董事会认可的”。
3、这种内审组织机构模式，有利于保证现代企业制度下内审职能的发挥。传统审计多强调和偏重于内审的监督职能，忽视了内审的评价、鉴证和服务职能。从西方现代内部审计工作的 发展 来看，其重心已转移到评价、鉴证和建设性功能的发挥，这同样也是我国内部审计的发展趋势。在这种组织模式下，内审机构作为审计业务部门主要发挥监督职能；作为行政部门，则承担评价、服务等职能，有利于实现内部审计“促进改善经营管理、提高 经济 效益”职能的发挥。
