洪武开国之初，仍承袭元制，中央设中书省，置左右相，下辖六部，中书省为中央最高行政机构，左右丞相总领政务，但是从秦始皇开始历代皇权与相权的斗争纷争不息，为追求大权于一身的朱元璋以前史为鉴，深以相权为患，不断对中书省采取措施。洪武三年，杀左丞相杨宪，李善长迫于压力于洪武四年致仕。洪武九年，为分散削弱地方势力，改行中书省为承宣布政使司，十一年命奏事毋关白中书省，切断中书省与六部各司的联系。终于洪武十三年，以谋反罪诛杀左丞相胡惟庸，然后特招天下撤销中书省，罢黜丞相，权分六部，罢丞相不设，析中书省政归六部，六部直接对皇帝负责，二十八年还敕谕群臣国家罢丞相，设府、部、院、寺以分理庶务，立法至为详善。以后嗣君，其毋得议置丞相。臣下有奏请设立者，论以极刑。由此朱元璋实现大权独揽的愿望。
通过种种措施，明代皇权空前膨胀，朱元璋日理万机，自九月十四日至二十一日，八日之间内外诸司奏礼凡一千六百六十件，计三千三百九十一事。面对丛杂繁多的政务，辅助机构的出现就成为趋势之必然。朱元璋时，相继设立四辅官与殿阁大学士，帮助处理政务，但因权利受限等原因，四辅官制度被废止，殿阁大学士形成规模，为后世所继承发展，洪武后期，翰林学士对皇帝决策的影响超过了殿阁大学士，殿阁大学士这一设置也没有发挥该有的作用。至成祖特简解缙、胡广、杨荣等直文渊阁，参预机务。阁臣之预机务自此始，论道议政，已和洪武时期殿阁大学士迥然不同，朱棣重视阁臣个人素质，并有意让他们参与政务，阁臣的进退完全取决于成祖朱棣对他们能力的认同，内阁权利受皇权极大限制。到宣宗是完善内阁制度，设立制敕房、诰敕房等机构。制诰二房主要服务于内阁所主持的有关政府所有机密文书的誊录、保管工作。于中外奏章，许用小票墨书，贴各疏面以进，谓之条旨，中易红书批出，以票拟批答的方式处理政务，加强了内阁的权利。但出于权力制衡的需要，宣宗培植宦官势力，赋予司礼监太监批红权，所有奏章除御笔亲批外，余皆由太监分批，以批红牵制票拟。司礼监和内阁地位平等、分工合作、相制相维，促使明代后期影响巨大的监阁体制框架的正式定型，并导致皇权逐渐分权。宣宗后，继位皇帝年幼，引起内阁与司礼监的夺权之事。司礼监逐渐掌握权力，宦官王振开启明代宦官之祸，尽管英宗、景帝拒宦官而信内阁，使得内阁权利进一步发展，然之后的宪宗在位年间凡四方章奏，不召内阁大臣裁决，惟付之左右内臣而已。皇权逐渐移步司礼监，至武宗时裁决之权尽归近习。嘉靖帝时皇权虚空，内阁成为官僚行政系统的核心，列六卿之上，但其与皇权制约的失败使得皇权由弱变强，内阁逐渐被皇权掌控，沦为皇帝控制百官的工具，其对皇权的制约性大大降低。世宗时鲜问政事，大权落入内阁之手，首辅制出现为形成决策做定夺，首辅权力大，不但成为阁臣相争夺的职位，而且一旦成为首辅，便打压次辅，这使得首辅拥有了变相的相职，内阁权利作用发挥充分。神宗以后，皇帝逐步远离内阁，百余年皇帝不上朝的局面的出现，阁臣受司礼监的制约，及后中官愈重，阁势日轻，宦官逐步专权，相权归于寺人，于是朝廷之纪纲，贤士大夫之进退，悉颠倒与其手，今日政权不由内阁，尽移于司礼。崇祯帝时，内阁已基本失去其辅政作用，明代官僚体制自身积弊难返，明亡的局势不可逆转。
从内阁的发展演变来看，其职能在于提高中央的行政职能，可以说是起源于丞相，而君权与相权斗争的过程为内阁这么一个辅政的但又不等于丞相的机构的出现给予了统治者参考和思考。内阁作为高度集权之下的一种分权形式，是皇权的辅助工具。内阁设立为皇帝辅助处理政务，权利逐渐上升，加之年幼皇帝的继位，内阁拥有一定的权力便于辅佐。但因为受制于皇权，其始终不是中央一级行政机构，只是皇帝与官僚系统间的中介，是一种决策权与行政执行权的间接结合机构，弥补了丞相被废除后的皇权统治功效下降这一缺陷。但是在皇权的制约下，内阁权利轻重有异，从内阁在各时期的发展情况可以明显看出，皇权绝对掌控内阁，内阁成员的去留、内阁的票拟等都需要皇帝来做决策，几乎没有独立性。
明代内阁的执掌地位须考察其与司礼监、六部的关系。洪武时，殿阁大学士为正五品，与翰林学士同等，但地位远低于六部尚书。永乐时期，参与机务的阁臣虽品秩低微，仍为正五品，但此时的成祖朱棣有意让阁臣参与机务，对其赐同尚书。仁宗时，对阁臣杨荣等提高品秩为正二品，赋予内阁同等六部尚书之权，形成了阁臣、部臣并重及相制相维的权力格局。此后至嘉靖时期当中，内阁作用因时期不同、皇帝需要不同而呈现低位作用不稳定的局面，一般不能干预部务。嘉靖时期，内阁一定程度上地位高于六部，万历中期后，随着宦官逐步专权，内阁地位下降。可以看出，内阁的职权主要是票拟，六部辅政处理政务，票拟加强了内阁权利，为防止其发展成相权，皇帝赋予司礼监批红权，用以相互制衡，内阁、司礼监对于政务的处理、权利的争夺方面在学习明朝历史中很明显，而皇权在此过程中表现出的对任何一方的不完全信任，想要双方牵制，这种情况下，皇权的倾斜就成为内阁地位作用在明代不同时期的不同情况的原因。这样也呈现了以皇权为核心，掌控内阁司礼监，内阁和司礼监相互制衡，巩固皇权作用的局面。
牵涉皇权、内阁与六部，就不得不考虑分权的问题，废相之后，为辅政处理政务而设立内阁就是分权之下的一种，六部也属于之一，就之前看洪武时期罢丞相不设，析中书省政归六部，可以看出分权一定程度也分给了六部，而后又升六部品秩为正二品，由皇帝直接管理，相比之前有中书省的时期，六部不再通过中书省向皇帝奏报，而直接归于皇帝管理，少了一个中间平台。把丞相权力收回，分权至内阁、六部，甚至明中后期的司礼监。当内阁权利日益重大，内阁与六部的权力之争就实质上是内阁六部谁为相的问题，由于掌握最高权力的皇帝未能从制度上承认内阁的宰相化发展，从而使嘉万年间较高的内阁权利到明末又跌落下来，没有一个敢于担当责任，最后让宦官渔翁得利。以此加强的君主的直接控制，达到君主专制。从内阁的发展演变过程中，可以看出，没有辅弼机构或大臣，皇权体系是不能正常运行的。
总看明朝内阁制度的发展演变，皇权与内阁的关系不可忽视。从太祖朱元璋废相开始，明代皇权空前膨胀，尽管内阁的逐步发展辅政其政治运转，但因皇帝的力不从心、不胜其劳，内阁算是高度集权之下的分权，这种分权的逐步演化，对皇权的威胁，不得不说内阁类似于丞相，中央还是没有平衡皇权与其的关系。明代帝王对中央政权体制，均以强化皇权、防止大权旁落为目的，皇帝一方面让内阁辅政处理政务，另一方面又担心其对皇权构成威胁，因此也是限制着内阁的权利。还有一个问题便是太祖朱元璋之后的明代帝王，没有朱元璋那份胆识，无法挑起重梁;又因政治环境等的因素，皇权的逐步分化悄然地在发生，宣宗之后继位皇帝年幼，导致大权的旁落，更无法对如此大的权力有什么担当和作为。宣德年间，司礼监的设置，到年幼皇帝之时，与内阁争斗，使皇权向司礼监倾斜，宦官之祸由此迭起，宦官把持朝政到明亡，是导致了明中叶后期政治黑暗并最终被农民军所灭的重要原因。就内阁与皇权关系看，阁权就其权利性质而言，完全依属于皇权，阁权只有通过皇权的批准或与皇权相结合才会具有政治功能;内阁大学士通过票拟面对密揭等形式参与中枢决策，因而阁权在国家权力体制运作机制中体现了一定的决策权，当这种决策权取得皇权的支持后，就可以影响甚至左右政局的发展。所以说，明代内阁这种高度集权下的一种有限分权在明代政治生活中的作用发挥并不及丞相制度，依附于皇权之下，理所当然的不可能达到与皇权制约的效果，使得中央行政体制在一种不稳定的状态下发展。就像天平，两端的平衡性靠相互之间的制约牵拉，而明代皇权的高度膨胀在天平的一端重量加大，并限制内阁权利，使得内阁那一端重量减轻，天平的不平衡就会导致崩塌。
纵观整个明代，集权与分权下集权基本一直占据上风，几乎没有造成尾大不掉之势，就是皇帝牢牢掌握大权，自操威柄，大权几乎没有旁落他手，这是明代专制主义中央高度集权发展的重要表现。内阁与六部相互制约，内阁与司礼监彼此牵制，内阁、六部以及司礼监又总属于皇帝管理。正是由于明代皇权在国家政治生活中占据了绝对主导和支配地位，同时又缺少必要的制约机制，所以皇权的高度膨胀实际上是一种恶性膨胀，内阁这种分权在明代专制社会中起到稳定中央结构、维护皇权统治的作用，这有限的分权虽大体保持了政体的运作，但无法长期保持政权的连续与稳定，通过明中后期的社会弊端可以看出问题的矛头直指高度集权的中央政府，皇权不断地恶性膨胀破坏了相互制约和平衡的原则，皇权成为一种不受制约的专制权力，内阁对其制约作用效果低微，逐步使得政体崩溃最终覆灭
