依据秘书学理论，可对清代幕友秘书职能分别进行以下梳理和分析：
一、辅助决策
秘书学理论认为，决策是组织管理的中心，也是领导的主要职责。领导是决策的主体，秘书在辅助决策的过程中，要处理好决策与辅助决策的关系，处理好断与谋的关系，摆正自己的位置。
清代幕府中，幕友为主官谋划，与主官咨商等，均属辅助决策的范畴。清代各种文集、著作中多记载幕友咨商政事、军政之事，无不咨商，幕友为幕主谋划，筹划等。尚小明《清代士人游幕表》，列举了近 1400 位游幕士子的幕中活动，征引资料极为详备，但关于幕中活动，则极简单。汪辉祖和陈天锡两位，是记述其从幕经历较详细的二位，实不多见。
汪辉祖入胡文伯江苏督粮道幕府，仍司书记。江淮卫漕船大多已运满十年，胡文伯发给银两进行改造。但上报的公文却被户部驳回，理由是所改造的部分船只曾停运二三次，未满十运，不许改造，并参胡文伯擅动库款的职名。汪辉祖拟定禀文：截留漕船以裕民食，破格之恩前所希有，是以向来止计十年而不扣足运。但船只一项利于行驶不利停泊，盖一经停运，久泊河干，上之日晒雨淋犹有苫盖银两，时为检点。至船底版片泥胶苔结，日渐朽损。若因船身无恙，勉强起运，重载米石，远涉江、黄，设有疏虞，所关非细。故不敢因慎重银粮，致误天庾正供，既满十年，不得不造。禀文呈给总漕，总漕大为许可。江苏巡抚庄有恭也认为禀文理足辞达，必可不致部驳。幕友辅助决策，要精熟例案，还要有丰富的社会知识。万枫江说：入幕本领，原非容易。必胸怀高朗，笔力明通，参观事变有素，然后可当一面。薛福成《庸庵笔记》中记载丁宝桢计杀安德海一事。德州知府幕客利用自己丰富的公文运作知识，用夹单密禀。因为夹单不用存档，不会留下痕迹。扳不倒安德海，也不会留下把柄。
二、协调工作
清代幕府主要履行协助主官进行行政管理的秘书部门的工作职责。包含以下内容：
对上，幕府要协调好与上级的关系，使上级理解和认可主官的工作意图;上报的公文能顺利获批，不被驳回。对下，幕府要协调好与当地士绅及百姓的关系，使主官治理地方、征收赋税等等职责得以实现。幕府各席位之间要协调，以保证幕府高效率运行;幕府管理六房等具体执行部门，即汪辉祖所说的佐官察吏同时还应做好与邻境地方官员的协调，对涉及双方的事务，及时沟通情况，协作办理。
幕府公文运作的层面上，利用奏折和禀文直接与皇帝或上级主官沟通，将主官治理地方的行政意图及时与皇帝或督抚等做好沟通请示，以获得支持。李元度在曾国藩遭遇靖港之败，受到即行革职处分后，拟写了一份为曾国藩力争专折上奏的折子，皇帝破格允准。
使上级通过公文了解主官的能力和才干凡留意人才之上官，往往于禀揭审视疏密，虽报雨请安各禀，亦不可不慎，蒙头盖面之文，土饭尘羹之语是绝不敢写在禀文之上的，免得主官取厌。逢年过节给上官的节敬、年敬由帐房幕友经办，给上官的各种贺禀由书禀幕友拟写，都是为了加强与上官沟通。下级幕府与上级之间，也有详、验等上行文，验止立案，详必批回。这类公文由上级幕友代批，做好与上级幕府的沟通就极为重要。许思湄的《秋水轩尺牍》的龚未斋的《雪鸿轩尺牍》中均有许多写给朋友、结拜兄弟的信件，这些人大都在其他衙门中任幕友。这些私人联系，在公务活动中又会成为润滑剂，有利于本衙门与上级幕府的沟通协调。杨恩寿在北游任刑名幕友时，就亲自接待州府的两位幕友来北流游览当地名胜勾漏。
幕友还应协调好与邻境州县的关系。遇有大案、捕蝗蝻等事，则可收相互协作之效。汪辉祖《学治续说》：
守土之官，治不越境，似也。然遇邻境命案盗重案，一有风闻，即宜星火缉防。稍分畛域，受之以需，致犯得远窜，已失敬公之义，其或假道境内，终且牵连被议，岂非自取之乎?所以平时邻近州县的幕友也要加强相互间的协调沟通。
在内部协调方面，各幕友职有专司，相互间应和衷共济，相互补台，办事勿分畛域，刑、钱二席不必争案件办理权，挂号幕友也应及时督促各种公文的办理进度。幕友还要佐官察吏，约束书吏，不使百姓受害。但又不能过分严格，毕竟吏无禄入，他们本来就靠历来相循的陋习，得点利益，资以为生的。
州县官应使地方安静、政简刑清、百姓安居乐业。就要靠幕友省事、息讼。严治地棍、防止衙役借口索民、累民。幕友不但自己勤事，还要请主官勿轻出告示、须示民以信。这样才能使百姓对官员信任，做到令行禁止，才能使百姓信而后劳。
三、调查研究及信息资料工作
秘书辅助决策的前提是做好调查研究，掌握与决策相关的各种信息资料。
汪辉祖讲：为州县者，得百里而长之，即此百里之中，人情风尚，非及期月，断不能周知梗概。知而措之，顺人情，因物利，信而后劳，又非期月不可。事事了切，方与士民有臂指之联，功令计典，定以三年，无速效也。州县官是外省来的人，不了解当地民情物理。除了访贤问俗，阅读方志以外，最好的办法是咨访幕友。幕友不仅熟悉律例、赋税规章和各种行政事物，尤在善体人情。盖各处风俗往往不同，必须虚心体问，就其俗尚所宜，随时调剂，然后傅以律令，则上下相协，官声得著，幕望自隆。幕友有良好的信息资料意识和调查研究方法。郑天挺说：绍兴师爷还创造了江山一统的分类法。将汉字按江山一统四字的第一笔，点、直、横、撇分四部，较部首分类简便的多，容易检查。他们的笔记标题、案牍索引、各种簿册都按这个分类。汪辉祖《学治臆说》列举了十种簿册，佐幕服官时素所留意最简易者。幕友用簿册登记各类信息，可随时应对主官咨询，用于处理各种政事。
幕友对文字的感觉敏锐，非常讲究公文中的用字、炼字。许同莘说：余曩在法律馆，分纂律例，易鎗字为枪字，总纂某君言刑例鎗为火器，枪为金刃，罪名出入悬殊，必不可用。刑名幕友笔下一字出入会关乎人命。幕友随手摘记资料，不但分门别类，而且有系统。许同莘说：王麓樵阅邸报，分类抄集，谓风土人情政治利病官常贤否可以周知，皆谓邸报之有益。
幕友处理难办、棘手的事务，通过调研，分析难办原因，提出解决对策。万枫江总结办理社仓、灾赈、捕蝗、水利的实践经验，每一篇都是言之有据，切实可行的咨政报告。如总结办社仓之难：一曰捐输之难;二曰任人之难;三曰出借之难;四曰征收之难。善政并不好办的苦衷，只有亲历者才能体会。
幕友一般不到命案现场，而由主官带书吏和仵作去踏勘，但万枫江却认为幕友若不亲自查验、诘问明白、随填随报，不但驳查不了，将来亦难缉凶结案。幕友甚至可以通过现场观察、走访，确定真凶。这也是幕友调查研究的一种。
四、撰写公文
幕友主要的工作是撰写各类公文稿件。佐理繁剧之邑，更是案牍堆积如山，几如身到山阴，有万壑千岩，应接不暇之势。清代幕学书中，涉及到幕友常用的文种，如：咨、禀、验、详、批、票文等，如书启一项，凡略通文义者，皆谓胜任愉快。然其要总在知彼知己，方能心人之心，口人之口，言皆巧合，非但以华瞻见长，更有抄撮肤词、妄填故事、触犯忌讳者，尤见哂于大方家也。
条教号令，是道齐中一事。告示原不可少，然必其事实有关系，须得指出利弊，与众共喻，或劝或戒，非托空言，方为有益。这些文种，都是幕友日常处理公务所应用的文种。据《光绪会典》记载，清代的官文书因运用对象不同，分为上行、下行、平行体制。
五、接待工作
对于上司派出到本地办理各项公务的委员，如上司委派的邻境地方官来本地参与会讯、会审案件;上司委派官员来本地会办赈济并监督办赈措施;本地蝗蝻成灾，一经具报，各上司委员，陆续到境。或委办协捕或暂来查看。对于这些官员，幕友一切服食、起居，要料理周到，不可顾惜小费也。
