预算管理：现行医院财务制度规定，国家对医院实行核定收支，定额或定项补助，超支不补，节余留用的预算管理办法，但因国家财力有限，财政部门对医院根据事业计划提出的预算建议大多数不能据实核定，拨款对医院发展所需资金只能是车水杯薪使医院预算管理在一定程度上流于形式。
收入管理：国家对医疗服务价格定价普遍偏低，导致医疗收入不能弥补相应支出，国家规定的药品收入核定收支，超收上缴管理办法搁浅，医疗行业从业人员收入水平低于其他一些快速发展的行业，与医疗行业的高风险，高责任感。学习时间长，严重不适应，构成医院乱收费、乱开检查单、提成、医务人员收受药品回扣和病人红包等违纪现象的主要原因。其次，财务核算模式僵化，重核算轻管理，重收入，轻结构分析，只注重完成业务收入目标，对收入中的内涵;结构缺乏认真分析，不能有效的调整收入结构。
支出管理：成本核算不科学，成本控制困难，对国家规定的开支范围和开支标准执行不严格，跑、冒、滴、漏现象比比皆是，这直接导致医院难以实现，以比较低廉的价格提供比较优质的医疗服务的目标。
现金管理：目前医院财务管理中仍存在着重盈亏轻现金现象，现金管理的漏洞导致一些医院设账外账和小金库。
应收账款管理：目前，医院呆账、坏账普遍较多，这一方面与部分患者支付能力弱有关，也与医院对应收账款责任不明确，清理不及时等管理方面的因素有关。
