医院的预算管理是医院财务管理的重要基础，部门预算是各部门在保证总预算的前提下，根据本部门的实际情况安排的预算。详细内容请看下文浅谈做好医院部门预算加强医院财务管理。
科学、合理、实用的医院部门预算，对医院的发展具有重要的意义。
医院部门预算包括两类：一类是业务部门，即临床、医技科室;一类是行政职能部门，如：人事、财务、器械、信息等部门。就医院而言，部门预算属层级预算，其预算目标执行的责任中心与主体，都是层级性和环节性的，且相互协调运行，最终对医院预算管理委员会负责。
医院各部门对预算编制一无所知，认为预算是财务部门的业务，编制预算纯属财务行为。认为医院预算就是财务人员根据上年度实际经营结果，结合下一年相关因素，最终编制收入支出预算表。业务部门对于预算根本漠不关心，即使器械、信息等物流部门也只是将本部门负责的需要采购的设备、材料等作一个估算。实际上医院部门预算涉及医院各个部门、各个方面，并非财务一个部门就可以确定的。 不重视预算执行和预算考核，医院资金支出可以不受预算的控制，预算管理没有严肃性和权威性。大多数医院将着眼点放在预算编制上，预算编制与执行考核不成体系，没有建立预算管理所必须的责任核算体系，没有将预算执行考核与医院科室核算有机结合，预算反馈信息质量不高。
预算编制方法陈旧单一。目前各家医院部门预算基本上都采用传统的预算编制方法，如固定预算法、定期预算法和增(减)量调整预算法。无论是业务部门还是职能部门的预算普遍存在上年完成数+增长率的固定模式，预算程序简单，缺乏效率。 部门预算管理不够完善。医院对于业务部门的预算基本上是收入指标的制定，而行政职能部门也只是简单的管理费用的预算，且各部门预算需求与实际脱节，有些支出定额标准偏低，人员经费核定不准，只注重财务性指标预算，忽视非财务性指标预算;只注重量化指标预算，而忽视非量化指标预算。
