以财务科为资金管理责任单位，建立健全管理制度，确保资金运行安全，全面集中收入，统筹安排资金，为有效投放、合理消耗打下基础。
要使资金的来源和运用得到有效配置，就要合理地进行资金分配，尤其是注意调整流动资金与固定资金的占用比例。在进行固定资产的购置和更新时，应对项目进行充分论证，对投入产出进行分析评价，避免盲目购 置，造成资金浪费。要挖掘内部资金潜力，加速资金回笼，压缩药品、存货资金的占用。要建立资金管理责任制，加强内部财务制度建设，在财务收支上实施严格的财务监控制度，强化约束机制，合理调度资金，使资金运用产生最佳的效果。
严格按照批准的预算和计划所规定的用途，建立健全必要的支出管理制度和措施，讲求资金使用效果。严格执行国家规定的财政、财务制度和开支标准及开支范围。各项资金的使用要划清资金渠道，分别列支。购置大型、贵重医疗仪器设备和大型修缮，要事先进行可行性论证和专家评议，并提出两个以上方案，报卫生主管部门审批后，专项安排支出预算。设备购置和医院修缮时，由总务科和设备科按进度提出用款计划，财务科审核其是否纳入年初预算计划，未列入预算计划的开支必须经医院领导研究，在财务允许的情况下，重新追加预算支出指标，方能办理支出。支付大额款项时，必须严格执行购销合同和修建合同规定拨付比例，超过范围和不按合同支付款项造成的损失，应由相关领导和财务科负责。
医院根据批准的预算，分级归口由有关职能部门负责，按有关制度规定及定额标准，实行指标控制。各项支出报销凭证要由有关部门负责人签署意见，以资证明。各职能科室预算内的开支，要事先提出使用计划交由财会部门审核后执行。涉及开支计划调整，在预算范围内的由财会部门审批;超预算或计划外开支，要由有关科室提出书面报告，交财会部门审核后，由院长批准执行。
医院的财务预算管理应适应市场经济的变化，根据本单位的特点和市场信息，进行预算编制，考虑的因素应包括：宏观因素，如国家的宏观经济调控，国家的发展目标，卫生行政部门关于结构调整的控制比例;微观因素，即本单位上年度的收支情况，医院的发展目标。在保证医院正常运转的基础上，对影响医院长远发展的建设项目，重点学科，医疗新技术等重点给予倾斜。
建立定期分析检查制度，在费用预算执行过程中，定期对预算执行情况进行检查，对实际发生额与预算差异进行分析，找出原因，以便调整及进行重点控制，保证医院预算与实际执行结果的一致。同时，将预算检查结果与奖惩制度挂钩。
