燃油税沸沸扬扬十余年，难以开征的主要原因究竟何在，媒体通常归咎于各行政部门之间的矛盾和地方政府与中央政府的利益博弈，但最主要的原因还是这一税种先天设计存在一些缺失，特别是今天，燃油税方案对许多重大矛盾仍未能给出明确可行的解决方案。中国的社会主义建设和“改革开放”的成果，与8亿农民的牺牲奉献是分不开的。
农民、农业和农村问题是中国历届政府屡屡最关注的问题，一些重大改革一但涉农，各级政府就会非常谨慎。燃油税进退维谷，人们最担心的还是怎样才能不伤害农民的利益。
燃油税是纳入《公路法》的一种道路税，但是农民的拖拉机、收割机、抽水机是不会上路行使的，渔民的渔船也从不上路，牧民虽然有汽车、摩托车，但草原上根本没有道路，为什么要让他们承担道路建设的相关税收？现代农业是“石油农业”，不仅化肥、农药、除草剂需要石油化工产品制造，整个农业耕种收割都需要柴油作为机械燃料来支撑，特别是在中国北方的主要产粮区，一个农民往往要耕种几百亩土地，完全依赖机械化耕作。燃油对于城市居民并非必需品，油价高了可以乘公交车、骑自行车和电动自行车；但对于农民、渔民、牧民，燃油是他们的基本生产资料，油价攀升一但影响他们种粮的积极性。
目前，由于沿海出口加业受金融海啸影响，不少农民工返回土地，提高粮食收购价格将是保持平稳的重要措施，但如果燃油税吸走的提高粮价给农民带来的收益，将会引发社会动荡，国家的安全、和谐将无从谈起。近年来，国际油价节节攀高，化肥和柴油等农资产品不断涨价，而国内因CPI走高而不得不限制粮价，农民的利益受到极大损害，现在让农民、渔民和牧民承担道路税，是否应补偿他们的利益？又应如何补偿他们？燃油税的设计者们说：北美、欧洲、日本是都缴纳燃油税。
不错，但是他们的农民得到政府巨额补贴，而且政府从不限制农产品价格。这些国家并不是采取限制价格的方式来保护城市低收入阶层的利益，而是直接补贴低收入家庭，这些机制我们应当先行改革，才能再学西方的做法。
都说“燃油税是一种体系公平的税制”，但这种公平不能局限的有车族之间，对农民的公平又应该怎样体现？现在政府对农民的补贴发放并非没有问题，在一些地方，补贴难以如数发到农民手中，层层克扣，多方盘剥，到了农民手中常常所剩无几。此外，各地由于人均耕地、种植产品、耕作模式差异巨大，耕种单位油耗差距很大，如何能够合理补贴，也是一个巨大挑战，必须有一整套系统全面的解决办法才能实施，可见征收燃油税是一项多么巨大复杂的改革。
将养路费、路桥费改为燃油税，实际是将地方政府的财政收入纳入中央政府的统一收支。养路费、路桥费在地方基本上是一种专款专用的专项收费，而中央的财政没有专款专用的机制，如果将这笔钱收到中央，最大的问题是谁来修路建路，是否每一条大街小巷都要到中央申请经费？过去地方政府有路桥费这笔未来可以预期的收入，所以大力投资兴建道路桥梁。
现在这笔收入被拿走，他们的积极性必然受到影响。事实上，许多地方已将未来的路桥费收入抵押给了社会投资者，路桥本来就是他们投资建设的，路桥费就是用来还本付息和支付投资利润，现在可不是谁的一句话说不收费就不收费了，除非中央花数千亿将这些道路、桥梁的收费权通通赎回。
中国国土广袤，资源配置和发展不均衡，必须调动各级政府的积极性才能和谐有序发展。在实现费改税后，如何继续调动地方各级政府和社会投资者积极性，这也是一个需要解决的难题。
中国的电力供应并不稳定，拉闸限电时有发生，一些企业为了保障生产不得不采用自备发电机组。今年的冰雪低温灾害和汶川大地震，电网系统都陷入瘫痪，很多地区都是依靠柴油、汽油发电机保障了电力供应。
实际上，在工业生产过程中也会大量使用柴油作为燃料，例如发电厂点火，这些用途与道路毫无关系，而实际用量巨大。将这些燃油的税收纳入《公路法》显然不妥，也无形增加了企业竞争的代价，尤其在应对灾害时，无端增加的社会成本，如何解决好，也是一个需要认真面对的课题。
节约能源减少排放是必要的，但不能因此丧失国际竞争能力，中国应该根据自己发展的阶段量力而行。中国是一个制造业大国，燃油是制造业运转的血液，如果血液的代价太高，必然影响这个躯体的健康，甚至影响每一个细胞。
目前，全球正在面临经济大萧条，中国的出口严重受阻，中国不仅要应对越南、印度的挑战，美国也在大力恢复制造业，对中国构成新的竞争压力，目前美国的油价已经大大低于中国，如果中国
